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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G002690

染色体: Chr08 坐标: 26499984-26502617 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G002690
名称SmilChr08G002690
描述serine/arginine-rich splicing factor RS31-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向26499984 - 26502617 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130997322
GeneID130997322
locus_tag-
NCBI NameLOC130997322
原始查询LOC130997322

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述serine/arginine-rich splicing factor RS31-like
产物serine/arginine-rich splicing factor RS31-like
ArabidopsisAT3G61860 (RS31)
RNA-binding (RRM/RBD/RNP motifs) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825359]
identity=69; qcov=1.13; evalue=2.92e-93; confidence=high
RiceOs04g0118900
-
identity=69.4; qcov=0.903; evalue=2.2e-85; confidence=high
GOGO:0000398 (mRNA splicing, via spliceosome); GO:0003723 (RNA binding); GO:0016607 (nuclear speck)
KEGGsmil03040 (Spliceosome - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00076 (RRM_1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130997322

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057778584.1
2 Nucleoplasm 核质 1.00000 XP_057778586.1
3 Nuclear speckle 核斑点 1.00000 XP_057778587.1
4 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057778586.1
5 Chromatin 染色质 0.20000 XP_057778587.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:26500400 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B104,B74,C73,D2
Chr8:26501386 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 C13,C39,C83,D6
Chr8:26501531 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B32
Chr8:26501554 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B15,B41,C15
Chr8:26501582 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B74,C73,D2
Chr8:26501854 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B1
Chr8:26501895 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B25
Chr8:26502062 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C51
Chr8:26502072 GTT G 2bp_deletion frameshift_variant 1 A1
Chr8:26502072 GTT G 2bp_deletion CDS_variant 1 A1
Chr8:26502131 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B15,B32,B66,B8
Chr8:26502262 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B74,C73,D2

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057778584.1
238 aa
N
1
119
238
RRM_1
RRM_1
C
PF00076 RRM_1 4-60 aa PF00076 RRM_1 93-155 aa
XP_057778585.1
237 aa
N
1
118
237
RRM_1
RRM_1
C
PF00076 RRM_1 4-60 aa PF00076 RRM_1 93-155 aa
XP_057778586.1
225 aa
N
1
112
225
RRM_1
RRM_1
C
PF00076 RRM_1 21-47 aa PF00076 RRM_1 80-142 aa
XP_057778587.1
206 aa
N
1
103
206
RRM_1
RRM_1
C
PF00076 RRM_1 4-28 aa PF00076 RRM_1 61-123 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057778584.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 4 60 1e-30 106.1 RNA recognition motif
XP_057778584.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 93 155 1e-30 106.1 RNA recognition motif
XP_057778585.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 4 60 1e-30 106.1 RNA recognition motif
XP_057778585.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 93 155 1e-30 106.1 RNA recognition motif
XP_057778586.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 21 47 4.4e-20 72.0 RNA recognition motif
XP_057778586.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 80 142 4.4e-20 72.0 RNA recognition motif
XP_057778587.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 4 28 1.3e-19 70.5 RNA recognition motif
XP_057778587.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 61 123 1.3e-19 70.5 RNA recognition motif

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057922601.1
GTCTCTCCACCCCGCCGTGCACTTAAAATTCAATTTGAAATCTAGGGTTCTTAGTCTCGCACAAATAAATAAATAAAGAACTAATGAGACGATATATATTGATTCCGATAGATGCTCGTCTCCAACTCACAGTCACTCCTTTTTTTTCATACTTTAATCAACGTTGCTTCTCGAAGCTACGTGCCCTTTGAATTTGCAAGGTTTTGTTCTGCAAGTTAGAATCTTGTGAGCGGCGAAAGATGAGGCCTATTTTTTGCGGG...
XM_057922602.1
CTTAAAATTCAATTTGAAATCTAGGGTTCTTAGTCTCGCACAAATAAATAAATAAAGAACTAATGAGACGATATATATTGATTCCGATAGATGCTCGTCTCCAACTCACAGTCACTCCTTTTTTTTCATACTTTAATCAACGTTGCTTCTCGAAGCTACGTGCCCTTTGAATTTGCAAGGTTTTGTTCTGCAAGTTAGAATCTTGTGAGCGGCGAAAGATGAGGCCTATTTTTTGCGGGAACTTTGAGTACGAAACTCGG...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC130997322
ATGAGGCCTATTTTTTGCGGGAACTTTGAGTACGAAACTCGGCAATCCGACTTGGAGCGGTTGTTTTCCAAGTATGGAAGAGTCGAACGCGTCGACATGAAATCTGGATTTGCTTTTGTTTACTTTGAGGATGAACGTGATGCTGAAGATGCCATCCGCAATCTTGATAATATACCATTTGGGTATGATAGGCGTAGGTTGTCAGTTGAATGGGCCAAGGGTGAACGTGGTAGGCATCGTGATGGGAGAGCTGCAAATCA...
LOC130997322
ATGAGGCCTATTTTTTGCGGGAACTTTGAGTACGAAACTCGGCAATCCGACTTGGAGCGGTTGTTTTCCAAGTATGGAAGAGTCGAACGCGTCGACATGAAATCTGGATTTGCTTTTGTTTACTTTGAGGATGAACGTGATGCTGAAGATGCCATCCGCAATCTTGATAATATACCATTTGGGTATGATAGGCGTAGGTTGTCAGTTGAATGGGCCAAGGGTGAACGTGGTAGGCATCGTGATGGGAGAGCTGCAAATCA...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057778584.1
MRPIFCGNFEYETRQSDLERLFSKYGRVERVDMKSGFAFVYFEDERDAEDAIRNLDNIPFGYDRRRLSVEWAKGERGRHRDGRAANQRPTKTLFVINFDPLRTKVHDIERHFEPYGKLLNVRIRRNFAFVQFETQDDATKALECTHLSKILDRVVSVEYALKDDDERGGMHESPRRNYGRRGDSPYRRSPSPGFRRNRPSPDYGRDRSPVYDRYNGPSYDRGKSPDYGRFRSRSPVRR
XP_057778585.1
MRPIFCGNFEYETRQSDLERLFSKYGRVERVDMKSGFAFVYFEDERDAEDAIRNLDNIPFGYDRRRLSVEWAKGERGRHRDGRAANQRPTKTLFVINFDPLRTKVHDIERHFEPYGKLLNVRIRRNFAFVQFETQDDATKALECTHLSKILDRVVSVEYALKDDDERGGMHESPRRNYGRRGDSPYRRSPSPGFRRNRPSPDYGRDRSPVYDRYNGPSYDRGKSPDYGRFRRSPVRR

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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