Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G002864`

染色体: Chr08 坐标: 28464497-28468004 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G002864`
名称	SmilChr08G002864
描述	uncharacterized SmilChr08G002864
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	28464497 - 28468004 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130997475`
GeneID	`130997475`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130997475`
原始查询	`LOC130997475`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述	Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819729]; symbol=AT3G05625; hit=AT3G05625; species=arabidopsis; confidence=high
产物	Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819729]; symbol=AT3G05625; hit=AT3G05625; species=arabidopsis; confidence=high
Arabidopsis	`AT3G05625` (AT3G05625) Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819729] identity=78.2; qcov=0.779; evalue=6.39e-122; confidence=high
Rice	`Os01g0343500` - identity=54.5; qcov=0.244; evalue=2.06e-12; confidence=weak
GO	GO:0005515 (protein binding); GO:0009507 (chloroplast)
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130997475

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057778772.1`
2	Chloroplast stroma	叶绿体基质	1.00000	`XP_057778772.1`
3	Chloroplast thylakoid	类囊体	0.40000	`XP_057778772.1`
4	Chloroplast thylakoid membrane	类囊体膜	0.20000	`XP_057778772.1`
5	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057778772.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:28465903`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C39
`Chr8:28466371`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B122,B60,B64,C72
`Chr8:28466389`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B27,B6,C33,C4
`Chr8:28466391`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B26,C77
`Chr8:28466888`	`CG`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	21	A18,A19,A9,B103,B136,B138,B54,B55,B58,B61,B74,B8,C25,C39,C46,C54,C58,C75,C81,D3,D9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057922789.1
AGTGTGACACAATCAACTGTGGAGAAGAGGATCCCATCCGGAAAGTAAAACACCGTTAAACTTAAAAGGTGAAGGACTGAAGGGATAAAAAGAAAGAGAAGAAGCTCGGCTACAAATAAATATATCGATACCTGTGTAGTTTAGCACCTCTCTTTGCTTCTCCCCCATTCCTAACCGAATTTCTCTCTTACAATGGCGGCAACCCACAGCATAAAAATCTCGAATCCAAACCCCTTACTATGCTTGCTGTGTACCTCGTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130997475
ATGGCGGCAACCCACAGCATAAAAATCTCGAATCCAAACCCCTTACTATGCTTGCTGTGTACCTCGTCGCCACCTCCATTTTCTGCAAAACTCCCAAACAATAACGTTTCTTATTTTTTCGGCGCCAGTCTTTCTAGAATTAGTGGTTACCAAAACTCGGCCCCGACGCTGTCAAAAAGGCTCGTTCTCACCTCAGTTGCTGGACTCTGGGACGCCTTAACCGGCGGCGACTCTGCTCGTGAAGCCGTCGCCGCTGTTCG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057778772.1
MAATHSIKISNPNPLLCLLCTSSPPPFSAKLPNNNVSYFFGASLSRISGYQNSAPTLSKRLVLTSVAGLWDALTGGDSAREAVAAVRRGMLLFRQGDVQGSLAEFDKTIDLDPRQKVYLWQRGLSLYYLDRFEEGAEQFRLDVAQNPNDTEESIWCFLCEARLYGVDEARRRFLEVGVDPRPVMREAYRMFKDGGDPEKLVAAFSSGRESEYFYASLYAGLYYESENKSDEAKHHIIAACKSPYGSRSDDYMASLAKVHC...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器