当前解析结果
SmilChr08G002695| 统一新 Gene ID | SmilChr08G002695 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G002695 |
| 描述 | protein LEAD-SENSITIVE 1-like |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 26549482 - 26551545 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130997327 |
|---|---|
| GeneID | 130997327 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130997327 |
| 原始查询 | LOC130997327 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | protein LEAD-SENSITIVE 1-like |
| 产物 | protein LEAD-SENSITIVE 1-like |
| Arabidopsis | AT1G01225 (AT1G01225)NC domain-containing protein-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839358] identity=75.8; qcov=0.944; evalue=6.92e-130; confidence=high |
| Rice | Os09g0526800 (OJ1439_F07.19-1)- identity=68.6; qcov=0.96; evalue=3.61e-121; confidence=high |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF04970 (LRAT) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130997327 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Endoplasmic reticulum | 内质网 | 0.80000 | XP_057778595.1 |
| 2 | Endoplasmic reticulum membrane | 内质网膜 | 0.40000 | XP_057778595.1 |
| 3 | Nucleus membrane | 核膜 | 0.20000 | XP_057778595.1 |
| 4 | Lipid droplet | 脂滴 | 0.20000 | XP_057778595.1 |
| 5 | Mitochondrion | 线粒体 | 0.20000 | XP_057778596.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:26549716 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B53 |
Chr8:26550836 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B13 |
Chr8:26550901 |
C |
CT |
1bp_insertion | frameshift_variant | 10 | B125,B131,B2,B81,C21,C23,C30,C35,C36,C74 |
Chr8:26550952 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B86,C8 |
Chr8:26550953 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B33,B49,B98,C32,C68 |
Chr8:26550968 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D2 |
Chr8:26551024 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B140,B86,C8,C82 |
Chr8:26551195 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B35 |
Chr8:26551311 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C83 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057778595.1PF04970
LRAT 12-161 aa
XP_057778596.1PF04970
LRAT 12-157 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057778595.1 |
Pfam | PF04970 |
LRAT | Domain | 12 | 161 | 4.1e-26 | 92.3 | Lecithin retinol acyltransferase |
XP_057778596.1 |
Pfam | PF04970 |
LRAT | Domain | 12 | 157 | 3.1e-29 | 102.4 | Lecithin retinol acyltransferase |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
2 records
下载 cDNA FASTA2 records
下载 CDS FASTA2 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。