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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G002695

染色体: Chr08 坐标: 26549482-26551545 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G002695
名称SmilChr08G002695
描述protein LEAD-SENSITIVE 1-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向26549482 - 26551545 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130997327
GeneID130997327
locus_tag-
NCBI NameLOC130997327
原始查询LOC130997327

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein LEAD-SENSITIVE 1-like
产物protein LEAD-SENSITIVE 1-like
ArabidopsisAT1G01225 (AT1G01225)
NC domain-containing protein-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839358]
identity=75.8; qcov=0.944; evalue=6.92e-130; confidence=high
RiceOs09g0526800 (OJ1439_F07.19-1)
-
identity=68.6; qcov=0.96; evalue=3.61e-121; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF04970 (LRAT)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130997327

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 0.80000 XP_057778595.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.40000 XP_057778595.1
3 Nucleus membrane 核膜 0.20000 XP_057778595.1
4 Lipid droplet 脂滴 0.20000 XP_057778595.1
5 Mitochondrion 线粒体 0.20000 XP_057778596.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:26549716 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B53
Chr8:26550836 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B13
Chr8:26550901 C CT 1bp_insertion frameshift_variant 10 B125,B131,B2,B81,C21,C23,C30,C35,C36,C74
Chr8:26550952 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B86,C8
Chr8:26550953 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B33,B49,B98,C32,C68
Chr8:26550968 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D2
Chr8:26551024 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B140,B86,C8,C82
Chr8:26551195 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B35
Chr8:26551311 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C83

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057778595.1
253 aa
N
1
126
253
LRAT
C
PF04970 LRAT 12-161 aa
XP_057778596.1
249 aa
N
1
124
249
LRAT
C
PF04970 LRAT 12-157 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057778595.1 Pfam PF04970 LRAT Domain 12 161 4.1e-26 92.3 Lecithin retinol acyltransferase
XP_057778596.1 Pfam PF04970 LRAT Domain 12 157 3.1e-29 102.4 Lecithin retinol acyltransferase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057922613.1
TCGTGGGAAAAATAAACGTACATCACAAGCAAAGCATATCTCTCTTCGATGTCGAGAACAGGAAACTTACCTTGGATACCCATACCAAGAATCTAAGAATTTCTTATATTGAGTGAGAAATATAAAAATAAAATAAAGATGGAAAATAAGACCCAATTTACTCGAAAAAGAGAAAGAGAAGGTACAAAATTTGTTGACAGGATTGAATTGTTGTGGTGAAAGAGAGATGGGTTTGCTCTCCAACAGAGTGGAGCGGAATG...
XM_057922612.1
AAACGTACATCACAAGCAAAGCATATCTCTCTTCGATGTCGAGAACAGGAAACTTACCTTGGATACCCATACCAAGAATCTAAGAATTTCTTATATTGAGTGAGAAATATAAAAATAAAATAAAGATGGAAAATAAGACCCAATTTACTCGAAAAAGAGAAAGAGAAGGTACAAAATTTGTTGACAGGATTGAATTGTTGTGGTGAAAGAGAGATGGGTTTGCTCTCCAACAGAGTGGAGCGGAATGAGATCAAGCCAGG...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130997327
ATGGGTTTGCTCTCCAACAGAGTGGAGCGGAATGAGATCAAGCCAGGGGATCACATCTACACTTACAGAGCAGTCTTTGCATACTCTCATCATGGTTTCATCTTCTGTATCTTTGTCGGAAGCAGCAAAGTGGTTCATTTCACGCGTGTTGCGACCTCTTCCACGTCCAACCACGAAGCACACAGCGTGACTGAAGCGTGTCCGACCTTTCCTGACTGCGGTCTGAGGCAGCCAGGCAGCGGGGTTGTCCTCTCTTGCAT...
LOC130997327
ATGGGTTTGCTCTCCAACAGAGTGGAGCGGAATGAGATCAAGCCAGGGGATCACATCTACACTTACAGAGCAGTCTTTGCATACTCTCATCATGGTATCTTTGTCGGAAGCAGCAAAGTGGTTCATTTCACGCGTGTTGCGACCTCTTCCACGTCCAACCACGAAGCACACAGCGTGACTGAAGCGTGTCCGACCTTTCCTGACTGCGGTCTGAGGCAGCCAGGCAGCGGGGTTGTCCTCTCTTGCATCGACTGCTTCCT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057778595.1
MGLLSNRVERNEIKPGDHIYTYRAVFAYSHHGFIFCIFVGSSKVVHFTRVATSSTSNHEAHSVTEACPTFPDCGLRQPGSGVVLSCIDCFLNNGSLYSFEYGVSPSVFLAKVRGGTCTTAASDPSETVIHRAMHLFRNGFGNYDVFQNNCEDFALYCKTGLLTVERLGVGRSGQASSVIGAPLAALLSSPLKLLMPSPVGVATMTAGMYCISRYATDIGVRSDVVKVSVEELSINLGWGSDQENVVSNSQQIR
XP_057778596.1
MGLLSNRVERNEIKPGDHIYTYRAVFAYSHHGIFVGSSKVVHFTRVATSSTSNHEAHSVTEACPTFPDCGLRQPGSGVVLSCIDCFLNNGSLYSFEYGVSPSVFLAKVRGGTCTTAASDPSETVIHRAMHLFRNGFGNYDVFQNNCEDFALYCKTGLLTVERLGVGRSGQASSVIGAPLAALLSSPLKLLMPSPVGVATMTAGMYCISRYATDIGVRSDVVKVSVEELSINLGWGSDQENVVSNSQQIR

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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