Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G002839`

染色体: Chr08 坐标: 28260688-28265841 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G002839`
名称	SmilChr08G002839
描述	succinate--CoA ligase [ADP-forming] subunit alpha-2, mitochondrial-like
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	28260688 - 28265841 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130997436`
GeneID	`130997436`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130997436`
原始查询	`LOC130997436`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	succinate--CoA ligase [ADP-forming] subunit alpha-2, mitochondrial-like
产物	succinate--CoA ligase [ADP-forming] subunit alpha-2%2C mitochondrial-like
Arabidopsis	`AT5G23250` (AT5G23250) Succinyl-CoA ligase, alpha subunit [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832389] identity=85.3; qcov=1.03; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os07g0577700` - identity=86.6; qcov=0.997; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0004775 (succinate-CoA ligase (ADP-forming) activity); GO:0004776 (succinate-CoA ligase (GDP-forming) activity); GO:0005739 (mitochondrion); GO:0006099 (tricarboxylic acid cycle); GO:0009361 (succinate-CoA ligase complex (ADP-forming))
KEGG	smil00020 (Citrate cycle (TCA cycle) - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00640 (Propanoate metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01200 (Carbon metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00549 (Ligase_CoA); PF02629 (CoA_binding); PF13607 (Succ_CoA_lig)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130997436

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Mitochondrion	线粒体	1.00000	`XP_057778744.1`
2	Mitochondrion matrix	线粒体基质	1.00000	`XP_057778744.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057778744.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057778744.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057778744.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:28260993`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C84
`Chr8:28264952`	`AG`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B91
`Chr8:28264952`	`AG`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B91
`Chr8:28265052`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A6
`Chr8:28265502`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C8,D7
`Chr8:28265538`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D2
`Chr8:28265542`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C65
`Chr8:28265578`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D6

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057778744.1

330 aa

165

330

CoA_binding

Succ_CoA_lig

Ligase_CoA

PF02629 CoA_binding 40-133 aa PF13607 Succ_CoA_lig 180-314 aa PF00549 Ligase_CoA 186-307 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057778744.1`	Pfam	`PF02629`	CoA_binding	Domain	40	133	2.9e-33	115.2	CoA binding domain
`XP_057778744.1`	Pfam	`PF13607`	Succ_CoA_lig	Domain	180	314	1.6e-10	41.6	Succinyl-CoA ligase like flavodoxin domain
`XP_057778744.1`	Pfam	`PF00549`	Ligase_CoA	Domain	186	307	1.7e-30	106.5	CoA-ligase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057922761.1
AGGGATATCTCATTATATAATTTGTCATAAAATGAATGGGAGATTTGTAACGAGGAGTATCTTATTATAGAAAGCGAGAATTTATTTTCCTCTTATTTGAGGGAATTATTTAAATTTTTCTAAAATCTCAGTTTTGATTATTAGCGGCTGCCGAAACCCTGACAATTTAGTCCAGTCTACTCCTACGGAAATTGGTTGATTGGATCCCACGCGTAAATTGGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAATCGAATCAATGGCGCGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130997436
ATGGCGCGCCAAGCCACCAGACTGATCGGCAGCCTGTCGTCGCGGCTGCGTTGCCCTAAGCAGCTTCAGCAACACCGCAATTTTGGATCGCCGCCGCCGCCTCCCGCTGTCTTCGTCGACAAAAACACCCGTGTCATCTGCCAGGGCATTACTGGAAAGAACGGCACCTTCCACACTGAGCAGGCCATAGAGTATGGCACCAAAATGGTTGGAGGAGTTACCCCTAAAAAGGGTGGAACGGAGCATTTGGGACTCCCTGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057778744.1
MARQATRLIGSLSSRLRCPKQLQQHRNFGSPPPPPAVFVDKNTRVICQGITGKNGTFHTEQAIEYGTKMVGGVTPKKGGTEHLGLPVFNSVAEAKAETKANASVVYVPPPFAAKAILEAMEAELDLVVCITEGIPQHDMVRVKAALNTQSKTRLIGPNCPGIIKPGECKIGIMPGYIHKPGRIGIVSRSGTLTYEAVFQTTAVGLGQSTCVGIGGDPFNGTNFVDCLKKFLVDPQTEGIVLIGEIGGTAEEDAAALIKES...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器