Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G002998

染色体: Chr08 坐标: 30077958-30081067 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G002998
名称SmilChr08G002998
描述uncharacterized SmilChr08G002998
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向30077958 - 30081067 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130997595
GeneID130997595
locus_tag-
NCBI NameLOC130997595
原始查询LOC130997595

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述BIP130; symbol=BIP130; hit=Os05g0113500; species=rice; confidence=low
产物BIP130; symbol=BIP130; hit=Os05g0113500; species=rice; confidence=low
ArabidopsisAT2G37480 (AT2G37480)
uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818325]
identity=41.9; qcov=0.299; evalue=5.97e-11; confidence=weak
RiceOs05g0113500 (BIP130)
-
identity=35.3; qcov=0.767; evalue=5.69e-19; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130997595

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057778947.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057778947.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057778947.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057778947.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057778947.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:30078422 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B50
Chr8:30078481 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B26
Chr8:30079183 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C6
Chr8:30079579 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A18,B33,B49,C32,C68

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057922964.1
CTAAAAGCTGGGATGGAGGGACTATTACTCCTAATACTACGATGAAAGCAGTTTTGCCGTTTGATAATTTATCTTCATTTTCTTCTCCATAAAAATCTCTGACTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTTCCTACGATTAGGGTTGCACTGTCAAATGCCAATGGTTCCGACACTCCCCGGTTTAATTGCTCATCTCGTATTCTCTCTCTACTCCCTCTGATTTCTTCTGCTTTCTCTCTCTGTCTCTCTTTGCTCGGTAGGTTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130997595
ATGGAAGTGTTTGGTCCTCATAATACATCAGCTTGTCTAGATATAGAAAGCAGCGGCTGTTCTTCAACAGACCCTGACCATCAATCTCAGAACAACTCAAAGGATCTTTCTATGAATGACCTCAAAACATGTCTGACAGAGTTTTTTGATGTTGAAGATAGTGGATCATCAACTAATGAACTCGACCTATCTCCTGGGAAGGATTATGTAGTCAATGTGGTGAAAGAATGTGAATGCCAAGGCTTAGAAAAGAGTGAAAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057778947.1
MEVFGPHNTSACLDIESSGCSSTDPDHQSQNNSKDLSMNDLKTCLTEFFDVEDSGSSTNELDLSPGKDYVVNVVKECECQGLEKSETGNSASEKCLSKCATFPPLCGPKPSVDAIIGEKEEQEEDISAEVSEANDINNPSNKCYSRSKSLPVPLKLVSAMKGSREKQGIPLKDLSVTWAPEVYDPVPTSVSHLPSNKNQSYRSNSKKYGKYKQKSGSKSSRGSKGKDKKPVRKSGSGSTRLRPFYETYGDSFSEPPVDFD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器