Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G002890`

染色体: Chr08 坐标: 28766763-28771345 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G002890`
名称	SmilChr08G002890
描述	peptide chain release factor PrfB2, chloroplastic-like
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	28766763 - 28771345 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130997495`
GeneID	`130997495`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130997495`
原始查询	`LOC130997495`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	peptide chain release factor PrfB2, chloroplastic-like
产物	peptide chain release factor PrfB2%2C chloroplastic-like
Arabidopsis	`AT1G56350` (AT1G56350) Peptide chain release factor 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842089] identity=67.9; qcov=0.992; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os03g0305700` - identity=70.7; qcov=0.819; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0005737 (cytoplasm); GO:0006415 (translational termination); GO:0016149 (translation release factor activity, codon specific)
KEGG	-
Pfam	PF00472 (RF-1); PF03462 (PCRF)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130997495

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Mitochondrion	线粒体	1.00000	`XP_057778805.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057778805.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057778805.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057778805.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057778805.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:28766896`	`AG`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	C14
`Chr8:28766896`	`AG`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	1	C14
`Chr8:28766944`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B115,B98,C80
`Chr8:28767086`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A9
`Chr8:28767134`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr8:28767137`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr8:28767542`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C76,D8
`Chr8:28767547`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A22,B89,B99
`Chr8:28767574`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D8
`Chr8:28767592`	`GC`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B84
`Chr8:28767592`	`GC`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B84
`Chr8:28767595`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B37,B84

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057778805.1

487 aa

244

487

PCRF

RF-1

PF03462 PCRF 146-333 aa PF00472 RF-1 345-452 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057778805.1`	Pfam	`PF03462`	PCRF	Domain	146	333	1.6e-51	175.7	PCRF domain
`XP_057778805.1`	Pfam	`PF00472`	RF-1	Domain	345	452	1.1e-36	126.0	RF-1 domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057922822.1
CGGCGTCGTTTTTCCTCTCCCACTTCTGCGGTTCCTTAAACCCTTCTTCAACCTCACAGTCAGACTCATCCTAGATTGAACACCCAAATTAATTCTTATGATCAATCACATAAATCCTATTAGAAAAAAAATGTGGTCTTTGATACAGAAAAGATCATGCAGTAAAATCCCACTTCATATTTCAATCATGAGGAGTTGTTTGTTGAATTATGTCACTGAACACCAATTTTACTATTCTTCTTCCCCGGCTTACAATCATA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130997495
ATGATCAATCACATAAATCCTATTAGAAAAAAAATGTGGTCTTTGATACAGAAAAGATCATGCAGTAAAATCCCACTTCATATTTCAATCATGAGGAGTTGTTTGTTGAATTATGTCACTGAACACCAATTTTACTATTCTTCTTCCCCGGCTTACAATCATACATCTCCTCGTCGTGCAATTGTAGCCGAGAAAAATAATGGATTCTTTTCGTCATTTGATGCGAAATGGAGGGGATCAAATTTTATGCGATTTTTGAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057778805.1
MINHINPIRKKMWSLIQKRSCSKIPLHISIMRSCLLNYVTEHQFYYSSSPAYNHTSPRRAIVAEKNNGFFSSFDAKWRGSNFMRFLSSQAAAEASAFDGLTVEGIIANNWVIYDESESDWKSHAAAIAQSIHLIKKRLRWKKLIPKLEVLSEELNRPDLWDDPSHAGKISREHGSVMGKMKEVNAFEQELFEHIDMIKLAREENDAELQSESLNALLVLRRHIKEKELEALLAGEHDPCSCFIEVQAGAGGTESMDWASM...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器