Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G002659`

染色体: Chr08 坐标: 26068488-26071827 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G002659`
名称	SmilChr08G002659
描述	hexose carrier protein HEX6
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	26068488 - 26071827 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130997295`
GeneID	`130997295`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130997295`
原始查询	`LOC130997295`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hexose carrier protein HEX6
产物	hexose carrier protein HEX6
Arabidopsis	`AT5G61520` (AT5G61520) Major facilitator superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836273] identity=61.9; qcov=0.978; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os09g0268300` (B1008E06.22-2) - identity=62.8; qcov=0.974; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0015145 (monosaccharide transmembrane transporter activity); GO:0015749 (monosaccharide transmembrane transport); GO:0016020 (membrane)
KEGG	-
Pfam	PF00083 (Sugar_tr); PF07690 (MFS_1)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130997295

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	1.00000	`XP_057778547.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057778547.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057778547.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057778547.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057778547.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:26068689`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B94
`Chr8:26068963`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B106,B61
`Chr8:26069067`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	C13,C39,C83,D6
`Chr8:26070480`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C47
`Chr8:26070540`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A18,B33,B98,C32,C68
`Chr8:26070582`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B103,B42,B6,B62,C25
`Chr8:26070619`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B115,B78,C80
`Chr8:26070684`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B131,D11
`Chr8:26070698`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C8
`Chr8:26070722`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A18,B33,B98,C32,C68
`Chr8:26070788`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B15,B41,C15
`Chr8:26070840`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B88

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057778547.1

505 aa

252

505

Sugar_tr

MFS_1

PF00083 Sugar_tr 27-487 aa PF07690 MFS_1 76-437 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057778547.1`	Pfam	`PF00083`	Sugar_tr	Family	27	487	1.1e-118	397.8	Sugar (and other) transporter
`XP_057778547.1`	Pfam	`PF07690`	MFS_1	Family	76	437	1.6e-23	84.0	Major Facilitator Superfamily

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057922564.1
ATACAAAAAAACTATATATATATGAAATGTGAATTAAAGACTTTTCAAATGAGACGGGACCACAAGATACTGACATTATTATTAGCAGTCGATATAGACTAGTATCTTGAACAGCTCACTCTCGTCTCTTCCATTCATCTTCTTGACTTTGATGAAGTTGATTTTTTTTCTGCAATCTGAATAACAGAAGAAGCCATGGGCGGAGGATTTGCAGTTGCAAGTGAAGCAGGAGGCCCATACAATGGAAAAGTCACCACCTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130997295
ATGGGCGGAGGATTTGCAGTTGCAAGTGAAGCAGGAGGCCCATACAATGGAAAAGTCACCACCTTCGTCGTCTTATCTTGTATGATGGCTGCCATGGGAGGAGTTATCTTTGGCTACGATATTGGAATTTCAGGTGGAGTGACATCTATGAGGCCGTTCTTGAGGAAATTTTTCCCCAACGTGTATAGGAGGATGATGGAGGACACCAAGATTAGCAACTACTGCAAATTCGACAGCCAATTGCTAACATTATTCACATC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057778547.1
MGGGFAVASEAGGPYNGKVTTFVVLSCMMAAMGGVIFGYDIGISGGVTSMRPFLRKFFPNVYRRMMEDTKISNYCKFDSQLLTLFTSSLYLAGLIASFFASFTTKAYGRKPSIIIGGAAFLAGAALNGAALNIYMLIFGRLLLGVGVGFANQAVPLYLSEMAPPKYRGAFNNGFQLSVGIGALSANLINYGTVKIKQGYGWRISLAMAALPASILTLGALFLPDTPNSLIQRGRSHDDAKHMLQRIRGATDVDTELRDLI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器