Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G002647`

染色体: Chr08 坐标: 25942399-25949027 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G002647`
名称	SmilChr08G002647
描述	ATP-dependent 6-phosphofructokinase 4, chloroplastic
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	25942399 - 25949027 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130997284`
GeneID	`130997284`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130997284`
原始查询	`LOC130997284`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	ATP-dependent 6-phosphofructokinase 4, chloroplastic
产物	ATP-dependent 6-phosphofructokinase 4%2C chloroplastic
Arabidopsis	`AT5G61580` (PFK4) phosphofructokinase 4 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836279] identity=72.9; qcov=0.944; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os01g0191700` (OsPFK01) - identity=74.3; qcov=0.755; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0003872 (6-phosphofructokinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0006002 (fructose 6-phosphate metabolic process); GO:0006096 (glycolytic process)
KEGG	smil00010 (Glycolysis / Gluconeogenesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00030 (Pentose phosphate pathway - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00051 (Fructose and mannose metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00052 (Galactose metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01200 (Carbon metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01230 (Biosynthesis of amino acids - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil03018 (RNA degradation - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00365 (PFK)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130997284

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057778533.1`
2	Chloroplast stroma	叶绿体基质	1.00000	`XP_057778533.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057778533.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057778533.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057778533.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:25942784`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B40,B60
`Chr8:25945994`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A9,B140,B28,C39
`Chr8:25946578`	`AT`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	C6
`Chr8:25946578`	`AT`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	1	C6
`Chr8:25946622`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	4	A6,C5,C56,C9
`Chr8:25946622`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A6,C5,C56,C9
`Chr8:25947388`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B57,B76,C8
`Chr8:25947577`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	2	B71,C80
`Chr8:25947577`	`TC`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	2	B71,C80
`Chr8:25947619`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B40,B57,B60,B76,C8
`Chr8:25948060`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B103
`Chr8:25948321`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B40,B60

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057778533.1

540 aa

270

540

PFK

PF00365 PFK 156-462 aa

XP_057778534.1

449 aa

224

449

PFK

PF00365 PFK 156-394 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057778533.1`	Pfam	`PF00365`	PFK	Domain	156	462	5.5e-61	207.1	Phosphofructokinase
`XP_057778534.1`	Pfam	`PF00365`	PFK	Domain	156	394	1.4e-57	195.9	Phosphofructokinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057922550.1
AGTCAACTGTCAAGTTTGACATGAAGCTCGATTAAAAGCAGTTGCCACAACGGCAGCTCTCTGCTGTTTCTCATTGCAATGGATGCTTCTCTCACCTCCGCCTCTCCTTCTCATTCTCTCTCTAGAAATTCTCTTCCATCCACTTCCTTCAATGCGAAGAATATCACGTCAGCTGCTTCTCTCAGCTTCGCGAATTTCGTCTTCACCAAACAATTCTCTCTCAGAAGGCCGCTGAATTCGCGCCTAAACTGTCCGGTCCA...

XM_057922551.1
TGCCACAACGGCAGCTCTCTGCTGTTTCTCATTGCAATGGATGCTTCTCTCACCTCCGCCTCTCCTTCTCATTCTCTCTCTAGAAATTCTCTTCCATCCACTTCCTTCAATGCGAAGAATATCACGTCAGCTGCTTCTCTCAGCTTCGCGAATTTCGTCTTCACCAAACAATTCTCTCTCAGAAGGCCGCTGAATTCGCGCCTAAACTGTCCGGTCCAAGCACGAGCCTCGGAAGACGGCGGGATTAACGCTATCGAAGC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC130997284
ATGGATGCTTCTCTCACCTCCGCCTCTCCTTCTCATTCTCTCTCTAGAAATTCTCTTCCATCCACTTCCTTCAATGCGAAGAATATCACGTCAGCTGCTTCTCTCAGCTTCGCGAATTTCGTCTTCACCAAACAATTCTCTCTCAGAAGGCCGCTGAATTCGCGCCTAAACTGTCCGGTCCAAGCACGAGCCTCGGAAGACGGCGGGATTAACGCTATCGAAGCTCAGAGTGAAGATTTTATCCTCGAAGACGTCCCGCA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057778533.1
MDASLTSASPSHSLSRNSLPSTSFNAKNITSAASLSFANFVFTKQFSLRRPLNSRLNCPVQARASEDGGINAIEAQSEDFILEDVPHLTSFLPDLPMYTNPLKKTQAYAIVKKTFVSPEDVVALKVVVQKDSPRGVHFRRAGPREKVYFKSEEVRACIVTCGGLCPGINTVIREIVCGLNNMYGVEEILGIQGGYRGFYSKNTVTLTPKSVNDIHKRGGTFLQTSRGGHDTIKIVDNIQDRGINQVYIIGGDGTQKGAAA...

XP_057778534.1
MDASLTSASPSHSLSRNSLPSTSFNAKNITSAASLSFANFVFTKQFSLRRPLNSRLNCPVQARASEDGGINAIEAQSEDFILEDVPHLTSFLPDLPMYTNPLKKTQAYAIVKKTFVSPEDVVALKVVVQKDSPRGVHFRRAGPREKVYFKSEEVRACIVTCGGLCPGINTVIREIVCGLNNMYGVEEILGIQGGYRGFYSKNTVTLTPKSVNDIHKRGGTFLQTSRGGHDTIKIVDNIQDRGINQVYIIGGDGTQKGAAA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器