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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G003890

染色体: Chr01 坐标: 57211295-57212440 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G003890
名称SmilChr01G003890
描述uncharacterized SmilChr01G003890
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向57211295 - 57212440 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130997662
GeneID130997662
locus_tag-
NCBI NameLOC130997662
原始查询LOC130997662

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130997662

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057779056.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057779056.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057779056.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057779056.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057779056.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:57211499 AT A 1bp_deletion frameshift_variant 76 A10,A11,A14,A2,A4,A5,A9,B105,B111,B114,B119,B120,B126,B127,B129,B13,B132,B135,B137,B139,B19,B27,B28,B29,B45,B46,B47,B48,B53,B55,B58,B59,B61,B65,B68,B74,B87,B90,B92,B94,B97,C1,C10,C13,C17,C2,C20,C24,C29,C3,C30,C32,C35,C38,C41,C42,C45,C49,C50,C52,C53,C56,C58,C60,C63,C64,C65,C66,C68,C76,C80,C86,D11,D2,D3,D9
Chr1:57211535 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B25,C35,C56,D7
Chr1:57211555 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C46,C59
Chr1:57211675 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 1 B49
Chr1:57211675 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B49

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057923073.1
AAAGATTAGAAGCCAGAAAATGTACTAAAAATAGAAAATGTAAAATCTCCACGGGAAAAGAAAAAAAAAATCAAAATCTCATGAAATCTATAAATAAGCGAGAGACGCTACTGATACTGTTTAATCATTAATCTTTCTGATAAGCTGAAATATTATTACCGTCTCTCTCGATGTGGAAGTCGTCGCGTTTCGCGTCCTCGGAAAATGGCAGAAATTGAAGAAATCAGCAGAAAACTGAAAGGAACGCAGTTCCTGAAGAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130997662
ATGGCAGAAATTGAAGAAATCAGCAGAAAACTGAAAGGAACGCAGTTCCTGAAGATCGAGGTGGTGGACGACACTGCGCTGATTGATACTGCCCTCATCTCAAAGGGCAAAATCAGCAGACGCCAAGAAAGCAAGACTACCGCGATTGCGATGAAGAAAAGGCCTCGAAAGGATTGGAAAATCAAGAAGACCTGCGCCAAGAAATATTCGAGGCCGGAGATGCTCGCTCTCAGTCTCCGCAATCTCGACCATCAGAGGAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057779056.1
MAEIEEISRKLKGTQFLKIEVVDDTALIDTALISKGKISRRQESKTTAIAMKKRPRKDWKIKKTCAKKYSRPEMLALSLRNLDHQRNTWSHIYAALTASVAAEYDGLLAPAPPRPIFIHNCDDGASAMGKRSPLKISVH

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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