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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G003036

染色体: Chr08 坐标: 30539207-30541016 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G003036
名称SmilChr08G003036
描述protein CANDIDATE G-PROTEIN COUPLED RECEPTOR 7-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向30539207 - 30541016 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130997645
GeneID130997645
locus_tag-
NCBI NameLOC130997645
原始查询LOC130997645

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein CANDIDATE G-PROTEIN COUPLED RECEPTOR 7-like
产物protein CANDIDATE G-PROTEIN COUPLED RECEPTOR 7-like
ArabidopsisAT5G18520 (Cand7)
Lung seven transmembrane receptor family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831970]
identity=76; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
RiceOs01g0836800
-
identity=58.7; qcov=0.938; evalue=4.88e-174; confidence=high
GOGO:0005794 (Golgi apparatus); GO:0006810 (transport); GO:0016020 (membrane)
KEGG-
PfamPF06814 (GOST_TM); PF21904 (CAND6-7_N)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130997645

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Golgi apparatus 高尔基体 1.00000 XP_057779021.1
2 Trans-golgi network Trans-golgi network 1.00000 XP_057779021.1
3 Vacuole 液泡 0.40000 XP_057779021.1
4 Vacuole membrane 液泡膜 0.40000 XP_057779021.1
5 Cytoplasmic vesicle 细胞质囊泡 0.20000 XP_057779021.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:30539761 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B133
Chr8:30539859 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B49,B64,C84
Chr8:30539884 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B68
Chr8:30540611 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A16,D7

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057779021.1
436 aa
N
1
218
436
CAND6-7_N
GOST_TM
C
PF21904 CAND6-7_N 24-153 aa PF06814 GOST_TM 172-412 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057779021.1 Pfam PF21904 CAND6-7_N Domain 24 153 5.5e-62 208.5 CAND6/7, N-terminal domain
XP_057779021.1 Pfam PF06814 GOST_TM Domain 172 412 1.1e-32 114.4 GOST, seven transmembrane domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057923038.1
CACAAGGGTTCTAAGTGAGAATCTCAAGATTCTAAAGGCCTTTAAGGAATAATTCAGAAATAGGAGGACCTAATTGTTATTTCGGTTTTCTCTTCTTTCTGGTCACCAATCACACGTTCGACGCTTTCGCCTCGTTCCATTCGAACCAGATCTAAGGGCATTTCCGGAACAAAAGATTTGCTCAGTCGTAAAATCCACTCCTTCGTCACACTTCCTTTTTCTCTCCCCAATTCCCCAAATCCGATCCACCACCCCACTAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130997645
ATGAGGAAGTTACTCCCCGTTCTCCTTCCCCTTCTCCTCTTCCTTGCCTCCTTCGCCTCCGCCGAGATCAAAAATCTCAAAATCTCCTCCGATTCGCGGCCGATGATCCTCTTCGAACGATTCGGATTCACGCACACCGGCCAAGCCTCCATCACCGTCTCCTCCGTCTCCGTCATGTCCAGAGTCGCCTCGCCGGAGCCGTCGCGGTTAGGTTTCTTCCTCCTATCGGAAGAATCCCTAATTCAGGTCCTGCTTGAGCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057779021.1
MRKLLPVLLPLLLFLASFASAEIKNLKISSDSRPMILFERFGFTHTGQASITVSSVSVMSRVASPEPSRLGFFLLSEESLIQVLLELQSNPSFCVLDSKYINLLFTFRDLSPPPHSSFTHSYPITSPNEYSLFFANCAPESTVSMNVRTELYNLDGRGKEKDYLSAGLTQLPSLYFCFSVLYLAFLAYWIYACLQNKKSVHRIHMLMGLLVVMKALNLLCAAEDKHYVKVTGTPHGWDVLFYIFQFIRVVLLFTVIVLIG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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