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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G002733

染色体: Chr08 坐标: 26959192-26964413 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G002733
名称SmilChr08G002733
描述dynamin-related protein 5A
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向26959192 - 26964413 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130997362
GeneID130997362
locus_tag-
NCBI NameLOC130997362
原始查询LOC130997362

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述dynamin-related protein 5A
产物dynamin-related protein 5A
ArabidopsisAT5G42080 (DL1)
dynamin-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834213]
identity=83.8; qcov=1; evalue=0; confidence=high
RiceOs05g0556100 (OsDRP1A)
-
identity=88; qcov=1; evalue=0; confidence=high
GOGO:0003924 (GTPase activity); GO:0005525 (GTP binding); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0005874 (microtubule); GO:0008017 (microtubule binding); GO:0016020 (membrane)
KEGG-
PfamPF00350 (Dynamin_N); PF01031 (Dynamin_M); PF02212 (GED)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130997362

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057778634.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057778634.1
3 Phragmoplast Phragmoplast 0.60000 XP_057778634.1
4 Cytoskeleton 细胞骨架 0.40000 XP_057778634.1
5 Cytoplasmic vesicle 细胞质囊泡 0.20000 XP_057778634.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:26959502 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 1 B127
Chr8:26959502 TG T 1bp_deletion CDS_variant 1 B127
Chr8:26959556 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C13,C39,C83
Chr8:26960994 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B85
Chr8:26962835 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B84
Chr8:26962907 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B10
Chr8:26962940 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B13
Chr8:26964173 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B85

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057778634.1
609 aa
N
1
304
609
Dynamin_N
Dynamin_M
GED
C
PF00350 Dynamin_N 37-212 aa PF01031 Dynamin_M 220-488 aa PF02212 GED 513-605 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057778634.1 Pfam PF00350 Dynamin_N Domain 37 212 3.1e-54 184.2 Dynamin family
XP_057778634.1 Pfam PF01031 Dynamin_M Family 220 488 1.7e-64 218.5 Dynamin central region
XP_057778634.1 Pfam PF02212 GED Family 513 605 2.8e-22 79.4 Dynamin GTPase effector domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057922651.1
ACGGCATCGTTTCCTTTGAAATTTGAAAGCGGAAAAAGCCAAAGCACAGGCCGGTGTCAACCACCGACGACGCCGTTTAACCTCTCCTGTGTATCCATTCATTTTCAAATTCAATTTCTTCACCTGCTAATCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCCAGCTCCGAGATCGAACAGTAGCTAGTGATAAGGTTCTCTCTATCTCTAGCTTCACAACTACGCAATTTCTAAAGTGCAGTCATCGCCGAGTCAAGTCCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130997362
ATGGAGAATCTGATTTCATTGGTTAACCGACTGCAGAGAGCGTGCACCGCTCTCGGAGATCACGGCGAAGAGACCGCGCTGCCTACTCTCTGGGACGCCTTGCCTTCTATCGCCGTCGTCGGCGGTCAGAGTTCTGGAAAGTCTTCAGTACTTGAAAGTGTTGTCGGGAAAGACTTTTTACCTCGTGGATCTGGTATTGTTACTCGACGCCCTCTTGTTCTGCAGCTTCATCGGCTTGATGAAGGTAGAGAATATGCAGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057778634.1
MENLISLVNRLQRACTALGDHGEETALPTLWDALPSIAVVGGQSSGKSSVLESVVGKDFLPRGSGIVTRRPLVLQLHRLDEGREYAEFGHLPRRRFTDFAAVRKEIADETDRETGRSKQISTVPIYLSIYSPNVVNLTLIDLPGLTKVAVDGQPDSIVMDIENMVRSYIEKPNCIILAISPANQDLATSDAIKISREVDPKGERTFGVLTKIDLMDKGTDAVDILEGKAYRLQFPWIGVVNRSQQDINKNVDMIAARRRE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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