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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G002830

染色体: Chr08 坐标: 28158579-28167036 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G002830
名称SmilChr08G002830
描述putative lysine-specific demethylase JMJ16
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向28158579 - 28167036 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130997420
GeneID130997420
locus_tag-
NCBI NameLOC130997420
原始查询LOC130997420

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述putative lysine-specific demethylase JMJ16
产物putative lysine-specific demethylase JMJ16
ArabidopsisAT1G08620 (PKDM7D)
Transcription factor jumonji (jmj) family protein / zinc finger (C5HC2 type) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837384]
identity=53.5; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
RiceOs05g0196500 (JMJ703)
-
identity=60.1; qcov=0.562; evalue=0; confidence=medium
GOGO:0005634 (nucleus); GO:0006338 (chromatin remodeling); GO:0034647 (histone H3K4me/H3K4me2/H3K4me3 demethylase activity)
KEGG-
PfamPF02373 (JmjC); PF02375 (JmjN); PF02928 (zf-C5HC2); PF05964 (FYRN); PF05965 (FYRC)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130997420

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057778711.1
2 Nucleoplasm 核质 0.20000 XP_057778711.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057778711.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057778711.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057778711.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:28158944 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C8
Chr8:28159032 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B117,C25
Chr8:28160061 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B115
Chr8:28160336 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D6
Chr8:28160720 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B26,B78
Chr8:28160871 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B117,C14,C39,C83
Chr8:28160964 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C60
Chr8:28161018 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D6
Chr8:28161849 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A9,B89,D1
Chr8:28161879 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 250 A1,A10,A11,A13,A14,A15,A18,A19,A2,A20,A21,A22,A23,A24,A25,A4,A5,A6,A7,A8,A9,B1,B10,B100,B101,B102,B103,B104,B105,B106,B107,B108,B109,B11,B111,B112,B113,B114,B115,B117,B118,B119,B12,B120,B121,B122,B123,B124,B125,B126,B127,B129,B13,B130,B131,B132,B133,B134,B135,B136,B137,B138,B139,B14,B140,B15,B16,B17,B18,B19,B2,B20,B21,B22,B23,B24,B25,B26,B27,B28,B29,B3,B30,B31,B32,B33,B34,B35,B36,B37,B39,B4,B40,B41,B42,B43,B44,B45,B46,B47,B48,B49,B5,B50,B51,B52,B53,B54,B55,B57,B58,B59,B6,B60,B61,B62,B63,B64,B65,B66,B67,B68,B69,B7,B70,B71,B72,B73,B74,B75,B76,B77,B78,B79,B8,B80,B81,B82,B83,B84,B85,B86,B87,B88,B89,B9,B90,B91,B92,B93,B94,B95,B97,B98,B99,C1,C10,C11,C12,C14,C15,C16,C17,C18,C19,C2,C20,C21,C22,C23,C24,C25,C26,C27,C28,C29,C3,C30,C31,C32,C33,C34,C35,C36,C37,C39,C4,C40,C41,C42,C43,C44,C45,C46,C47,C48,C49,C5,C50,C51,C52,C53,C54,C55,C56,C57,C58,C59,C6,C60,C61,C62,C63,C64,C65,C66,C67,C68,C69,C7,C70,C71,C72,C73,C74,C75,C76,C77,C78,C79,C8,C80,C81,C82,C84,C85,C86,C87,C9,D1,D10,D11,D2,D3,D4,D5,D6,D7,D8,D9
