Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G002941`

染色体: Chr08 坐标: 29418183-29424596 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G002941`
名称	SmilChr08G002941
描述	FH protein interacting protein FIP2
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	29418183 - 29424596 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130997544`
GeneID	`130997544`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130997544`
原始查询	`LOC130997544`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	FH protein interacting protein FIP2
产物	FH protein interacting protein FIP2
Arabidopsis	`AT5G55000` (FIP2) potassium channel tetramerization domain-containing protein / pentapeptide repeat-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835591] identity=80.6; qcov=0.974; evalue=3.9e-176; confidence=high
Rice	`Os03g0157500` - identity=70.1; qcov=0.964; evalue=2.55e-141; confidence=high
GO	GO:0005515 (protein binding); GO:0051260 (protein homooligomerization)
KEGG	-
Pfam	PF00805 (Pentapeptide); PF02214 (BTB_2); PF13599 (Pentapeptide_4)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130997544

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057778867.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057778867.1`
3	Nucleoplasm	核质	0.20000	`XP_057778867.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057778867.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057778867.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:29418350`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A14,D9
`Chr8:29418353`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A14,D9
`Chr8:29419838`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	2	C46,D3
`Chr8:29419838`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C46,D3
`Chr8:29420855`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B114,B46,C15,D8
`Chr8:29421899`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A19,C9
`Chr8:29421901`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B1

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057778867.1

302 aa

151

302

BTB_2

Pentapeptide_4

Pentapeptide

Pentapeptide_4

Pentapeptide

PF02214 BTB_2 12-100 aa PF13599 Pentapeptide_4 133-205 aa PF00805 Pentapeptide 134-168 aa PF00805 Pentapeptide 151-189 aa PF00805 Pentapeptide 170-207 aa PF00805 Pentapeptide 185-222 aa PF13599 Pentapeptide_4 206-272 aa PF00805 Pentapeptide 210-249 aa PF00805 Pentapeptide 240-278 aa PF00805 Pentapeptide 270-300 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057778867.1`	Pfam	`PF02214`	BTB_2	Domain	12	100	9.1e-21	74.7	BTB/POZ domain
`XP_057778867.1`	Pfam	`PF13599`	Pentapeptide_4	Repeat	133	205	1.1e-24	87.0	Pentapeptide repeat region
`XP_057778867.1`	Pfam	`PF00805`	Pentapeptide	Repeat	134	168	7.7e-50	166.7	Pentapeptide repeats (8 copies)
`XP_057778867.1`	Pfam	`PF00805`	Pentapeptide	Repeat	151	189	7.7e-50	166.7	Pentapeptide repeats (8 copies)
`XP_057778867.1`	Pfam	`PF00805`	Pentapeptide	Repeat	170	207	7.7e-50	166.7	Pentapeptide repeats (8 copies)
`XP_057778867.1`	Pfam	`PF00805`	Pentapeptide	Repeat	185	222	7.7e-50	166.7	Pentapeptide repeats (8 copies)
`XP_057778867.1`	Pfam	`PF13599`	Pentapeptide_4	Repeat	206	272	1.1e-24	87.0	Pentapeptide repeat region
`XP_057778867.1`	Pfam	`PF00805`	Pentapeptide	Repeat	210	249	7.7e-50	166.7	Pentapeptide repeats (8 copies)
`XP_057778867.1`	Pfam	`PF00805`	Pentapeptide	Repeat	240	278	7.7e-50	166.7	Pentapeptide repeats (8 copies)
`XP_057778867.1`	Pfam	`PF00805`	Pentapeptide	Repeat	270	300	7.7e-50	166.7	Pentapeptide repeats (8 copies)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057922884.1
AATCTTTCTCACTCGATAGATGCCATTCGTCACCTGTGTTAAAGGGCTGTAAACGTCGTCGTTTAATCCCCACCGTTTCAAGTATTTCTCATCAGTGATTAGTGATCACTACTCCAAACCCCTCTTCCCCTTAACACTAGCTCGCAATGACCTTCAACTCCGATGCTGCTGCTTCCATAGTCCACCTCAATATCGGTGGCAAAAAGTATTCCACGACAATTGATACACTGACACAGCGAGAGCCTGATTCGATGCTTGCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130997544
ATGACCTTCAACTCCGATGCTGCTGCTTCCATAGTCCACCTCAATATCGGTGGCAAAAAGTATTCCACGACAATTGATACACTGACACAGCGAGAGCCTGATTCGATGCTTGCAGCGATGTTCAGTGGTCGCCACACAGTCTGTCAAGATTCTGATAAGGGATATGTTTTTGTTGATAGGGATGGAAAACATTTTCGACATATTTTGAATTGGCTGAGAGATGGTGTGGTTCCTTCTATGACAGAGGTTGAATATTCAGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057778867.1
MTFNSDAAASIVHLNIGGKKYSTTIDTLTQREPDSMLAAMFSGRHTVCQDSDKGYVFVDRDGKHFRHILNWLRDGVVPSMTEVEYSELLREAEYFQLLGLMDEINASLIKRKEETEMGTELTRIDIIKCTQSERVRFRGVNLSGLDLSKLDLSFVDFSYACLKNVFFSRANLQCAKFRDVDAEASIFHNATLRECEFTGANLRGALLAGANLQSANLQDACLVNCSFCGADLRSAHLQTADLTNANLEGANLEGANLKGA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器