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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G002971

染色体: Chr08 坐标: 29731545-29734691 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G002971
名称SmilChr08G002971
描述uncharacterized SmilChr08G002971
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向29731545 - 29734691 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130997570
GeneID130997570
locus_tag-
NCBI NameLOC130997570
原始查询LOC130997570

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述peptide transporter family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820101]; symbol=AT3G09430; hit=AT3G09430; species=arabidopsis; confidence=high
产物peptide transporter family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820101]; symbol=AT3G09430; hit=AT3G09430; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT3G09430 (AT3G09430)
peptide transporter family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820101]
identity=60.8; qcov=1.03; evalue=1.86e-98; confidence=high
RiceOs07g0695700
-
identity=58; qcov=0.689; evalue=1.5e-65; confidence=high
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130997570

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057778917.1
2 Nucleoplasm 核质 0.20000 XP_057778917.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057778917.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057778917.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057778917.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:29731770 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B76
Chr8:29731853 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D6
Chr8:29731897 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B95,C39,C40,C65
Chr8:29731950 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B95,C39,C40
Chr8:29731997 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 3 B25,C24,C59
Chr8:29731997 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B25,C24,C59
Chr8:29732026 CA C 1bp_deletion frameshift_variant 2 B118,C40
Chr8:29732026 CA C 1bp_deletion CDS_variant 2 B118,C40
Chr8:29732116 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B73
Chr8:29733344 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B107,C22,C4,C43
Chr8:29733517 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B15,C15,D6
Chr8:29733700 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 2 A22,B101

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057922934.1
TTAAGAAAAGAAAATAGAGAATGCGGTTAATTTGGAACAGAGCATCGAATATAAAAACGACGTCGTCAGCTATTTGAAATTCAAACCCTCTCATCGCGCGAGTCTGAGCTCAGATCCAAGCAGAAACTGAGAAAAGCATGAACGCCTACACCTTCGATGATAAGGACCTAGACGACGCCGATTTATGGGCAGTCATAGACTCCGCTGCCGCCGCCGCGCTTTCCGCCTCCGCAATCTCCCCGGGAGCTCGCGCCAAACCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130997570
ATGAACGCCTACACCTTCGATGATAAGGACCTAGACGACGCCGATTTATGGGCAGTCATAGACTCCGCTGCCGCCGCCGCGCTTTCCGCCTCCGCAATCTCCCCGGGAGCTCGCGCCAAACCTCTCACCCCCATTCCCTTCCCCCTCAACAACTCTCCGCAACCGCAATCCGACAGCCGCAGTCGAAATCCCCGCCATTGTTACAACCACAATCTCGACGGCGAGGTGGTGCAGAATCACCGCCCGCACAAAATTCCGAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057778917.1
MNAYTFDDKDLDDADLWAVIDSAAAAALSASAISPGARAKPLTPIPFPLNNSPQPQSDSRSRNPRHCYNHNLDGEVVQNHRPHKIPRTTSTPRSSTQQLMVVQHVQRTPITSPSYNADSTEMRNLAVTDFSSPNASSLSFDKGEPRHSLAGQFPTVSLFKEYQNAAMAILEKSDYTMISGNTYIKKSGWRKISFYFNLSYEIKDKTIEFDDNRNVQRAEFIVRAYMQGGRFSDGWGSCERREKKFSKPNHDIPSTAETRA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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