Chr8:28161904 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B130,B78
Chr8:28161919 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 42 A21,A4,A6,A8,B103,B114,B119,B120,B129,B131,B137,B138,B15,B34,B36,B4,B46,B58,B59,B67,B80,B83,B87,B89,B94,C1,C17,C20,C22,C28,C34,C36,C43,C51,C55,C60,C7,C72,C79,C80,C84,D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057778711.1
1256 aa
N
1
628
1256
JmjN
JmjC
zf-C5HC2
FYRN
FYRC
C
PF02375 JmjN 153-186 aa PF02373 JmjC 400-516 aa PF02928 zf-C5HC2 623-675 aa PF05964 FYRN 1037-1083 aa PF05965 FYRC 1088-1174 aa
XP_057778713.1
1243 aa
N
1
622
1243
JmjN
JmjC
zf-C5HC2
FYRN
FYRC
C
PF02375 JmjN 140-173 aa PF02373 JmjC 387-503 aa PF02928 zf-C5HC2 610-662 aa PF05964 FYRN 1024-1070 aa PF05965 FYRC 1075-1161 aa
XP_057778714.1
1243 aa
N
1
622
1243
JmjN
JmjC
zf-C5HC2
FYRN
FYRC
C
PF02375 JmjN 140-173 aa PF02373 JmjC 387-503 aa PF02928 zf-C5HC2 610-662 aa PF05964 FYRN 1024-1070 aa PF05965 FYRC 1075-1161 aa
XP_057778715.1
1243 aa
N
1
622
1243
JmjN
JmjC
zf-C5HC2
FYRN
FYRC
C
PF02375 JmjN 140-173 aa PF02373 JmjC 387-503 aa PF02928 zf-C5HC2 610-662 aa PF05964 FYRN 1024-1070 aa PF05965 FYRC 1075-1161 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057778711.1 Pfam PF02375 JmjN Family 153 186 3e-16 59.6 jmjN domain
XP_057778711.1 Pfam PF02373 JmjC Domain 400 516 1.9e-45 154.7 JmjC domain, hydroxylase
XP_057778711.1 Pfam PF02928 zf-C5HC2 Domain 623 675 5.8e-16 59.3 C5HC2 zinc finger
XP_057778711.1 Pfam PF05964 FYRN Family 1037 1083 5.6e-10 39.4 F/Y-rich N-terminus
XP_057778711.1 Pfam PF05965 FYRC Family 1088 1174 1.9e-20 73.5 F/Y rich C-terminus
XP_057778713.1 Pfam PF02375 JmjN Family 140 173 3e-16 59.7 jmjN domain
XP_057778713.1 Pfam PF02373 JmjC Domain 387 503 1.9e-45 154.7 JmjC domain, hydroxylase
XP_057778713.1 Pfam PF02928 zf-C5HC2 Domain 610 662 5.7e-16 59.3 C5HC2 zinc finger
XP_057778713.1 Pfam PF05964 FYRN Family 1024 1070 5.6e-10 39.4 F/Y-rich N-terminus
XP_057778713.1 Pfam PF05965 FYRC Family 1075 1161 1.8e-20 73.6 F/Y rich C-terminus
XP_057778714.1 Pfam PF02375 JmjN Family 140 173 3e-16 59.7 jmjN domain
XP_057778714.1 Pfam PF02373 JmjC Domain 387 503 1.9e-45 154.7 JmjC domain, hydroxylase
XP_057778714.1 Pfam PF02928 zf-C5HC2 Domain 610 662 5.7e-16 59.3 C5HC2 zinc finger
XP_057778714.1 Pfam PF05964 FYRN Family 1024 1070 5.6e-10 39.4 F/Y-rich N-terminus
XP_057778714.1 Pfam PF05965 FYRC Family 1075 1161 1.8e-20 73.6 F/Y rich C-terminus
XP_057778715.1 Pfam PF02375 JmjN Family 140 173 3e-16 59.7 jmjN domain
XP_057778715.1 Pfam PF02373 JmjC Domain 387 503 1.9e-45 154.7 JmjC domain, hydroxylase
XP_057778715.1 Pfam PF02928 zf-C5HC2 Domain 610 662 5.7e-16 59.3 C5HC2 zinc finger
XP_057778715.1 Pfam PF05964 FYRN Family 1024 1070 5.6e-10 39.4 F/Y-rich N-terminus
XP_057778715.1 Pfam PF05965 FYRC Family 1075 1161 1.8e-20 73.6 F/Y rich C-terminus

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057922728.1
TTGTATTACTATAATTCTAGTTATATTTTAGGTCAGAGGAACTTTTGATCACTATATTTTGAAGAAATCCCTCTTTTCTTAAGACACGAAGAAATCTTTCGGAAAAACATGTTATAAACGTGAAATGGCTCTTCAACTTATAAGCCAACAAATACAAACTTAGTTTTGATCTTAAGCAATAAATGCTACAAAGATAATTTTAAGCAGGAATTGGTGATGGGCACATGGTTTCATAGCAAAGCAAAGTCCGCGGTAATGGG...
