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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G002816`

染色体: Chr08 坐标: 27990851-27992581 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G002816`
名称	SmilChr08G002816
描述	rubisco accumulation factor 1.1, chloroplastic-like
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	27990851 - 27992581 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130997428`
GeneID	`130997428`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130997428`
原始查询	`LOC130997428`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	rubisco accumulation factor 1.1, chloroplastic-like
产物	rubisco accumulation factor 1.1%2C chloroplastic-like
Arabidopsis	`AT3G04550` (AT3G04550) rubisco accumulation factor-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819611] identity=47.1; qcov=0.991; evalue=2.22e-125; confidence=high
Rice	`Os10g0445600` (RAF1) - identity=43; qcov=0.965; evalue=4.06e-87; confidence=medium
GO	GO:0009507 (chloroplast)
KEGG	-
Pfam	PF18087 (RuBisCo_chap_C); PF18578 (Raf1_N); PF18579 (Raf1_HTH)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130997428

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057778726.1`
2	Chloroplast stroma	叶绿体基质	1.00000	`XP_057778726.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057778726.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057778726.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057778726.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:27991298`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C31,C73
`Chr8:27991460`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B111,B50
`Chr8:27992007`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B101,B131
`Chr8:27992099`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B14
`Chr8:27992206`	`TTG`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	B139
`Chr8:27992206`	`TTG`	`T`	2bp_deletion	CDS_variant	1	B139
`Chr8:27992266`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B87,C4,C6,C68

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057778726.1

456 aa

228

456

Raf1_HTH

Raf1_N

RuBisCo_chap_C

PF18579 Raf1_HTH 88-145 aa PF18578 Raf1_N 161-269 aa PF18087 RuBisCo_chap_C 288-445 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057778726.1`	Pfam	`PF18579`	Raf1_HTH	Domain	88	145	5e-21	74.9	Rubisco accumulation factor 1 helix turn helix domain
`XP_057778726.1`	Pfam	`PF18578`	Raf1_N	Domain	161	269	8.1e-28	97.8	Rubisco accumulation factor 1 alpha helical domain
`XP_057778726.1`	Pfam	`PF18087`	RuBisCo_chap_C	Domain	288	445	8.4e-28	97.6	Rubisco Assembly chaperone C-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057922743.1
GAAATCACGTCTGAAAATTAATATTACTAGTAATTGATTATTATTTCAAATGTAATTTTAACAAATAGTGGCACTCATTTTCCGAAAGGAGTAATAATAGTAAGATAGGATATCTCTCTCTCTCCTCTTTCTCTTTCTCTTTCTCGACTCACTTCCACAAACCACAGTCTTACTTAGATTCTGAAACAGGATAACGTTTCCCCTGAATCACGAGCATGGTGTCCCTCACCGCAAACACCACCCCTAAACCCTTCCTCTCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130997428
ATGGTGTCCCTCACCGCAAACACCACCCCTAAACCCTTCCTCTCCACCCCCTTCCTCCCCCACCTCCACCTCCACCCTCACCCCTCGCTCTTCAAGCCCTCTCCCAAACCCCTCTCCATCTCCGCCCTTATCCTCCCCTACTCCTCCACCCCTTCCCGCAACCAGAACCAGAAGCAGCAGCCTCCGCAGCTGCAGCAGGTCTACCAACCCTACCGCGCCCCTCCCTCGCCCCTCCCCGCCCGCTACCGCACCCTCGACAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057778726.1
MVSLTANTTPKPFLSTPFLPHLHLHPHPSLFKPSPKPLSISALILPYSSTPSRNQNQKQQPPQLQQVYQPYRAPPSPLPARYRTLDTLARLEILTNRLGLWFEYASLIPSLISEGFTSSTLEEITGIPSIEQNLLVVAGQVRDSLIEATDAETVSYFDNSGSAEILYEIRILNTPQRAAAARFIIKHGFDANRAEELARSMKDHPRRFEERGWEYFDGNIPGDCLAFMFFRQAHEHKTASSPDWTLPALQKALEMAETER...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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