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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G002736`

染色体: Chr08 坐标: 26977725-26990883 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G002736`
名称	SmilChr08G002736
描述	protein REDUCED CHLOROPLAST COVERAGE 1
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	26977725 - 26990883 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130997364`
GeneID	`130997364`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130997364`
原始查询	`LOC130997364`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein REDUCED CHLOROPLAST COVERAGE 1
产物	protein REDUCED CHLOROPLAST COVERAGE 1
Arabidopsis	`AT1G01320` (AT1G01320) Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839293] identity=57; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os04g0645100` (FLO2) - identity=54.2; qcov=0.624; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0005515 (protein binding); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0006996 (organelle organization)
KEGG	-
Pfam	PF12807 (eIF3_p135); PF13374 (TPR_10); PF13424 (TPR_12); PF15044 (CLU_N)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130997364

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytosol	细胞质基质	0.40000	`XP_057778635.1`
2	Golgi apparatus	高尔基体	0.40000	`XP_057778635.1`
3	Cytoplasm	细胞质	0.20000	`XP_057778635.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057778635.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057778635.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:26978521`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B108
`Chr8:26978872`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B123,B124,B132,B28
`Chr8:26978920`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B13
`Chr8:26978921`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C4
`Chr8:26979163`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B107,B121,B134,B79
`Chr8:26979514`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B123,B124,B132,B28
`Chr8:26979556`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B123,B124,B132,B28
`Chr8:26979747`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B13
`Chr8:26979932`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B29
`Chr8:26982530`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B125,C21,C36
`Chr8:26983173`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C23
`Chr8:26985017`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B108

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057778635.1

1906 aa

953

1906

CLU_N

eIF3_p135

TPR_12

TPR_10

TPR_12

TPR_10

TPR_12

PF15044 CLU_N 45-115 aa PF12807 eIF3_p135 735-877 aa PF13424 TPR_12 917-979 aa PF13374 TPR_10 947-988 aa PF13424 TPR_12 947-1017 aa PF13374 TPR_10 989-1030 aa PF13374 TPR_10 1031-1071 aa PF13424 TPR_12 1031-1105 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057778635.1`	Pfam	`PF15044`	CLU_N	Family	45	115	1.2e-10	42.4	Mitochondrial function, CLU-N-term
`XP_057778635.1`	Pfam	`PF12807`	eIF3_p135	Family	735	877	7.1e-28	98.5	Translation initiation factor eIF3 subunit 135
`XP_057778635.1`	Pfam	`PF13424`	TPR_12	Repeat	917	979	4.5e-29	101.2	Tetratricopeptide repeat
`XP_057778635.1`	Pfam	`PF13374`	TPR_10	Repeat	947	988	5.2e-30	103.2	Tetratricopeptide repeat
`XP_057778635.1`	Pfam	`PF13424`	TPR_12	Repeat	947	1017	4.5e-29	101.2	Tetratricopeptide repeat
`XP_057778635.1`	Pfam	`PF13374`	TPR_10	Repeat	989	1030	5.2e-30	103.2	Tetratricopeptide repeat
`XP_057778635.1`	Pfam	`PF13374`	TPR_10	Repeat	1031	1071	5.2e-30	103.2	Tetratricopeptide repeat
`XP_057778635.1`	Pfam	`PF13424`	TPR_12	Repeat	1031	1105	4.5e-29	101.2	Tetratricopeptide repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA

XR_009093063.1
CCATTATAATTCTGACTGTTAAATCTCAACCCTTCCTTCCTTATCACACCCCACCTCCCTCTATATCTCTTTCTCTCTGCTTCCATTCTATCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCGATACTTGAAAAGCTTCAACTCAAACTCTTTAATGGTGCACTTTTATTTCATTATTACTATCTAAACTTTAAAACCTCAAATAAGCCTTCCAAAGTACAACCTTCTACAGCTCTACTCAGCAGGGTACAACCTCCTGCTACTGTCGAG...

XR_009093062.1
TTCCTTCCTTATCACACCCCACCTCCCTCTATATCTCTTTCTCTCTGCTTCCATTCTATCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCGATACTTGAAAAGCTTCAACTCAAACTCTTTAATGGTGCACTTTTATTTCATTATTACTATCTAAACTTTAAAACCTCAAATAAGCCTTCCAAAGTACAACCTTCTACAGCTCTACTCAGCAGGGTACAACCTCCTGCTACTGAGTCATTCATCATATCAACTAAACTAGTCGAGCTCGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130997364
ATGGCACCCAAGAGTGGCCGCGGCAAGACGAAGGGAGACAAGAAGAAGAAAGAAGAAAAGGTTCTTCCAGTTGTGGTGGATATTAAACTGAATCTGCCGGACGAGACTCATGTTATTTTGAAGGGAATTTCCACCGATAGAATTATAGACGTTCGTCGATTATTGTCTGTTAGTACGGTAACGTGCAACATCACCAATTATTCGTTATCTCACGAGGTTAGGGGCCCCCGATTAAAAGATGCGGTGGACGTCTCCGCATT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057778635.1
MAPKSGRGKTKGDKKKKEEKVLPVVVDIKLNLPDETHVILKGISTDRIIDVRRLLSVSTVTCNITNYSLSHEVRGPRLKDAVDVSALKPCTLTLVEEDYNEDSATAHVRRLLDIVACTTSFGPSADKDSSSPAASVAPKAGEEGKDGRGAPDAKFSKKPSKSPRAKTKKDNSPPPLPADSEAKDGSAAAVDREGEMSNTSPKLGSFYEFFSLSHLTPPLQFIRRASRKSIDGVSGDDHLFSLEVKLCNGKLVLIEASRKG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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