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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G002850

染色体: Chr08 坐标: 28342571-28344180 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G002850
名称SmilChr08G002850
描述bidirectional sugar transporter SWEET16-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向28342571 - 28344180 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130997464
GeneID130997464
locus_tag-
NCBI NameLOC130997464
原始查询LOC130997464

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述bidirectional sugar transporter SWEET16-like
产物bidirectional sugar transporter SWEET16-like
ArabidopsisAT3G16690 (SWEET16)
Nodulin MtN3 family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820921]
identity=42.1; qcov=0.99; evalue=1.72e-47; confidence=medium
RiceOs01g0606000 (OsSWEET6a)
-
identity=36.5; qcov=0.98; evalue=9.4e-44; confidence=medium
GOGO:0008643 (carbohydrate transport); GO:0016020 (membrane); GO:0051119 (sugar transmembrane transporter activity)
KEGG-
PfamPF03083 (MtN3_slv)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130997464

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057778759.1
2 Vacuole 液泡 0.40000 XP_057778759.1
3 Vacuole membrane 液泡膜 0.20000 XP_057778759.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057778759.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057778759.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:28342669 GGC G 2bp_deletion frameshift_variant 167 A10,A11,A13,A18,A19,A2,A21,A24,A3,A4,A5,A7,A8,B10,B101,B102,B103,B104,B106,B107,B108,B11,B111,B112,B113,B115,B117,B118,B119,B12,B121,B122,B124,B125,B126,B128,B129,B132,B133,B136,B138,B139,B140,B19,B20,B22,B23,B24,B25,B27,B28,B3,B30,B33,B34,B36,B37,B38,B39,B4,B40,B42,B43,B45,B46,B47,B48,B49,B5,B50,B51,B52,B53,B54,B55,B56,B58,B60,B62,B64,B65,B66,B7,B70,B71,B73,B75,B77,B79,B80,B81,B85,B87,B89,B90,B92,B93,B94,B96,B97,B98,B99,C10,C11,C12,C13,C16,C17,C19,C2,C20,C22,C24,C26,C27,C28,C29,C31,C32,C33,C35,C36,C38,C39,C40,C41,C42,C44,C46,C47,C5,C50,C53,C54,C55,C56,C57,C58,C59,C6,C60,C63,C64,C66,C67,C68,C69,C7,C70,C71,C72,C74,C76,C77,C78,C79,C80,C81,C83,C85,C86,C87,C9,D3,D6,D8,D9
Chr8:28342672 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 167 A10,A11,A13,A18,A19,A2,A21,A24,A3,A4,A5,A7,A8,B10,B101,B102,B103,B104,B106,B107,B108,B11,B111,B112,B113,B115,B117,B118,B119,B12,B121,B122,B124,B125,B126,B128,B129,B132,B133,B136,B138,B139,B140,B19,B20,B22,B23,B24,B25,B27,B28,B3,B30,B33,B34,B36,B37,B38,B39,B4,B40,B42,B43,B45,B46,B47,B48,B49,B5,B50,B51,B52,B53,B54,B55,B56,B58,B60,B62,B64,B65,B66,B7,B70,B71,B73,B75,B77,B79,B80,B81,B85,B87,B89,B90,B92,B93,B94,B96,B97,B98,B99,C10,C11,C12,C13,C16,C17,C19,C2,C20,C22,C24,C26,C27,C28,C29,C31,C32,C33,C35,C36,C38,C39,C40,C41,C42,C44,C46,C47,C5,C50,C53,C54,C55,C56,C57,C58,C59,C6,C60,C63,C64,C66,C67,C68,C69,C7,C70,C71,C72,C74,C76,C77,C78,C79,C80,C81,C83,C85,C86,C87,C9,D3,D6,D8,D9
Chr8:28342887 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr8:28343153 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C8,D7
Chr8:28343250 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B108,B12
Chr8:28343416 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr8:28343479 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057778759.1
204 aa
N
1
102
204
MtN3_slv
MtN3_slv
C
PF03083 MtN3_slv 2-66 aa PF03083 MtN3_slv 101-184 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057778759.1 Pfam PF03083 MtN3_slv Repeat 2 66 3.2e-43 146.4 Sugar efflux transporter for intercellular exchange
XP_057778759.1 Pfam PF03083 MtN3_slv Repeat 101 184 3.2e-43 146.4 Sugar efflux transporter for intercellular exchange

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057922776.1
CAGGCAACATCGTGTCGATTATAAGCTTCGCCTCTTCAATAGGTACATTCATGGAAATTGTGAAGAAGAAATCGTCTGAAAATTACAAAGGCGTGCCATACGTAACAACGCTGCTGAGCACGAGTCTTTGGACGTTGTACGGTGCAGTGGACCCAGACGACGGGGTGCTCATCGTGACAGTGAATTCCGTTGGCATTGCATCACAGGCGGCCTACCTTCTCCTCTTCCTCTTCTACGCTTCCAAGGAGAGAAAGGTGAAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130997464
ATGGAAATTGTGAAGAAGAAATCGTCTGAAAATTACAAAGGCGTGCCATACGTAACAACGCTGCTGAGCACGAGTCTTTGGACGTTGTACGGTGCAGTGGACCCAGACGACGGGGTGCTCATCGTGACAGTGAATTCCGTTGGCATTGCATCACAGGCGGCCTACCTTCTCCTCTTCCTCTTCTACGCTTCCAAGGAGAGAAAGGTGAAGTATTTAGGGCTGGTGGTGTTGGAGCTGCTCTTCCTGGGAATAGTGATAGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057778759.1
MEIVKKKSSENYKGVPYVTTLLSTSLWTLYGAVDPDDGVLIVTVNSVGIASQAAYLLLFLFYASKERKVKYLGLVVLELLFLGIVIAATLGVFHGDLRRTFVGVLCATFTIAMYAAPLSAVRNVVRTKSVEYMPFWLCLSLVVNAAVWFSFAMLLKDYYVLVPNAVGIVFGSLQLSVYFVYNTKSDKLGVKEEDLEQPPNQLAS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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