当前解析结果
SmilChr08G002733| 统一新 Gene ID | SmilChr08G002733 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G002733 |
| 描述 | dynamin-related protein 5A |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 26959192 - 26964413 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130997362 |
|---|---|
| GeneID | 130997362 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130997362 |
| 原始查询 | LOC130997362 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | dynamin-related protein 5A |
| 产物 | dynamin-related protein 5A |
| Arabidopsis | AT5G42080 (DL1)dynamin-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834213] identity=83.8; qcov=1; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os05g0556100 (OsDRP1A)- identity=88; qcov=1; evalue=0; confidence=high |
| GO | GO:0003924 (GTPase activity); GO:0005525 (GTP binding); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0005874 (microtubule); GO:0008017 (microtubule binding); GO:0016020 (membrane) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00350 (Dynamin_N); PF01031 (Dynamin_M); PF02212 (GED) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130997362 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057778634.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.60000 | XP_057778634.1 |
| 3 | Phragmoplast | Phragmoplast | 0.60000 | XP_057778634.1 |
| 4 | Cytoskeleton | 细胞骨架 | 0.40000 | XP_057778634.1 |
| 5 | Cytoplasmic vesicle | 细胞质囊泡 | 0.20000 | XP_057778634.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:26959502 |
TG |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B127 |
Chr8:26959502 |
TG |
T |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | B127 |
Chr8:26959556 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | C13,C39,C83 |
Chr8:26960994 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B85 |
Chr8:26962835 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B84 |
Chr8:26962907 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B10 |
Chr8:26962940 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B13 |
Chr8:26964173 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B85 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057778634.1PF00350
Dynamin_N 37-212 aa
PF01031
Dynamin_M 220-488 aa
PF02212
GED 513-605 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057778634.1 |
Pfam | PF00350 |
Dynamin_N | Domain | 37 | 212 | 3.1e-54 | 184.2 | Dynamin family |
XP_057778634.1 |
Pfam | PF01031 |
Dynamin_M | Family | 220 | 488 | 1.7e-64 | 218.5 | Dynamin central region |
XP_057778634.1 |
Pfam | PF02212 |
GED | Family | 513 | 605 | 2.8e-22 | 79.4 | Dynamin GTPase effector domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。