Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G002855`

染色体: Chr08 坐标: 28376496-28381017 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G002855`
名称	SmilChr08G002855
描述	uncharacterized SmilChr08G002855
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	28376496 - 28381017 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130997467`
GeneID	`130997467`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130997467`
原始查询	`LOC130997467`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832849]; symbol=AT5G27860; hit=AT5G27860; species=arabidopsis; confidence=medium
产物	uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832849]; symbol=AT5G27860; hit=AT5G27860; species=arabidopsis; confidence=medium
Arabidopsis	`AT5G27860` (AT5G27860) uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832849] identity=70.1; qcov=0.561; evalue=5.19e-33; confidence=medium
Rice	`Os12g0516700` - identity=75.9; qcov=0.335; evalue=6.04e-27; confidence=low
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130997467

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057778762.1`
2	Nucleoplasm	核质	1.00000	`XP_057778762.1`
3	Nuclear speckle	核斑点	0.60000	`XP_057778762.1`
4	Nucleolar fibrillar center	Nucleolar fibrillar center	0.60000	`XP_057778762.1`
5	Chromosome	染色体	0.20000	`XP_057778762.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:28378383`	`C`	`CT`	1bp_insertion	frameshift_variant	99	A11,A13,A18,A20,A7,A9,B103,B105,B106,B11,B110,B12,B121,B122,B124,B126,B127,B128,B13,B130,B133,B135,B136,B138,B139,B14,B140,B19,B2,B22,B27,B29,B30,B33,B36,B37,B41,B44,B45,B46,B47,B53,B55,B6,B61,B62,B66,B69,B72,B73,B74,B76,B79,B80,B83,B86,B87,B89,B9,B90,B91,B92,B94,B95,B98,C11,C13,C15,C18,C21,C22,C23,C27,C3,C31,C36,C37,C41,C42,C43,C49,C51,C52,C53,C55,C59,C6,C60,C65,C69,C72,C77,C80,C82,C85,C87,D3,D5,D8
`Chr8:28378388`	`T`	`TC`	1bp_insertion	frameshift_variant	6	B111,B12,B122,B72,C47,D3
`Chr8:28378406`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B118,B27,B79,C30,C50
`Chr8:28378409`	`G`	`GCC`	2bp_insertion	frameshift_variant	195	A1,A10,A11,A13,A16,A18,A19,A2,A20,A21,A3,A4,A6,A7,A8,A9,B1,B10,B100,B103,B105,B106,B107,B108,B109,B11,B110,B111,B112,B115,B117,B118,B119,B12,B120,B121,B122,B124,B126,B127,B128,B13,B130,B132,B133,B135,B136,B137,B138,B139,B14,B140,B15,B19,B2,B20,B21,B22,B23,B25,B27,B28,B29,B30,B31,B33,B34,B36,B37,B38,B39,B4,B41,B42,B43,B44,B45,B46,B47,B48,B49,B5,B51,B53,B55,B56,B57,B59,B6,B60,B61,B62,B63,B64,B66,B67,B69,B7,B72,B73,B74,B76,B77,B78,B79,B8,B80,B81,B82,B83,B84,B87,B88,B89,B9,B90,B91,B92,B94,B95,B98,C1,C10,C11,C12,C13,C14,C16,C17,C18,C19,C20,C21,C22,C23,C25,C26,C27,C29,C3,C30,C31,C33,C36,C37,C38,C39,C4,C41,C42,C43,C45,C46,C47,C48,C49,C5,C50,C51,C52,C53,C54,C55,C56,C57,C59,C6,C60,C61,C62,C64,C65,C66,C67,C69,C70,C72,C75,C76,C77,C78,C79,C8,C80,C81,C82,C85,C87,D10,D11,D2,D3,D4,D5,D8
`Chr8:28378410`	`A`	`AG`	1bp_insertion	frameshift_variant	165	A1,A10,A11,A13,A16,A19,A20,A3,A4,A6,A7,A8,A9,B1,B10,B100,B103,B106,B107,B108,B11,B111,B112,B115,B117,B118,B119,B12,B121,B122,B124,B126,B127,B128,B13,B132,B133,B135,B136,B137,B138,B139,B14,B15,B19,B2,B20,B22,B23,B25,B27,B28,B29,B30,B34,B36,B37,B41,B42,B43,B45,B46,B47,B48,B49,B5,B51,B53,B55,B57,B6,B60,B61,B62,B63,B64,B67,B7,B72,B73,B76,B77,B78,B79,B8,B80,B81,B82,B83,B86,B87,B88,B89,B9,B90,B91,B92,B94,B95,B98,C1,C11,C12,C13,C16,C17,C18,C19,C20,C21,C22,C23,C25,C27,C29,C3,C30,C31,C33,C36,C37,C38,C39,C4,C41,C42,C43,C45,C46,C47,C49,C5,C50,C51,C52,C53,C54,C55,C57,C59,C6,C60,C61,C62,C64,C65,C66,C67,C69,C70,C72,C75,C76,C78,C79,C80,C81,C82,C85,C87,D10,D11,D2,D3,D8
`Chr8:28378432`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B13,B133,B20,B52,C54
`Chr8:28378589`	`AC`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	65	A10,A14,A19,A2,A20,A21,A4,A7,B1,B102,B105,B112,B115,B117,B12,B121,B123,B134,B135,B15,B17,B18,B24,B30,B36,B42,B43,B47,B48,B49,B6,B62,B64,B67,B7,B76,B78,B79,B8,B82,B86,C16,C18,C19,C34,C37,C38,C39,C4,C42,C45,C52,C53,C56,C59,C61,C62,C64,C66,C67,C70,C78,D1,D2,D4
`Chr8:28378597`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	4	A1,A13,B93,C2
`Chr8:28378597`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A1,A13,B93,C2
`Chr8:28380773`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B121,C23,C39
`Chr8:28380804`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B56,B96,C31,C73
`Chr8:28380844`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B53

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057922779.1
AATACAAGAGAGCCTTGACTTAGCAAAATTCGGAACGACGTAGTATTATCCCGTAACACAAGCCCTAATAAATAGTGTATGAGCAAGCGACGATCATTAAGAAGCCCAAATAATCAAAATGGCAGCATCTTCGTCCTCAACGACGTCGTCTTCCTCCTCCGACGAGTCTCGCCGCCGACGCCGGCTTCGTCGCCGCCAAAAAACCGACGAAGACCCTCTCAAAGTAAGGAAAAGAAGCCGCTCCCACACAAAACGTCGCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130997467
ATGGCAGCATCTTCGTCCTCAACGACGTCGTCTTCCTCCTCCGACGAGTCTCGCCGCCGACGCCGGCTTCGTCGCCGCCAAAAAACCGACGAAGACCCTCTCAAAGTAAGGAAAAGAAGCCGCTCCCACACAAAACGTCGCCGTAGGCGTCAATCGCTCTCTTCTTCAGAAAGCTACACCTCTTCCTCTGAAGACTACAGTTCTTCTGACAGTGAAGAACATGCATCCCATCATTCAAAGCGACATAAAAGGGTTGAAAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057778762.1
MAASSSSTTSSSSSDESRRRRRLRRRQKTDEDPLKVRKRSRSHTKRRRRRQSLSSSESYTSSSEDYSSSDSEEHASHHSKRHKRVEKSKKKKDKEKKKGHRHERHKLKDKEKKQGSSGPVQLSKFLGKDKDDSSRRSAVSGKKILLKLDKTKEDKLAENNRNELLKFLNASYD

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器