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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G002879

染色体: Chr08 坐标: 28681952-28686999 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G002879
名称SmilChr08G002879
描述uncharacterized SmilChr08G002879
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向28681952 - 28686999 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130997486
GeneID130997486
locus_tag-
NCBI NameLOC130997486
原始查询LOC130997486

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述plasma membrane, autoregulation-binding site, misato segment II, myosin-like, tubulin/FtsZ protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829873]; symbol=AT4G37190; hit=AT4G37190; species=arabidopsis; confidence=high
产物plasma membrane, autoregulation-binding site, misato segment II, myosin-like, tubulin/FtsZ protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829873]; symbol=AT4G37190; hit=AT4G37190; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT4G37190 (AT4G37190)
plasma membrane, autoregulation-binding site, misato segment II, myosin-like, tubulin/FtsZ protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829873]
identity=56.6; qcov=1; evalue=0; confidence=high
RiceOs03g0240900
-
identity=52.4; qcov=1.01; evalue=4.35e-170; confidence=high
GOGO:0005737 (cytoplasm)
KEGG-
PfamPF10644 (Misat_Tub_SegII); PF14881 (Tubulin_3)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130997486

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057778798.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057778797.1
3 Cell projection 细胞突起 0.40000 XP_057778797.1
4 Vesicle 囊泡 0.40000 XP_057778798.1
5 Cilium 纤毛 0.40000 XP_057778797.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:28682301 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C58,C78,C80
Chr8:28682400 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C49,D2
Chr8:28682425 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B2
Chr8:28682466 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C49,D2
Chr8:28682468 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B2
Chr8:28683480 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B1,B15,C15
Chr8:28683535 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A19,A8,B15,B94
Chr8:28683569 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B2
Chr8:28684187 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B80,C18
Chr8:28684297 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B102
Chr8:28684405 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B1,B15,C15
Chr8:28684744 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B33

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057778797.1
576 aa
N
1
288
576
Misat_Tub_SegII
Tubulin_3
C
PF10644 Misat_Tub_SegII 2-121 aa PF14881 Tubulin_3 156-337 aa
XP_057778798.1
465 aa
N
1
232
465
Tubulin_3
C
PF14881 Tubulin_3 45-226 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057778797.1 Pfam PF10644 Misat_Tub_SegII Domain 2 121 1.4e-34 119.6 Misato Segment II tubulin-like domain
XP_057778797.1 Pfam PF14881 Tubulin_3 Domain 156 337 5.3e-21 75.8 Tubulin domain
XP_057778798.1 Pfam PF14881 Tubulin_3 Domain 45 226 3.6e-21 76.4 Tubulin domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057922814.1
AAAAAAAGCTTACTCTGTTCGCAGTAGCACAGCATCACCTCAAGCCCTCCGGTCTTCTCTCACTCAGCACCGCCTCTCCTCTCCCTCGCAATTTCTCCCGTTTCTTCTCTCTCACTTGAAATTCCCCTCCTTTTTTCTTTTCAACATTATGAGAGAAATCGTTACTATCCAAGTTGGGAACTATGCAAATTTTGTGGGCTCTCACTTCTGGAATTTCCAGGACGAGTTGCTTGGACTAGCCGAGAGCGCTGAGAGTGATG...
XM_057922815.1
GGCATTCTCACGTACACCCCTCGGCTGGTGTCGGTGGGCCTTCAAGGATCCCTAGGATCAATGAGTTCACGTGGAACCTTGTACAAAGAGATTCAAGAAACCAAAGTTGATAGTTTAACATGAAGAACTTGTTCTTGCAAAGCTTGGACTGGGAAGAGAATGAAAATGTGGATAGGTCAAGAGCTTATGACAATGTACAAAATGAGGCTCATGCTGAAGTTCAAGATAAGGACATTGTTGAATGTCTAGAGAATGAAGTT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130997486
ATGAGAGAAATCGTTACTATCCAAGTTGGGAACTATGCAAATTTTGTGGGCTCTCACTTCTGGAATTTCCAGGACGAGTTGCTTGGACTAGCCGAGAGCGCTGAGAGTGATGAGATATTCAAAAGCCACGGCCTCACCATGGATGTCCTTTACCGTGCTGGTGAAACTCAGCAGGGCATTCTCACGTACACCCCTCGGCTGGTGTCGGTGGGCCTTCAAGGATCCCTAGGATCAATGAGTTCACGTGGAACCTTGTACAA...
LOC130997486
ATGAAGAACTTGTTCTTGCAAAGCTTGGACTGGGAAGAGAATGAAAATGTGGATAGGTCAAGAGCTTATGACAATGTACAAAATGAGGCTCATGCTGAAGTTCAAGATAAGGACATTGTTGAATGTCTAGAGAATGAAGTTCATTATTGGACGGACTTCTCAAAAGTTCATTATCACCCACAAAGTCTGTATGAATTATGTGGATTATGGACAGACATTAAAGATTTCAACAATTATGGGATCGGGAGAGAGGCATTTTC...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057778797.1
MREIVTIQVGNYANFVGSHFWNFQDELLGLAESAESDEIFKSHGLTMDVLYRAGETQQGILTYTPRLVSVGLQGSLGSMSSRGTLYKEIQETKVDSLTWTGPVTTQASQPLQKNLFLQSLDWEENENVDRSRAYDNVQNEAHAEVQDKDIVECLENEVHYWTDFSKVHYHPQSLYELCGLWTDIKDFNNYGIGREAFSGGLHAEQVNERLRFFLEECDHPQGIQFIVDDSGGFSGVAGEVLESMADDYPNIPVLLYSVRS...
XP_057778798.1
MKNLFLQSLDWEENENVDRSRAYDNVQNEAHAEVQDKDIVECLENEVHYWTDFSKVHYHPQSLYELCGLWTDIKDFNNYGIGREAFSGGLHAEQVNERLRFFLEECDHPQGIQFIVDDSGGFSGVAGEVLESMADDYPNIPVLLYSVRSPDSCLDPSSRKQTITRKLHNAVSFAKQSALCKLIVPVGLPSLSTSKMSKYLYLEDRKPYHTSAVYASALHSISLPFRMEPHGPSAQFSSTSGAVTINDLVQILTGQARQNM...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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