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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G002829

染色体: Chr08 坐标: 28154192-28158290 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G002829
名称SmilChr08G002829
描述low-specificity L-threonine aldolase 1
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向28154192 - 28158290 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130997432
GeneID130997432
locus_tag-
NCBI NameLOC130997432
原始查询LOC130997432

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述low-specificity L-threonine aldolase 1
产物low-specificity L-threonine aldolase 1
ArabidopsisAT1G08630 (THA1)
threonine aldolase 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837385]
identity=68; qcov=0.967; evalue=1.97e-180; confidence=high
RiceOs04g0516600
-
identity=71.5; qcov=0.967; evalue=1.11e-168; confidence=high
GOGO:0005829 (cytosol); GO:0006545 (glycine biosynthetic process); GO:0006567 (L-threonine catabolic process); GO:0008732 (L-allo-threonine aldolase activity)
KEGGsmil00260 (Glycine, serine and threonine metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01230 (Biosynthesis of amino acids - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00155 (Aminotran_1_2); PF01212 (Beta_elim_lyase)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130997432

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057778732.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057778732.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057778732.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057778732.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057778732.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:28155715 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B61
Chr8:28156244 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B102,B13
Chr8:28156250 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B16
Chr8:28156772 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B61
Chr8:28157817 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B117,C14,C25,C39,C83

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057778732.1
389 aa
N
1
194
389
Beta_elim_lyase
Aminotran_1_2
C
PF01212 Beta_elim_lyase 37-324 aa PF00155 Aminotran_1_2 46-359 aa
XP_057778733.1
366 aa
N
1
183
366
Beta_elim_lyase
Aminotran_1_2
C
PF01212 Beta_elim_lyase 9-296 aa PF00155 Aminotran_1_2 18-331 aa
XP_057778734.1
364 aa
N
1
182
364
Beta_elim_lyase
Aminotran_1_2
C
PF01212 Beta_elim_lyase 7-294 aa PF00155 Aminotran_1_2 16-329 aa
XP_057778735.1
364 aa
N
1
182
364
Beta_elim_lyase
Aminotran_1_2
C
PF01212 Beta_elim_lyase 7-294 aa PF00155 Aminotran_1_2 16-329 aa
XP_057778736.1
364 aa
N
1
182
364
Beta_elim_lyase
Aminotran_1_2
C
PF01212 Beta_elim_lyase 7-294 aa PF00155 Aminotran_1_2 16-329 aa
XP_057778737.1
359 aa
N
1
180
359
Beta_elim_lyase
Aminotran_1_2
C
PF01212 Beta_elim_lyase 7-294 aa PF00155 Aminotran_1_2 16-329 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057778732.1 Pfam PF01212 Beta_elim_lyase Domain 37 324 1.1e-103 347.2 Beta-eliminating lyase
XP_057778732.1 Pfam PF00155 Aminotran_1_2 Domain 46 359 1.3e-12 48.4 Aminotransferase class I and II
XP_057778733.1 Pfam PF01212 Beta_elim_lyase Domain 9 296 9.1e-104 347.5 Beta-eliminating lyase
XP_057778733.1 Pfam PF00155 Aminotran_1_2 Domain 18 331 1e-12 48.7 Aminotransferase class I and II
XP_057778734.1 Pfam PF01212 Beta_elim_lyase Domain 7 294 9e-104 347.5 Beta-eliminating lyase
XP_057778734.1 Pfam PF00155 Aminotran_1_2 Domain 16 329 1e-12 48.7 Aminotransferase class I and II
XP_057778735.1 Pfam PF01212 Beta_elim_lyase Domain 7 294 9e-104 347.5 Beta-eliminating lyase
XP_057778735.1 Pfam PF00155 Aminotran_1_2 Domain 16 329 1e-12 48.7 Aminotransferase class I and II
XP_057778736.1 Pfam PF01212 Beta_elim_lyase Domain 7 294 9e-104 347.5 Beta-eliminating lyase
XP_057778736.1 Pfam PF00155 Aminotran_1_2 Domain 16 329 1e-12 48.7 Aminotransferase class I and II
XP_057778737.1 Pfam PF01212 Beta_elim_lyase Domain 7 294 8.7e-104 347.6 Beta-eliminating lyase
XP_057778737.1 Pfam PF00155 Aminotran_1_2 Domain 16 329 9.7e-13 48.8 Aminotransferase class I and II

