Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G003017

染色体: Chr08 坐标: 30299778-30306951 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G003017
名称SmilChr08G003017
描述protein SLOW GREEN 1, chloroplastic
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向30299778 - 30306951 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130997616
GeneID130997616
locus_tag-
NCBI NameLOC130997616
原始查询LOC130997616

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein SLOW GREEN 1, chloroplastic
产物protein SLOW GREEN 1%2C chloroplastic
ArabidopsisAT2G37400 (AT2G37400)
Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818316]
identity=57.7; qcov=0.753; evalue=5.56e-105; confidence=high
RiceOs05g0182100
-
identity=36.7; qcov=0.599; evalue=7.58e-35; confidence=medium
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130997616

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057778977.1
2 Chloroplast stroma 叶绿体基质 0.60000 XP_057778977.1
3 Chloroplast thylakoid 类囊体 0.60000 XP_057778977.1
4 Chloroplast thylakoid membrane 类囊体膜 0.20000 XP_057778977.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057778977.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:30300016 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B107,B3,C11,C69
Chr8:30300195 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A18,B49,C32,C68
Chr8:30300239 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A18,B33,B49,C32,C68
Chr8:30300267 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A22,B101,B25
Chr8:30300669 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B74,C73,C74
Chr8:30300684 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B74,C73,C74
Chr8:30300753 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B2
Chr8:30301012 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B37,B42,B43,C20

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

7 records

下载 cDNA FASTA
XM_057922995.1
GTAATGCGTAGTTTGATCAGAAATTCCCCTCAAAAAACAAAAAAAAAAAGATCAGAAATCAACTTAAATTTGGATATTTGAGTAAATATTGGAAATTCAGTAAGACTGGATGTTTGCATTTTCCTGATTCGCACTTCATCACAAGGGTTTAGAGCTCACTCTTTCTAATTCTCTAAACCCCAACGCCATGAACCCTATCAATTCCACCGCCGTTAAGCCCACCGCCTTCCACCTCCCGCCTCTCAATCCCCACCGCCCCT...
XM_057922999.1
GTAATGCGTAGTTTGATCAGAAATTCCCCTCAAAAAACAAAAAAAAAAAGATCAGAAATCAACTTAAATTTGGATATTTGAGTAAATATTGGAAATTCAGTAAGACTGGATGTTTGCATTTTCCTGATTCGCACTTCATCACAAGGGTTTAGAGCTCACTCTTTCTAATTCTCTAAACCCCAACGCCATGAACCCTATCAATTCCACCGCCGTTAAGCCCACCGCCTTCCACCTCCCGCCTCTCAATCCCCACCGCCCCT...

CDS

7 records

下载 CDS FASTA
LOC130997616
ATGAACCCTATCAATTCCACCGCCGTTAAGCCCACCGCCTTCCACCTCCCGCCTCTCAATCCCCACCGCCCCTCATCTTCCAAGCCCCTATCTTCCCTCTCCCTCAGATTCCCGCCTCCGCCGCTGCCTCACTTCTCTCTCCCCACTATCCGCGCTTCTCTGCCCAGTCCCAGCCCTAATCGTAAAAATTCCGATAAAACCCCTAAATTGTTCAAATTTCAGACCCCCAGCCACAAAGCCGCCGCCGAAAGCTCCTTAAA...
LOC130997616
ATGAACCCTATCAATTCCACCGCCGTTAAGCCCACCGCCTTCCACCTCCCGCCTCTCAATCCCCACCGCCCCTCATCTTCCAAGCCCCTATCTTCCCTCTCCCTCAGATTCCCGCCTCCGCCGCTGCCTCACTTCTCTCTCCCCACTATCCGCGCTTCTCTGCCCAGTCCCAGCCCTAATCGTAAAAATTCCGATAAAACCCCTAAATTGTTCAAATTTCAGACCCCCAGCCACAAAGCCGCCGCCGAAAGCTCCTTAAA...

Protein

7 records

下载 Protein FASTA
XP_057778977.1
MNPINSTAVKPTAFHLPPLNPHRPSSSKPLSSLSLRFPPPPLPHFSLPTIRASLPSPSPNRKNSDKTPKLFKFQTPSHKAAAESSLNPFLAPLKTALATTVAAAALLFSGFYLSCKPAITAPISPPNVETAERDSTADEEREKSIEEHLVSNPDDVEALKTLMEMKIKSKKIPEAIEIIDKLAELEPEEVEWPMMKAHLFAYNGEFQLARNGFYELVEKDPFRVEAYHGLVTVASQEESSEALVAIERKVEEAMALCKKE...
XP_057778978.1
MNPINSTAVKPTAFHLPPLNPHRPSSSKPLSSLSLRFPPPPLPHFSLPTIRASLPSPSPNRKNSDKTPKLFKFQTPSHKAAAESSLNPFLAPLKTALATTVAAAALLFSGFYLSCKPAITAPISPPNVETAERDSTADEEREKSIEEHLVSNPDDVEALKTLMEMKIKSKKIPEAIEIIDKLAELEPEEVEWPMMKAHLFAYNGEFQLARNGFYELVEKDPFRVEAYHGLVTVASQEESSEALVAIERKVEEAMALCKKE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器