当前解析结果
SmilChr08G002825| 统一新 Gene ID | SmilChr08G002825 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G002825 |
| 描述 | inositol phosphorylceramide glucuronosyltransferase 1 |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 28103048 - 28110724 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130997425 |
|---|---|
| GeneID | 130997425 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130997425 |
| 原始查询 | LOC130997425 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | inositol phosphorylceramide glucuronosyltransferase 1 |
| 产物 | inositol phosphorylceramide glucuronosyltransferase 1 |
| Arabidopsis | AT5G18480 (PGSIP6)plant glycogenin-like starch initiation protein 6 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831966] identity=67.5; qcov=1; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os02g0624400- identity=61.3; qcov=0.955; evalue=0; confidence=high |
| GO | GO:0016757 (glycosyltransferase activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF01501 (Glyco_transf_8) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130997425 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Golgi apparatus | 高尔基体 | 1.00000 | XP_057778723.1 |
| 2 | Endoplasmic reticulum membrane | 内质网膜 | 0.60000 | XP_057778723.1 |
| 3 | Endoplasmic reticulum | 内质网 | 0.40000 | XP_057778723.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057778723.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057778723.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:28103349 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A24,B95 |
Chr8:28105083 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B1 |
Chr8:28105305 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B11,B37,B42,B43,B97 |
Chr8:28105440 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | C22,C4,D11 |
Chr8:28106675 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B55 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057778723.1PF01501
Glyco_transf_8 37-141 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057778723.1 |
Pfam | PF01501 |
Glyco_transf_8 | Family | 37 | 141 | 7.7e-13 | 49.3 | Glycosyl transferase family 8 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。