XM_057922731.1
TTGTATTACTATAATTCTAGTTATATTTTAGGTCAGAGGAACTTTTGATCACTATATTTTGAAGAAATCCCTCTTTTCTTAAGACACGAAGAAATCTTTCGGAAAAACATGTTATAAACGTGAAATGGCTCTTCAACTTATAAGCCAACAAATACAAACTTAGTTTTGATCTTAAGCAATAAATGCTACAAAGATAATTTTAAGCAGGAATTGGTGATGGGCACATGGTTTCATAGCAAAGCAAAGTCCGGCAATCTGAG...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC130997420
ATGGGCACATGGTTTCATAGCAAAGCAAAGTCCGCGGTAATGGGCACAGAACTTGTTGGACCTTGCATCAAAGACGACAGTATGGAAATTCCCTCAATCCCCCCTGGTTTTGAGTCACTTGTGCCCTTCCCGTTAAAGAGGTCAGAGGATAACCAAGTTGGCAGTTACACAAGCTCTGGTAATGCTTTTGAACAACAAACAGTGAAGACAGAGGTGGACTTTGACAGTAATGATGACTCAAAAGCTATGAAGTCTGTTAG...
LOC130997420
ATGGGCACAGAACTTGTTGGACCTTGCATCAAAGACGACAGTATGGAAATTCCCTCAATCCCCCCTGGTTTTGAGTCACTTGTGCCCTTCCCGTTAAAGAGGTCAGAGGATAACCAAGTTGGCAGTTACACAAGCTCTGGTAATGCTTTTGAACAACAAACAGTGAAGACAGAGGTGGACTTTGACAGTAATGATGACTCAAAAGCTATGAAGTCTGTTAGGCGTAGGGTTGGGATAAAGTATAGCCAGTTTGATCACAG...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057778711.1
MGTWFHSKAKSAVMGTELVGPCIKDDSMEIPSIPPGFESLVPFPLKRSEDNQVGSYTSSGNAFEQQTVKTEVDFDSNDDSKAMKSVRRRVGIKYSQFDHSSGDEHESQQVQRALRHQLPKGIIRGCESCKNCQKVTAKWHPEEARRPDLDDAPVFYPSEEEFEDTLKYISSIRAKAEIYGICRIVPPPSWKPPCPLKERDIWEKSKFATRVQRIDKLQNRNTMRKILQVNHNKKRKKRRCMKSGVDNETNSEEIKVPDEF...
XP_057778713.1
MGTELVGPCIKDDSMEIPSIPPGFESLVPFPLKRSEDNQVGSYTSSGNAFEQQTVKTEVDFDSNDDSKAMKSVRRRVGIKYSQFDHSSGDEHESQQVQRALRHQLPKGIIRGCESCKNCQKVTAKWHPEEARRPDLDDAPVFYPSEEEFEDTLKYISSIRAKAEIYGICRIVPPPSWKPPCPLKERDIWEKSKFATRVQRIDKLQNRNTMRKILQVNHNKKRKKRRCMKSGVDNETNSEEIKVPDEFGLQEADRFGFEPG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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