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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G002811

染色体: Chr08 坐标: 27954101-27959506 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G002811
名称SmilChr08G002811
描述protein RDM16-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向27954101 - 27959506 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130997422
GeneID130997422
locus_tag-
NCBI NameLOC130997422
原始查询LOC130997422

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein RDM16-like
产物protein RDM16-like
ArabidopsisAT1G28060 (AT1G28060)
Pre-mRNA-splicing factor 3 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839699]
identity=65.1; qcov=0.966; evalue=0; confidence=high
RiceOs09g0249600
-
identity=67.8; qcov=0.871; evalue=0; confidence=high
GOGO:0000398 (mRNA splicing, via spliceosome); GO:0046540 (U4/U6 x U5 tri-snRNP complex)
KEGGsmil03040 (Spliceosome - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF06544 (Prp3_C); PF08572 (PRP3)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130997422

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057778717.1
2 Nucleoplasm 核质 1.00000 XP_057778718.1
3 Nuclear speckle 核斑点 0.60000 XP_057778717.1
4 Nucleolar fibrillar center Nucleolar fibrillar center 0.40000 XP_057778719.1
5 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057778718.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:27956965 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B111,B50,C29
Chr8:27957410 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C22,C4
Chr8:27957412 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B130,B77,C19,D6
Chr8:27957413 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C23,D8
Chr8:27957618 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B111,B50,C29
Chr8:27958904 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B13,B23,B27,B55,C60
Chr8:27959027 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B88
Chr8:27959134 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B13
Chr8:27959211 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B23,B27,B55,C60

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057778717.1
803 aa
N
1
402
803
PRP3
Prp3_C
C
PF08572 PRP3 416-645 aa PF06544 Prp3_C 669-794 aa
XP_057778718.1
621 aa
N
1
310
621
PRP3
Prp3_C
C
PF08572 PRP3 234-463 aa PF06544 Prp3_C 487-612 aa
XP_057778719.1
557 aa
N
1
278
557
PRP3
Prp3_C
C
PF08572 PRP3 170-399 aa PF06544 Prp3_C 423-548 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057778717.1 Pfam PF08572 PRP3 Domain 416 645 3.1e-65 220.6 pre-mRNA processing factor 3 domain
XP_057778717.1 Pfam PF06544 Prp3_C Domain 669 794 4.1e-44 150.7 Small nuclear ribonucleoprotein Prp3, C-terminal domain
XP_057778718.1 Pfam PF08572 PRP3 Domain 234 463 1.2e-65 221.9 pre-mRNA processing factor 3 domain
XP_057778718.1 Pfam PF06544 Prp3_C Domain 487 612 2.8e-44 151.3 Small nuclear ribonucleoprotein Prp3, C-terminal domain
XP_057778719.1 Pfam PF08572 PRP3 Domain 170 399 1e-65 222.2 pre-mRNA processing factor 3 domain
XP_057778719.1 Pfam PF06544 Prp3_C Domain 423 548 2.3e-44 151.5 Small nuclear ribonucleoprotein Prp3, C-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057922734.1
ATGGAGAAGGAAACTTCCAGCCGTAAACGGAGAGAATCCGATTCACATCGAGATAGAGAATCAGCTAAAGAACACCACCACCACCGCTCCAAGCACGACGACGGCCGCCATCGCCGCAGGTCTGATTTCAGAGCTGAGAGAGAGGGGAGTAGGGATCGGGATGCGCGCAGAGAGCGCGAGAGGTCGCATTCGGTTGAGCGGAAGAAGATGAAGGATAGGGGGGAGAGCGAGGAGAGGGATCGAGACGTGCGTCGCGAGCG...
XM_057922735.1
GAGGACTAGGGTTTATGACGACAGTGGGAGAGATAGGCGAAGGTTTGAGGATGTTAGGACCGAGGAGGGTGATAAAGATGACGAGGGTTTGGAGTTTGGAGGGGACTCTGTGACTAAAGGGGTGAAGCACGAGCCGCGCAATGGGGTTGCAACTGGACCAATTGTTGCTCCATCTAGTACTTATTCTGAGACTTTTGGGGCTCGTATTGATTCTCCTACAACTAAGTACAGATTGGACAACTTCAGATGCCAGCTCAAGT...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC130997422
ATGGAGAAGGAAACTTCCAGCCGTAAACGGAGAGAATCCGATTCACATCGAGATAGAGAATCAGCTAAAGAACACCACCACCACCGCTCCAAGCACGACGACGGCCGCCATCGCCGCAGGTCTGATTTCAGAGCTGAGAGAGAGGGGAGTAGGGATCGGGATGCGCGCAGAGAGCGCGAGAGGTCGCATTCGGTTGAGCGGAAGAAGATGAAGGATAGGGGGGAGAGCGAGGAGAGGGATCGAGACGTGCGTCGCGAGCG...
LOC130997422
ATGGGGTTGCAACTGGACCAATTGTTGCTCCATCTAGTACTTATTCTGAGACTTTTGGGGCTCGTATTGATTCTCCTACAACTAAGTACAGATTGGACAACTTCAGATGCCAGCTCAAGTGGGGGCTTGTCCCGTGATATTTTAGCCAAAGCTAAGTTAACTCTTCAAAAGAAGAAAGAGCTTGCAGAGAGGATGAAGAAGATTTCTTCATTGAACAGTAATGTGGGCTCAACAGGAGTGGGTAATCAAAGAGCAAAACC...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057778717.1
MEKETSSRKRRESDSHRDRESAKEHHHHRSKHDDGRHRRRSDFRAEREGSRDRDARRERERSHSVERKKMKDRGESEERDRDVRRERERSHSVERKKRKERSESEERSEKRTRVYDDSGRDRRRFEDVRTEEGDKDDEGLEFGGDSVTKGVKHEPRNGVATGPIVAPSSTYSETFGARIDSPTTKVSSISKTNENKGVNINRSHEVPGKSSTDWTTSDASSSGGLSRDILAKAKLTLQKKKELAERMKKISSLNSNVGST...
XP_057778718.1
MGLQLDQLLLHLVLILRLLGLVLILLQLSTDWTTSDASSSGGLSRDILAKAKLTLQKKKELAERMKKISSLNSNVGSTGVGNQRAKPSSSGVLPSLTSAPVSVPTEGMPSTPNPAAPLQAGVPQIAGLTAQNVEAVKRAHELAAKMGFWQDPEFTTVFNAFPGQMPPDVTIQPKPSKVPVLRLDAMGREIDEEGKVVDIPKAQSLSTLKVNINKQKKDAFRILKPELDVDPETNPHFDPRVGINKNKLLRTKRPTMQFVE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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