当前解析结果
SmilChr08G003099| 统一新 Gene ID | SmilChr08G003099 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G003099 |
| 描述 | cell number regulator 8 |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 31197432 - 31200104 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130997666 |
|---|---|
| GeneID | 130997666 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130997666 |
| 原始查询 | LOC130997666 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | cell number regulator 8 |
| 产物 | cell number regulator 8 |
| Arabidopsis | AT2G37110 (AT2G37110)PLAC8 family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818287] identity=73.8; qcov=0.83; evalue=4.6e-107; confidence=high |
| Rice | Os01g0157900- identity=68.6; qcov=0.817; evalue=1.62e-95; confidence=high |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF04749 (PLAC8) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130997666 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 1.00000 | XP_057779058.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057779058.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057779058.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057779058.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057779058.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:31197886 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A8,B15 |
Chr8:31198894 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C39 |
Chr8:31199649 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A4 |
Chr8:31199674 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B74,C73 |
Chr8:31199683 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B35 |
Chr8:31199817 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A16,B4,C36,C46,D7 |
Chr8:31199840 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B30,B65,C64,C66,C74 |
Chr8:31199864 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B101 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057779058.1PF04749
PLAC8 62-200 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057779058.1 |
Pfam | PF04749 |
PLAC8 | Family | 62 | 200 | 7.7e-19 | 69.2 | PLAC8 family |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。