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

6 records

下载 cDNA FASTA
XM_057922750.1
ATACAAGTGAAAAAGCAAATTGAAAAAAAAAAGGTAGGCAAATTGGAAGCAACCTTAGCTTCCTCAACCGTTTCTTCTAAATTCTAATCTTTCCACCTCAGATACATTCATCACTTCATGCAGACATGGAAAAATCCAAAACCAACTTTAATTCCTATTAATCATAATCAAACCTTCATTCATTTCTCCATAAACACATAAATAATCTCAATCTTTGCTCTCACAAACCCCACTGATTAGCTCCTCTCGCCTCAAACGAC...
XM_057922749.1
GGACTTTTTTTTATTGATGCCACAAGTGTTCGATGTATTGCATGACATAATATTTCACTGCCAAAGCAAAAAGATTCCCACTATTCAGTTGTTGTGGTGGGTGACGATGGTGACAAGAAGAGTGGACCTTCGATCTGATACTGTCACCAAACCGACTGAAGCCATGAGGGCTGCAATGGCAAATGCTGAAGTTGATGATGATGTACTAGGTTATGACCCGACTGCTGCTTTCCTCGAAAAAAAGATGGCAAATATCATGG...

CDS

6 records

下载 CDS FASTA
LOC130997432
ATGACGATGGTGACAAGAAGAGTGGACCTTCGATCTGATACTGTCACCAAACCGACTGAAGCCATGAGGGCTGCAATGGCAAATGCTGAAGTTGATGATGATGTACTAGGTTATGACCCGACTGCTGCTTTCCTCGAAAAAAAGATGGCAAATATCATGGGGAAGGAAGCAGCATTATTTGTCCCGTCAGGCACCATGGCCAACCTAATCTGTGTGCTCACTCACTGTCAGATCAGGGGAAGTGAAGTCATTCTTGGAGA...
LOC130997432
ATGCCACAAGTGTTCGATGTATTGCATGACATAATATTTCACTGCCAAAGCAAAAAGATTCCCACTATTCAGTTGTTGTGGTGGGTGACGATGGTGACAAGAAGAGTGGACCTTCGATCTGATACTGTCACCAAACCGACTGAAGCCATGAGGGCTGCAATGGCAAATGCTGAAGTTGATGATGATGTACTAGGTTATGACCCGACTGCTGCTTTCCTCGAAAAAAAGATGGCAAATATCATGGGGAAGGAAGCAGCATT...

Protein

6 records

下载 Protein FASTA
XP_057778732.1
MPQVFDVLHDIIFHCQSKKIPTIQLLWWVTMVTRRVDLRSDTVTKPTEAMRAAMANAEVDDDVLGYDPTAAFLEKKMANIMGKEAALFVPSGTMANLICVLTHCQIRGSEVILGDYSHIHIYENGGISTLGGVHPRTVKNNEDGTMDIDRIEESIRDPSFEICYPTTRLICLENSHAHSGGRCLSAEYTDKVGELAKKYGLKLHIDGARIFNASVALGVPVHRLVHAADSVTACLSKGLGAPAGTVIAGSKAFISKAKIL...
XP_057778733.1
MTMVTRRVDLRSDTVTKPTEAMRAAMANAEVDDDVLGYDPTAAFLEKKMANIMGKEAALFVPSGTMANLICVLTHCQIRGSEVILGDYSHIHIYENGGISTLGGVHPRTVKNNEDGTMDIDRIEESIRDPSFEICYPTTRLICLENSHAHSGGRCLSAEYTDKVGELAKKYGLKLHIDGARIFNASVALGVPVHRLVHAADSVTACLSKGLGAPAGTVIAGSKAFISKAKILRKTLGGGMRQVGVLCAAALVAVEENVGK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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