Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G002822`

染色体: Chr08 坐标: 28064376-28065404 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G002822`
名称	SmilChr08G002822
描述	ethylene-response factor C3-like
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	28064376 - 28065404 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130997440`
GeneID	`130997440`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130997440`
原始查询	`LOC130997440`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	ethylene-response factor C3-like
产物	ethylene-response factor C3-like
Arabidopsis	`AT3G23240` (ERF1) ethylene response factor 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821902] identity=53.5; qcov=0.934; evalue=4.17e-62; confidence=high
Rice	`Os03g0860100` (OsERF#083) - identity=56.8; qcov=0.747; evalue=2.75e-45; confidence=medium
GO	GO:0003677 (DNA binding); GO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription); GO:0009873 (ethylene-activated signaling pathway)
KEGG	smil04016 (MAPK signaling pathway - plant - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil04075 (Plant hormone signal transduction - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00847 (AP2)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130997440

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057778749.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057778749.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057778749.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057778749.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057778749.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:28064713`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B23,B27,B55,C60
`Chr8:28064899`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B1,B129
`Chr8:28064999`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B132,C11
`Chr8:28065037`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B50,C29

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057778749.1

198 aa

198

AP2

PF00847 AP2 61-110 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057778749.1`	Pfam	`PF00847`	AP2	Domain	61	110	2.2e-16	60.6	AP2 domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057922766.1
TTGCCACATCTTCCCGCCTCTATATAAATCTTGCCGCAGCTTCAAATCTAGGACGACCAAATCCCACTTGTCTTAACAAGAACTGATCAAACCTGCGACTAAGAAATTCAAACTCTTTTAATTCCATATTATTCTCTATATAATTTAGCATATCAAATTTTCAAAATTATATAGTATATATATAGTTGATAGTTCTTATCATTTTTGAGCTGATCATCAGCATGGATTATTCAGCTTTCAATTACCATTCCTCCACATTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130997440
ATGGATTATTCAGCTTTCAATTACCATTCCTCCACATTTTCGCCGGAATCATCGACGACGACGTCGTTTGACAGCTGTCTTCCTTTCAACGAGAACGACTCTCAAGAAATGCTTCTCTACGGAGTTCTCGCGGAGGGGGCCACCGCCGAGGCGGCGACGGAGGCGGCGGAGGAGGTGATGTACAGGGGGGTGAGGCGGCGGCCGTGGGGGAAGTACGCGGCGGAGATAAGGGACTCGACGAGGGGAAGCGTGAGGGTGTG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057778749.1
MDYSAFNYHSSTFSPESSTTTSFDSCLPFNENDSQEMLLYGVLAEGATAEAATEAAEEVMYRGVRRRPWGKYAAEIRDSTRGSVRVWLGTFDTAEEAALAYDQAAFAMRGAAAVLNYPAEVVWESLREMGYYGGGGVEEGCSPVLALKKRHSVRRKSAEACRKKKELKQTAEVVVLEDLGSDYLEELLTLSENSAFRY

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器