Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G002989`

染色体: Chr08 坐标: 29990765-29991809 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G002989`
名称	SmilChr08G002989
描述	uncharacterized SmilChr08G002989
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	29990765 - 29991809 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130997584`
GeneID	`130997584`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130997584`
原始查询	`LOC130997584`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os11g0256300; species=rice; confidence=low
产物	hit=Os11g0256300; species=rice; confidence=low
Arabidopsis	`-` -
Rice	`Os11g0256300` - identity=37.9; qcov=0.434; evalue=5.98e-09; confidence=low
GO	GO:0008270 (zinc ion binding)
KEGG	-
Pfam	PF06839 (Zn_ribbon_GRF)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130997584

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	0.80000	`XP_057778934.1`
2	Nucleus membrane	核膜	0.20000	`XP_057778934.1`
3	Endoplasmic reticulum	内质网	0.20000	`XP_057778934.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057778934.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057778934.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:29991142`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	2	A6,C20
`Chr8:29991142`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A6,C20
`Chr8:29991149`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B99,C24,C85
`Chr8:29991171`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C24,C85
`Chr8:29991189`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A6,C20
`Chr8:29991192`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B65,C49
`Chr8:29991204`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C53
`Chr8:29991217`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C71
`Chr8:29991251`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B65,B67
`Chr8:29991392`	`C`	`CA`	1bp_insertion	frameshift_variant	1	C87
`Chr8:29991392`	`C`	`CA`	1bp_insertion	CDS_variant	1	C87
`Chr8:29991449`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B11,B90

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057778934.1

152 aa

152

Zn_ribbon_GRF

PF06839 Zn_ribbon_GRF 42-74 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057778934.1`	Pfam	`PF06839`	Zn_ribbon_GRF	Domain	42	74	1.6e-07	32.0	GRF zinc finger

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057922951.1
TTATAGGGTTAAGGTGCAGATAGGCCCCTGAACTGTACACCCTTAGAGCGATTTACTCCCCATACTAAGTGTGTGTGCAAAATAGCCCCTAAACTATCAAAAACCTAACATTTAAACCCTCGTGACTAAACGACGTTAGTCAACGTTTGGTCAATTTTTTTTTTTTTTTATTTCAAAATTGCGGGGCCCTCATTGCAATGCTTTACAACGGCCATTTGATTTGGGGCAATTTTAGGGATCGCAGAACCCTAATTCGCGTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130997584
ATGAGTTTCCACTCAGGTAATGCTTCTACCCAGTCACGGGATTGGCGGCAGAGAAGGAACGAGTGTTTGGGTGATTCGACGTATTGTTTTTGCGTTATTGAAGGTGAGAGGTTGAAATCACCGATAAGAACTTCGTGGACTGAAGACAATCCCGGAAGAAGGTTCTATGGGTGCCAAAATTGGAAGACCAAAAAATGTCGATTTTTCAAATGGTACGATGAACCTATGGGCGAGAGAGCTATTGAAGTTATAAATGAGTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057778934.1
MSFHSGNASTQSRDWRQRRNECLGDSTYCFCVIEGERLKSPIRTSWTEDNPGRRFYGCQNWKTKKCRFFKWYDEPMGERAIEVINELRIENLKLTEIAPRSATPTDLEADIGLIWDMVQDLKDDSKRARNTNRFLVSILFVTWLVLIYVVLA

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器