当前解析结果
SmilChr08G002648| 统一新 Gene ID | SmilChr08G002648 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G002648 |
| 描述 | putative lipase C4A8.10 |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 25951943 - 25957091 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130997286 |
|---|---|
| GeneID | 130997286 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130997286 |
| 原始查询 | LOC130997286 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | putative lipase C4A8.10 |
| 产物 | putative lipase C4A8.10 |
| Arabidopsis | AT5G51180 (AT5G51180)alpha/beta-Hydrolases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835192] identity=62.4; qcov=0.986; evalue=2.53e-163; confidence=high |
| Rice | Os08g0143700- identity=59.5; qcov=0.992; evalue=2.83e-145; confidence=high |
| GO | GO:0044255 (GO:0044255) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF05057 (DUF676) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130997286 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Endoplasmic reticulum | 内质网 | 0.60000 | XP_057778535.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.20000 | XP_057778535.1 |
| 3 | Golgi apparatus | 高尔基体 | 0.20000 | XP_057778535.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057778535.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057778535.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:25952289 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B108,B15,B41,C15 |
Chr8:25952676 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B140 |
Chr8:25953849 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A5,B7,C16,C53,D11 |
Chr8:25954159 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C1,C47 |
Chr8:25955100 |
AT |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | A2 |
Chr8:25955100 |
AT |
A |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | A2 |
Chr8:25955243 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C46 |
Chr8:25955263 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B108,B15,B41,C15 |
Chr8:25955418 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C64,C66 |
Chr8:25956540 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C1,C47 |
Chr8:25956657 |
CAT |
C |
2bp_deletion | frameshift_variant | 4 | B108,B15,B41,C15 |
Chr8:25956657 |
CAT |
C |
2bp_deletion | CDS_variant | 4 | B108,B15,B41,C15 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057778535.1PF05057
DUF676 34-252 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057778535.1 |
Pfam | PF05057 |
DUF676 | Family | 34 | 252 | 9.9e-68 | 228.6 | Putative serine esterase (DUF676) |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。