Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G003011

染色体: Chr08 坐标: 30227290-30228918 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G003011
名称SmilChr08G003011
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At5g42450, mitochondrial-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向30227290 - 30228918 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130997611
GeneID130997611
locus_tag-
NCBI NameLOC130997611
原始查询LOC130997611

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At5g42450, mitochondrial-like
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At5g42450%2C mitochondrial-like
ArabidopsisAT5G42450 (AT5G42450)
Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834252]
identity=56.3; qcov=0.939; evalue=0; confidence=high
RiceOs01g0839400
-
identity=55.2; qcov=0.902; evalue=0; confidence=high
GOGO:0003723 (RNA binding); GO:0005515 (protein binding); GO:0009451 (RNA modification)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF12854 (PPR_1); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF20431 (E_motif)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130997611

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057778969.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057778969.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057778969.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057778969.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057778969.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:30227596 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A18,B33,B49,C32,C68
Chr8:30227710 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B124
Chr8:30227765 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr8:30227981 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B140,B33,B35
Chr8:30227987 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B15,C15
Chr8:30228116 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B15,C15
Chr8:30228323 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B11,C1
Chr8:30228494 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B11,C1
Chr8:30228511 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B122,B15,B96,D4
Chr8:30228512 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B140,B35,C40
Chr8:30228731 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 1 B35
Chr8:30228731 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B35

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057778969.1
490 aa
N
1
245
490
PPR_3
PPR_1
PPR
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR
PPR_3
PPR_2
PPR
PPR
E_motif
PPR
C
PF13812 PPR_3 72-125 aa PF12854 PPR_1 141-170 aa PF01535 PPR 145-175 aa PF12854 PPR_1 173-201 aa PF13041 PPR_2 173-208 aa PF01535 PPR 176-206 aa PF01535 PPR 249-274 aa PF13812 PPR_3 271-313 aa PF13041 PPR_2 275-319 aa PF01535 PPR 277-307 aa PF01535 PPR 350-372 aa PF20431 E_motif 392-454 aa PF01535 PPR 415-444 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057778969.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 72 125 9e-18 64.8 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057778969.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 141 170 2.4e-28 98.3 PPR repeat
XP_057778969.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 145 175 1.3e-44 148.0 PPR repeat
XP_057778969.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 173 201 2.4e-28 98.3 PPR repeat
XP_057778969.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 173 208 1.1e-47 160.6 PPR repeat family
XP_057778969.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 176 206 1.3e-44 148.0 PPR repeat
XP_057778969.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 249 274 1.3e-44 148.0 PPR repeat
XP_057778969.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 271 313 9e-18 64.8 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057778969.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 275 319 1.1e-47 160.6 PPR repeat family
XP_057778969.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 277 307 1.3e-44 148.0 PPR repeat
XP_057778969.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 350 372 1.3e-44 148.0 PPR repeat
XP_057778969.1 Pfam PF20431 E_motif Repeat 392 454 9.4e-19 68.2 E motif
XP_057778969.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 415 444 1.3e-44 148.0 PPR repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057922986.1
AGTCATCAACAAACTAATCCAATCCAATCTTTTATTTTAATAAATAGATCATTTATCAACACAATCTTCCATAAGTTTTGAGAAGCTGAAGAAGTGGTAAAACTCCGTTGTACGAGAATGAGTTGAGGTTAAGATGTGTCAACTTAGATACGAGAATGGCAGTTTTGAGAAGGATCGCCATTCTTGGACAATGCTCCATCCAAACCAACTCCATGTCACGCTCCGTTTCGTTCCGGAATCTAGACGCCCACCAACTGCTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130997611
ATGGCAGTTTTGAGAAGGATCGCCATTCTTGGACAATGCTCCATCCAAACCAACTCCATGTCACGCTCCGTTTCGTTCCGGAATCTAGACGCCCACCAACTGCTCGACGAAATGCCCCAACGCGATGTCAAATCCGCAACTGCTCTGATTGGCCAACTTGCGAAGCGAAATCGACATGCCGAAGCCATCGCTTGCTTCACAAGAATGCTCCTTCTCGACATCAAACCCAACGACTACACTTTCGCCACACTCATTCATTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057778969.1
MAVLRRIAILGQCSIQTNSMSRSVSFRNLDAHQLLDEMPQRDVKSATALIGQLAKRNRHAEAIACFTRMLLLDIKPNDYTFATLIHSSALLKDLRLGKQIQSHAIKAGFSSNVFAGSAILDLYVKLSSFHDALRAFEDINEPNVFSYASLIRGYTKEGRFDEARACFRSMPERNVVCWNTMISGCSQSGRNEEAVNLLVEMLREGVTPIQSSYPCAIIAAANMGSLGLGRSIHASAVKHLGQLGLFLGNSLISFYAKCGS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器