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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G002648

染色体: Chr08 坐标: 25951943-25957091 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G002648
名称SmilChr08G002648
描述putative lipase C4A8.10
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向25951943 - 25957091 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130997286
GeneID130997286
locus_tag-
NCBI NameLOC130997286
原始查询LOC130997286

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述putative lipase C4A8.10
产物putative lipase C4A8.10
ArabidopsisAT5G51180 (AT5G51180)
alpha/beta-Hydrolases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835192]
identity=62.4; qcov=0.986; evalue=2.53e-163; confidence=high
RiceOs08g0143700
-
identity=59.5; qcov=0.992; evalue=2.83e-145; confidence=high
GOGO:0044255 (GO:0044255)
KEGG-
PfamPF05057 (DUF676)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130997286

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 0.60000 XP_057778535.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057778535.1
3 Golgi apparatus 高尔基体 0.20000 XP_057778535.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057778535.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057778535.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:25952289 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B108,B15,B41,C15
Chr8:25952676 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140
Chr8:25953849 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A5,B7,C16,C53,D11
Chr8:25954159 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C1,C47
Chr8:25955100 AT A 1bp_deletion frameshift_variant 1 A2
Chr8:25955100 AT A 1bp_deletion CDS_variant 1 A2
Chr8:25955243 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C46
Chr8:25955263 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B108,B15,B41,C15
Chr8:25955418 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C64,C66
Chr8:25956540 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C1,C47
Chr8:25956657 CAT C 2bp_deletion frameshift_variant 4 B108,B15,B41,C15
Chr8:25956657 CAT C 2bp_deletion CDS_variant 4 B108,B15,B41,C15

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057778535.1
356 aa
N
1
178
356
DUF676
C
PF05057 DUF676 34-252 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057778535.1 Pfam PF05057 DUF676 Family 34 252 9.9e-68 228.6 Putative serine esterase (DUF676)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057922552.1
CGCATTGAGTTAATACTTTCCCCAAATGCTTGATGTCGGAGTCGGAGACGTATGAATGTGCCCATTTTGTAGCGTGCGAGTCGTTCAAAATTCCGAGATAAATATCGTCACTGCAACTGCAGGAGCCGTAAAAGCAAGGACGTCGGTTAAGTTTCTTAACCGCCTGCCCACGCCACGTTTGCACGAGATCTTAAGACTTCAACCACCTCTTCTTATCGAAATATCAAAACCCACTTTTTCCAATTCAAATCCGTCGACAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130997286
ATGGAAAACGGGATTGGCGGAGACGGCGGTATATGCTCGACGGACACGGGTAATGGAGGGGAGGACGTCTACAGTTCTAAAGAATCCAATGCTCTCTCCGCTGATCATCTCGTTATCTTGGTCCACGGGATTCTTGGAAGTGGAGCAGATTGGAAATATGCCGCCGAGAAATTTGTTCAGCAGCTTCCTGATAAAGTGTTCGTTCACCGTAGTGAGCGCAATGCAGCGAAGACGCTGGATGGTGTAGATGTAATGGGTGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057778535.1
MENGIGGDGGICSTDTGNGGEDVYSSKESNALSADHLVILVHGILGSGADWKYAAEKFVQQLPDKVFVHRSERNAAKTLDGVDVMGDRLADEVLEVIARKPSLRKISFISHSVGGLVARYAIGKLYKPTTKENGEELLTNEESKGKIAGLEPVNFITAATPHLGSRGNKQVPFLFGVPAFEKVANCVIHLIFRRTGRHLFMNDDDEGKPPLLKRLLEDDQQGCFLSALRSFERRVAYSNVGYDNIVGWRTSSIRRNSELP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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