Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G003082

染色体: Chr08 坐标: 31044118-31046575 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G003082
名称SmilChr08G003082
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At3g09650, chloroplastic
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向31044118 - 31046575 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130997632
GeneID130997632
locus_tag-
NCBI NameLOC130997632
原始查询LOC130997632

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At3g09650, chloroplastic
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At3g09650%2C chloroplastic
ArabidopsisAT3G09650 (HCF152)
Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820122]
identity=65.5; qcov=1.03; evalue=0; confidence=high
RiceOs12g0102600
-
identity=55; qcov=0.936; evalue=0; confidence=high
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF12854 (PPR_1); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF17177 (PPR_long); PF23276 (TPR_24)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130997632

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057779001.1
2 Chloroplast stroma 叶绿体基质 0.40000 XP_057779001.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057779001.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057779001.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057779001.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:31044374 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 1 C40
Chr8:31044374 TC T 1bp_deletion CDS_variant 1 C40
Chr8:31044420 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B131,C73
Chr8:31044872 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C57
Chr8:31044910 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B13,C8,D7
Chr8:31044963 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 D10,D2,D6
Chr8:31044979 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B35
Chr8:31045035 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr8:31045627 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B56,B96,D4
Chr8:31045647 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr8:31045659 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B103,B62
Chr8:31045662 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057779001.1
724 aa
N
1
362
724
PPR_3
PPR_2
PPR
PPR
PPR
TPR_24
PPR_long
PPR_1
PPR_3
PPR_2
PPR
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR_2
PPR
PPR
TPR_24
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR
C
PF13812 PPR_3 213-261 aa PF13041 PPR_2 214-263 aa PF01535 PPR 218-247 aa PF01535 PPR 288-314 aa PF01535 PPR 372-396 aa PF23276 TPR_24 383-504 aa PF17177 PPR_long 386-486 aa PF12854 PPR_1 405-434 aa PF13812 PPR_3 406-453 aa PF13041 PPR_2 406-455 aa PF01535 PPR 409-439 aa PF12854 PPR_1 438-470 aa PF13041 PPR_2 442-489 aa PF01535 PPR 444-471 aa PF13812 PPR_3 466-524 aa PF13041 PPR_2 477-525 aa PF01535 PPR 480-510 aa PF01535 PPR 515-542 aa PF23276 TPR_24 524-594 aa PF13812 PPR_3 536-591 aa PF12854 PPR_1 546-577 aa PF13041 PPR_2 549-595 aa PF01535 PPR 551-580 aa PF01535 PPR 587-614 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057779001.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 213 261 1.3e-50 170.0 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057779001.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 214 263 4.4e-75 248.3 PPR repeat family
XP_057779001.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 218 247 5.1e-64 208.9 PPR repeat
XP_057779001.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 288 314 5.1e-64 208.9 PPR repeat
XP_057779001.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 372 396 5.1e-64 208.9 PPR repeat
XP_057779001.1 Pfam PF23276 TPR_24 Repeat 383 504 8.4e-26 91.2 Pentatricopeptide repeat-containing protein
XP_057779001.1 Pfam PF17177 PPR_long Repeat 386 486 2.5e-26 93.1 Pentacotripeptide-repeat region of PRORP
XP_057779001.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 405 434 1.2e-55 185.6 PPR repeat
XP_057779001.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 406 453 1.3e-50 170.0 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057779001.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 406 455 4.4e-75 248.3 PPR repeat family
XP_057779001.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 409 439 5.1e-64 208.9 PPR repeat
XP_057779001.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 438 470 1.2e-55 185.6 PPR repeat
XP_057779001.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 442 489 4.4e-75 248.3 PPR repeat family
XP_057779001.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 444 471 5.1e-64 208.9 PPR repeat
XP_057779001.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 466 524 1.3e-50 170.0 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057779001.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 477 525 4.4e-75 248.3 PPR repeat family
XP_057779001.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 480 510 5.1e-64 208.9 PPR repeat
XP_057779001.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 515 542 5.1e-64 208.9 PPR repeat
XP_057779001.1 Pfam PF23276 TPR_24 Repeat 524 594 8.4e-26 91.2 Pentatricopeptide repeat-containing protein
XP_057779001.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 536 591 1.3e-50 170.0 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057779001.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 546 577 1.2e-55 185.6 PPR repeat
XP_057779001.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 549 595 4.4e-75 248.3 PPR repeat family
XP_057779001.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 551 580 5.1e-64 208.9 PPR repeat
XP_057779001.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 587 614 5.1e-64 208.9 PPR repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057923018.1
AGAATAATAAAAAGGAGGGTTTAGAGCGTAGTAGGACCCTTCTCCACCCAAAAATAAGAAAAATCATTAATATCCAAAAATATCCATCTTATCACTCAAAAATTCACCAAAAGAAGGATTCAAATCAACTCAAATGGACAAGCTATGAACACTACCCACGTTCTCACCCTCCGCTGCGCGCTGCCTCCGCCTTCCTCCGCCCTTTCCTCCGGCGCCCCTCTCCCATCCACCAACTCCAAACCTTCCTCACTCCGCCTCCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130997632
ATGAACACTACCCACGTTCTCACCCTCCGCTGCGCGCTGCCTCCGCCTTCCTCCGCCCTTTCCTCCGGCGCCCCTCTCCCATCCACCAACTCCAAACCTTCCTCACTCCGCCTCCAAACCACCAAAAATTCCTCCACCACCTCCCACTCCTCCTCCTCCGCCGCCGAGGTCAACAAGCTCTCCAACTCCCAAGACCACGTGCTCCTCACGCTCCTCCAGCAAAGGAAGACCGAGCAGGCCTGGTCGTTGTACGGCCAGTG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057779001.1
MNTTHVLTLRCALPPPSSALSSGAPLPSTNSKPSSLRLQTTKNSSTTSHSSSSAAEVNKLSNSQDHVLLTLLQQRKTEQAWSLYGQCAQLPNPTCLSRLVSQLSYLNTADGLTRAQSIIERLRRERQLHRLDANSLGLLAVAAAKGGHTLYASSIIKSMLKSGYLPHVKAWSAVVSRLAASGDDGPADAIKLFNSVIKRVRRFADSEIVMNSRPDTGAYNAVLNACSNLGDAKRFLQLFDEMPEFKCEPDALTYNVMIKL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器