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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G002898

染色体: Chr08 坐标: 28915645-28923870 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G002898
名称SmilChr08G002898
描述solute carrier family 40 member 3, chloroplastic
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向28915645 - 28923870 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130997504
GeneID130997504
locus_tag-
NCBI NameLOC130997504
原始查询LOC130997504

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述solute carrier family 40 member 3, chloroplastic
产物solute carrier family 40 member 3%2C chloroplastic
ArabidopsisAT5G26820 (IREG3)
iron-regulated protein 3 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832740]
identity=67.4; qcov=0.994; evalue=0; confidence=high
RiceOs12g0562100
-
identity=62.5; qcov=0.966; evalue=0; confidence=high
GOGO:0005381 (iron ion transmembrane transporter activity); GO:0016020 (membrane); GO:0034755 (iron ion transmembrane transport)
KEGG-
PfamPF06963 (FPN1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130997504

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057778816.1
2 Chloroplast membrane 叶绿体膜 1.00000 XP_057778816.1
3 Endoplasmic reticulum 内质网 0.60000 XP_057778822.1
4 Golgi apparatus 高尔基体 0.40000 XP_057778822.1
5 Mitochondrion 线粒体 0.20000 XP_057778822.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:28917912 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr8:28917967 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B89,B99
Chr8:28918751 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C49,D2
Chr8:28921546 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr8:28922231 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C49,D2
Chr8:28923030 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B12
Chr8:28923203 TAA T 2bp_deletion frameshift_variant 1 B82
Chr8:28923203 TAA T 2bp_deletion CDS_variant 1 B82
Chr8:28923318 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 36 B103,B109,B111,B128,B13,B130,B16,B2,B24,B44,B49,B50,B52,B53,B62,B69,B73,B78,B84,B86,B99,C10,C16,C20,C22,C28,C29,C30,C4,C41,C53,C79,C85,C87,D4,D6

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057778816.1
598 aa
N
1
299
598
FPN1
C
PF06963 FPN1 145-568 aa
XP_057778817.1
598 aa
N
1
299
598
FPN1
C
PF06963 FPN1 145-568 aa
XP_057778818.1
597 aa
N
1
298
597
FPN1
C
PF06963 FPN1 144-567 aa
XP_057778819.1
585 aa
N
1
292
585
FPN1
C
PF06963 FPN1 132-555 aa
XP_057778821.1
585 aa
N
1
292
585
FPN1
C
PF06963 FPN1 132-555 aa
XP_057778822.1
494 aa
N
1
247
494
FPN1
C
PF06963 FPN1 41-464 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057778816.1 Pfam PF06963 FPN1 Family 145 568 1.4e-118 397.0 Ferroportin1 (FPN1)
XP_057778817.1 Pfam PF06963 FPN1 Family 145 568 1.4e-118 397.0 Ferroportin1 (FPN1)
XP_057778818.1 Pfam PF06963 FPN1 Family 144 567 1.4e-118 397.0 Ferroportin1 (FPN1)
XP_057778819.1 Pfam PF06963 FPN1 Family 132 555 1.3e-118 397.1 Ferroportin1 (FPN1)
XP_057778821.1 Pfam PF06963 FPN1 Family 132 555 1.3e-118 397.1 Ferroportin1 (FPN1)
XP_057778822.1 Pfam PF06963 FPN1 Family 41 464 7.4e-119 397.9 Ferroportin1 (FPN1)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

6 records

下载 cDNA FASTA
XM_057922838.1
ATAACATAACTAACGCAAATATTACCAAATTAACATCATATATTATCCACAAAAAAGCAAATTCTCTTAACGACTCTCTTTCAGAAAAAGAAAAAGCAAAGGATTTTCCACAGCTTGCAATTTTCTCACAACAGTTAAGCACGAAACCACAATCAGAAGTGACGGCGTAATCACAGGTTTCCTGGTTTCAATCTGTCAGCTGCATGAGTATTAATCGAGGAGAAGAAGTAGAATTAACTGTAGGAATCAAGGAAAATTTG...
XM_057922836.1
TCCACAAAAAAGCAAATTCTCTTAACGACTCTCTTTCAGAAAAAGAAAAAGCAAAGGATTTTCCACAGCTTGCAATTTTCTCACAACAGTTAAGCACGAAACCACAATCAGAAGTGACGGCGTAATCACAGGTTTCCTGGTTTCAATCTGTCAGCTGCATGAGTATTAATCGAGGAGAAGAAGTAGAATTAACTGTAGGAATCAAGGAAAATTTGGATTCAAGAGAAATATGGTTATCGGCGTGGTTGCCACTGCTCAGT...

CDS

6 records

下载 CDS FASTA
LOC130997504
ATGGTTATCGGCGTGGTTGCCACTGCTCAGTCCGCCGTTGCGTTTGGCCGTCGACGGCTGCAAGCTATTGCTACGCCGTTTTCTCCTTGTATCAGGTTACGCTCTCGACGACGGCTGAATACATGTCTCATCCCTCATAGGCTTGACTCTTTTAGTTTAAGGTGTTCATTCACTGACACTGATGTCTGCAATTCTGTTGCTAATGATGAAGTCGATGAGGATCATACCACATCTCGTTGTTCAGTTCCAGTTGTTCATCT...
LOC130997504
ATGGTTATCGGCGTGGTTGCCACTGCTCAGTCCGCCGTTGCGTTTGGCCGTCGACGGCTGCAAGCTATTGCTACGCCGTTTTCTCCTTGTATCAGGTTACGCTCTCGACGACGGCTGAATACATGTCTCATCCCTCATAGGCTTGACTCTTTTAGTTTAAGGTGTTCATTCACTGACACTGATGTCTGCAATTCTGTTGCTAATGATGAAGTCGATGAGGATCATACCACATCTCGTTGTTCAGTTCCAGTTGTTCATCT...

Protein

6 records

下载 Protein FASTA
XP_057778816.1
MVIGVVATAQSAVAFGRRRLQAIATPFSPCIRLRSRRRLNTCLIPHSSETPPYKTWRKKVLDSFSLRCSFTDTDVCNSVANDEVDEDHTTSRCSVPVVHLKSDCMDAEGLHLLGVSFVDTILTALPVLSEEEQNTLASTPAHPAGLYALYTSCLVGNLVEQLWNFAWPATIALIHPSLLPVAVMGFFAKLAVIVGGPLVGKLMDYFPRVPAYNCLTVIQVASQLLSVGMIINAHIIHPNSVSPVLLQPWFVMLVIALAIE...
XP_057778817.1
MVIGVVATAQSAVAFGRRRLQAIATPFSPCIRLRSRRRLNTCLIPHSSETPPYKTWRKKVLDSFSLRCSFTDTDVCNSVANDEVDEDHTTSRCSVPVVHLKSDCMDAEGLHLLGVSFVDTILTALPVLSEEEQNTLASTPAHPAGLYALYTSCLVGNLVEQLWNFAWPATIALIHPSLLPVAVMGFFAKLAVIVGGPLVGKLMDYFPRVPAYNCLTVIQVASQLLSVGMIINAHIIHPNSVSPVLLQPWFVMLVIALAIE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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