Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G002907

染色体: Chr08 坐标: 29045059-29051025 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G002907
名称SmilChr08G002907
描述importin subunit alpha-4
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向29045059 - 29051025 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130997510
GeneID130997510
locus_tag-
NCBI NameLOC130997510
原始查询LOC130997510

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述importin subunit alpha-4
产物importin subunit alpha-4
ArabidopsisAT1G09270 (IMPA-4)
importin alpha isoform 4 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837448]
identity=80.1; qcov=1; evalue=0; confidence=high
RiceOs01g0253300 (rImpa1a)
-
identity=75.7; qcov=0.978; evalue=0; confidence=high
GOGO:0005515 (protein binding); GO:0005634 (nucleus); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0006607 (NLS-bearing protein import into nucleus); GO:0008139 (nuclear localization sequence binding); GO:0061608 (nuclear import signal receptor activity)
KEGGsmil03013 (Nucleocytoplasmic transport - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00514 (Arm); PF01749 (IBB); PF02985 (HEAT); PF13513 (HEAT_EZ); PF16186 (Arm_3)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130997510

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057778828.1
2 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057778828.1
3 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057778828.1
4 Nucleoplasm 核质 0.40000 XP_057778828.1
5 Nucleus membrane 核膜 0.20000 XP_057778828.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:29047270 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C87,D11
Chr8:29049356 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr8:29050502 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C49,D2
Chr8:29050653 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C82

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057778828.1
542 aa
N
1
271
542
IBB
Arm
HEAT_EZ
Arm
HEAT
Arm
Arm
Arm
Arm
Arm
Arm
Arm_3
C
PF01749 IBB 12-103 aa PF00514 Arm 114-154 aa PF13513 HEAT_EZ 139-194 aa PF00514 Arm 157-195 aa PF02985 HEAT 169-195 aa PF00514 Arm 199-239 aa PF00514 Arm 252-280 aa PF00514 Arm 283-321 aa PF00514 Arm 324-365 aa PF00514 Arm 367-406 aa PF00514 Arm 410-449 aa PF16186 Arm_3 465-512 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057778828.1 Pfam PF01749 IBB Repeat 12 103 9e-23 81.3 Importin beta binding domain
XP_057778828.1 Pfam PF00514 Arm Repeat 114 154 1e-83 273.6 Armadillo/beta-catenin-like repeat
XP_057778828.1 Pfam PF13513 HEAT_EZ Repeat 139 194 3.5e-24 85.5 HEAT-like repeat
XP_057778828.1 Pfam PF00514 Arm Repeat 157 195 1e-83 273.6 Armadillo/beta-catenin-like repeat
XP_057778828.1 Pfam PF02985 HEAT Repeat 169 195 9.6e-13 47.8 HEAT repeat
XP_057778828.1 Pfam PF00514 Arm Repeat 199 239 1e-83 273.6 Armadillo/beta-catenin-like repeat
XP_057778828.1 Pfam PF00514 Arm Repeat 252 280 1e-83 273.6 Armadillo/beta-catenin-like repeat
XP_057778828.1 Pfam PF00514 Arm Repeat 283 321 1e-83 273.6 Armadillo/beta-catenin-like repeat
XP_057778828.1 Pfam PF00514 Arm Repeat 324 365 1e-83 273.6 Armadillo/beta-catenin-like repeat
XP_057778828.1 Pfam PF00514 Arm Repeat 367 406 1e-83 273.6 Armadillo/beta-catenin-like repeat
XP_057778828.1 Pfam PF00514 Arm Repeat 410 449 1e-83 273.6 Armadillo/beta-catenin-like repeat
XP_057778828.1 Pfam PF16186 Arm_3 Repeat 465 512 9.3e-23 80.3 Atypical Arm repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057922845.1
AACGTGGTTCTAAGTTCCATAAATTGTGGTCAAGTTTCCGTCAAGGCATTACATTACAGCGAAGTAAAATGGGAGCATTTTGTATAATTTAAGGCTACAGCTACTATATAAGATGGTAATTTGGAGTGTGGGTTAGAATTTGGATAAATGGGTCGGATTGAGACTTGGGTCACCCATTTGCGCGTTTTCTGTTCTTGTCTTCTCAACCCCTTTCCTTACTCTTGAGTTTATTGCTTTTACTACCTTCCTCTGTTTCTCTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130997510
ATGTCGCTGCGGCCGGGCAGCAGGGCGGACGTGCGGAAGAAGGGCTACAAGATTGGCGTCGACGCCGAGGAGGCGCGCCGCCGGAGAGAGGACAATTTGGTCGAGATCAGGAAGAGTAAACGGGAGGATAACCTCCTCAAGAAGCGCCGCGAGGGCCTTCTCAATGGCAGCTTTCCCCACCAGACGCCGCTCTTTCCTCCCGATCCGTCGCAATCCCCTGCAGCCGTCGAGAAAAAATTAGAAAGTATACCTTCTATGGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057778828.1
MSLRPGSRADVRKKGYKIGVDAEEARRRREDNLVEIRKSKREDNLLKKRREGLLNGSFPHQTPLFPPDPSQSPAAVEKKLESIPSMVQGVWSSDTNAQLEATTQFRKLLSIERSPPIDEVIKAGVIPRFVEFLARHDLPQLQFEAAWALTNVASGTSEHTRVVIDHGAVPKFVELLSSASDDVREQAVWALGNVAGDSPTCRDLVLGHGALMPLLAQLNENSKLSMLRNATWTLSNFCRGKPPTPFEQVRPALPVLRQLI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器