Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G002679`

染色体: Chr08 坐标: 26318252-26320883 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G002679`
名称	SmilChr08G002679
描述	rho GTPase-activating protein 5-like
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	26318252 - 26320883 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130997312`
GeneID	`130997312`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130997312`
原始查询	`LOC130997312`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	rho GTPase-activating protein 5-like
产物	rho GTPase-activating protein 5-like
Arabidopsis	`AT2G46710` (ROPGAP3) Rho GTPase activating protein with PAK-box/P21-Rho-binding domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819283] identity=56.3; qcov=0.945; evalue=1.06e-144; confidence=high
Rice	`Os04g0577200` - identity=52.4; qcov=0.942; evalue=4.33e-131; confidence=high
GO	GO:0005096 (GTPase activator activity); GO:0007165 (signal transduction)
KEGG	-
Pfam	PF00620 (RhoGAP); PF00786 (PBD)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130997312

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057778572.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057778572.1`
3	Nucleus	细胞核	0.20000	`XP_057778572.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057778572.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057778572.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:26318534`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B1,B71,B89
`Chr8:26318586`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B91
`Chr8:26318586`	`TC`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B91
`Chr8:26319001`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B53,C14
`Chr8:26319013`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	D10,D11
`Chr8:26319475`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B38,B39
`Chr8:26319917`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B140
`Chr8:26319937`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr8:26320243`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A8,B108,B22,B94,C31
`Chr8:26320259`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A8,B108,B22
`Chr8:26320261`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A8,B108,B22
`Chr8:26320292`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B56,B59,B96,C55

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057778572.1

417 aa

208

417

PBD

RhoGAP

PF00786 PBD 103-130 aa PF00620 RhoGAP 166-300 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057778572.1`	Pfam	`PF00786`	PBD	Domain	103	130	0.00011	23.2	P21-Rho-binding domain
`XP_057778572.1`	Pfam	`PF00620`	RhoGAP	Domain	166	300	1.3e-23	84.2	RhoGAP domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057922589.1
AAGCACAGTTGCATTAAAAGGAGAGATCGTATATACTATATTTTAGATAGTACCAAGTCTTGTTTTGTCCTTATTAATAATAGCATGGAAAAATGAAATAAATAGTGCATTTGTTTCAGTTCCAAAAACAAGATGTTACAATAGTACAGACTAGTGTATTGATATGTGGAAAAACAGAGAAATTTTGGTGGATGAAATATGAAATTAAAGAGTCCAATTTATCGTCATCTTCTTGGCCTTCCCGTGAACACCCAAGCAGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130997312
ATGGTCCGCCTCTTCCGATCCAAGTCCTGCTCTCTCAACTCAATGCCGCCGCCTCTCTACGAAGGCGACGAGGAAGACGACGACGACGACGGCTATTTCGGGGACTTGAACACTGACGAGGACGACGAGGATGAGGATGAGGAAGAGGACGGAGGTTCCGAGAATCCGGCCACCACGCCTTTTTTGAGCCCAGGCGGAAACGGTGGGAATCAGTCGCAGTTTTCTGTGCTGGGGGTGGTGGCGGCGGCACTGCGGAAGTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057778572.1
MVRLFRSKSCSLNSMPPPLYEGDEEDDDDDGYFGDLNTDEDDEDEDEEEDGGSENPATTPFLSPGGNGGNQSQFSVLGVVAAALRKSLVTCSVDTDDVASDVDIGWPTDVRHVSHVTFDRFNGFLGLPLDLQPDVPPKPPSASASVFGVSAQSMQCSFDSRGNSVPTILLRMQSRLYSEGGLQAEGIFRINAENSQEENVRQQLNKGVVPHGIDVHCLSGLIKAWFRELPSGVLDCLRAEEVMHCNTEEECSELVKKLPP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器