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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G002688`

染色体: Chr08 坐标: 26488997-26493972 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G002688`
名称	SmilChr08G002688
描述	U-box domain-containing protein 43-like
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	26488997 - 26493972 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130997321`
GeneID	`130997321`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130997321`
原始查询	`LOC130997321`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	U-box domain-containing protein 43-like
产物	U-box domain-containing protein 43-like
Arabidopsis	`AT1G76390` (PUB43) ARM repeat superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843971] identity=29.8; qcov=0.786; evalue=9.17e-67; confidence=low
Rice	`Os01g0948500` - identity=32.9; qcov=0.6; evalue=8.72e-88; confidence=low
GO	GO:0004842 (ubiquitin-protein transferase activity); GO:0005515 (protein binding); GO:0007166 (cell surface receptor signaling pathway); GO:0016567 (protein ubiquitination)
KEGG	-
Pfam	PF00514 (Arm); PF04564 (U-box); PF11789 (zf-Nse); PF13445 (zf-RING_UBOX)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130997321

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	1.00000	`XP_057778583.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.60000	`XP_057778583.1`
3	Cytoplasm	细胞质	0.20000	`XP_057778583.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057778583.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057778583.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:26490006`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C1,C61
`Chr8:26490090`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B46,B64,C47
`Chr8:26490093`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B113,B97,C8
`Chr8:26490198`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B109,B113,B97,C8
`Chr8:26490498`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	D10,D11
`Chr8:26490534`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B108
`Chr8:26490860`	`TGG`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	B123
`Chr8:26490860`	`TGG`	`T`	2bp_deletion	CDS_variant	1	B123
`Chr8:26490989`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C39
`Chr8:26491188`	`GCA`	`G`	2bp_deletion	frameshift_variant	5	A2,A5,B7,B80,C81
`Chr8:26491188`	`GCA`	`G`	2bp_deletion	CDS_variant	5	A2,A5,B7,B80,C81
`Chr8:26491239`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B108

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057778583.1

1009 aa

504

1009

zf-Nse

U-box

zf-RING_UBOX

Arm

PF11789 zf-Nse 263-305 aa PF04564 U-box 265-332 aa PF13445 zf-RING_UBOX 267-304 aa PF00514 Arm 809-842 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057778583.1`	Pfam	`PF11789`	zf-Nse	Domain	263	305	3.1e-07	30.8	Zinc-finger of the MIZ type in Nse subunit
`XP_057778583.1`	Pfam	`PF04564`	U-box	Domain	265	332	2.9e-19	69.7	U-box domain
`XP_057778583.1`	Pfam	`PF13445`	zf-RING_UBOX	Domain	267	304	2.4e-06	28.2	RING-type zinc-finger
`XP_057778583.1`	Pfam	`PF00514`	Arm	Repeat	809	842	4e-24	84.5	Armadillo/beta-catenin-like repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057922600.1
AATGTGTCCCATTTGGGAAACTACAAGGAATAAGAGCGGTACAAACACAGAGATTTCTGTGACTAATTAAGCCAAGTCGTTGAGAGTTTCCATTTTTCACTTGATTTTATTATTGGGCTTTTCTTTATGGTGGACCTCTTTACGTGCAACTCGGTATCCTTTTACTCTTTCAACACAAATCCAATTTCGTTATCATCTCCCAATTTCAGCTCATTAACTCATCATTTCATGCAAGATCGTTACTTTTTTCCGCCTAGTTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130997321
ATGGTTATGGACGTGCTGATCAATTCGTCTGTTACTCCGTTAGTGGAAGCCGCCTCTCAGATTATTGAGGGTATCATAGAGATGGTAGTTGCATCTGAAAATGTCCTTGTTGGCAAGAAAAGCTTTGTCAAACTCTCGTCTTACTTGAACGCGCTTGTTCCTCTCTTGCAAGAGTTGAATAGGGGACACATTGCTGCTTCTGAAGGCATACAGAACTTCATTGAGATTCTGGACCATCAGGTGAGGGAGGGGAAGAAGCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057778583.1
MVMDVLINSSVTPLVEAASQIIEGIIEMVVASENVLVGKKSFVKLSSYLNALVPLLQELNRGHIAASEGIQNFIEILDHQVREGKKLIRDCSERSRFYLLVNSRSIAKHVEAITKEIIRAISCIPFASLNVSLKMRDDIEQLISNMQNAEFRAALAEEDILEKIESGIQERNVDRSYANDLLVSIAKAVGVPTDRSALKKEFDDFKSEIENLCSRKDKAEAIQMDQIIALLERADVASSLDDKEKKYLNKRNSLGVQPLE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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