Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G003072`

染色体: Chr08 坐标: 30906929-30910289 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G003072`
名称	SmilChr08G003072
描述	uncharacterized SmilChr08G003072
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	30906929 - 30910289 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130997656`
GeneID	`130997656`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130997656`
原始查询	`LOC130997656`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	confidence=no_hit
产物	confidence=no_hit
Arabidopsis	`-` -
Rice	`-` -
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130997656

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057779037.1`
2	Chromosome	染色体	1.00000	`XP_057779037.1`
3	Telomere	端粒	0.20000	`XP_057779037.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057779037.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057779037.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:30909403`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B60
`Chr8:30909405`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B13,C8,D7
`Chr8:30909406`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B75,B98,C13,C50,C7
`Chr8:30909440`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	88	A13,A15,A19,A25,A6,A7,A9,B1,B106,B109,B112,B113,B115,B118,B120,B122,B125,B129,B134,B135,B137,B139,B14,B140,B17,B19,B22,B26,B30,B36,B41,B47,B5,B52,B58,B6,B60,B61,B64,B65,B66,B75,B76,B78,B8,B86,B9,B90,B92,B93,B97,B98,B99,C12,C13,C17,C21,C25,C26,C27,C28,C30,C34,C36,C37,C38,C44,C46,C5,C50,C51,C56,C61,C62,C63,C64,C66,C67,C7,C71,C72,C75,C79,C80,C87,C9,D1,D6
`Chr8:30909488`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A4,B56,B96,C39,D4
`Chr8:30909494`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	D10,D2,D6
`Chr8:30909532`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B3,C11,C12,C69
`Chr8:30909535`	`AG`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B35
`Chr8:30909535`	`AG`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B35
`Chr8:30909541`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A4,B56,B96,C39,D4
`Chr8:30909545`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A16,B4,C36,C46,D7
`Chr8:30909550`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B37,B81,B91,C27,C48

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057923055.1
CACATCTATAATTTGCAAACACAAACTTGTCCAGCAAGGACTCAAGTTCGTTCCTTCCACCGTAGAGGTGCGGCGCGACTAGCACATGAATTTTCATTGAATTGTTCAAGTCAGTTATCAAGTTCAAACTTAAGTTAAAGTTTCAGTTATATCGCTAGGGGCCCGCTCAATGGGTCCAGGACTTCACCGTCCTTGGTATGCCACAATGCGATTTCATGTTACAGTTAAGGTTGCAACCTATTCGCCAGGGGCCCGCTCAA...

XM_057923054.1
GATTTATTGCAGTACATGCTGTGGTTAATTGTTGTTCATTTTAATATTATGTGTTTGTCATATGTGTTGTAAATTCAGTTATATCGCTAGGGGCCCGCTCAATGGGTCCAGGACTTCACCGTCCTTGGTATGCCACAATGCGATTTCATGTTACAGTTAAGGTTGCAACCTATTCGCCAGGGGCCCGCTCAATGGGTCCAGGACATTAAAGTCCTTGTTTCAGGTAATTGACGTTGGAGACGCGTGGAGGGTCGAATGGG...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC130997656
ATGATCCCTACTCAGACCATTGTGCCGATATTGCAAAAGAACTTCAATGATCTTCACAGGCACGTGTTGGATGATGAAGTCCAATCTAAACAACAGATTCTGGACACTCAACATCGCCTTGATAGTCTCCGCATCAAATTTCTCAAGGAATTCATGACTACCACTGATGCTAAACTTCTTGTTGCCGAAGAGCTCCGTCCTCTCACTATCAAAATTGCTCAACTGGAAGGCGAGATCAACAATGTTCATAATTCATCCGA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057779037.1
MIPTQTIVPILQKNFNDLHRHVLDDEVQSKQQILDTQHRLDSLRIKFLKEFMTTTDAKLLVAEELRPLTIKIAQLEGEINNVHNSSDSALIQMMLTDIQELQRKVSSIPGDDAKKGEEYLDDRASTDLPAELAQAFAKSKSLVLHTAHAPSVSGEYSRKMPREESSSRVPEPKAKKALNLGDNAPHPPPTLSLQEEQRMRHYVQEGLLVSYLDRFEGKDLWVPADLNDWWEKLKECYTKWIVFANLNRSPDVQREAWRYF...

XP_057779038.1
MIPTQTIVPILQKNFNDLHRHVLDDEVQSKQQILDTQHRLDSLRIKFLKEFMTTTDAKLLVAEELRPLTIKIAQLEGEINNVHNSSDSALIQMMLTDIQELQRKVSSIPGDDAKKGEEYLDDRASTDLPAELAQAFAKSKSLVLHTAHAPSVSGEYSRKMPREESSSRVPEPKAKKALNLGDNAPHPPPTLSLQEEQRMRHYVQEGLLVSYLDRFEGKDLWVPADLNDWWEKLKECYTKWIVFANLNRSPDVQREAWRYF...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器