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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G003099

染色体: Chr08 坐标: 31197432-31200104 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G003099
名称SmilChr08G003099
描述cell number regulator 8
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向31197432 - 31200104 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130997666
GeneID130997666
locus_tag-
NCBI NameLOC130997666
原始查询LOC130997666

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述cell number regulator 8
产物cell number regulator 8
ArabidopsisAT2G37110 (AT2G37110)
PLAC8 family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818287]
identity=73.8; qcov=0.83; evalue=4.6e-107; confidence=high
RiceOs01g0157900
-
identity=68.6; qcov=0.817; evalue=1.62e-95; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF04749 (PLAC8)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130997666

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057779058.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057779058.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057779058.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057779058.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057779058.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:31197886 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A8,B15
Chr8:31198894 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C39
Chr8:31199649 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A4
Chr8:31199674 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B74,C73
Chr8:31199683 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B35
Chr8:31199817 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A16,B4,C36,C46,D7
Chr8:31199840 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B30,B65,C64,C66,C74
Chr8:31199864 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B101

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057779058.1
230 aa
N
1
115
230
PLAC8
C
PF04749 PLAC8 62-200 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057779058.1 Pfam PF04749 PLAC8 Family 62 200 7.7e-19 69.2 PLAC8 family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057923075.1
ATCAAACAATCGATTAATACAATCTTAAAACATAGTATCAAAATATTTAAGAAATAAACAAAATGATGAGTTCCAAACATGGTGCTTAATCAGCAATTCCTTCCCGTCTACGTATTCCACGCGGCTATGCTCGACGCAAACAATAATATTAAATTATACTAATTACGTTCTAAATTAATACAAACAGCTGTCGGTTGGGGAGCTGAAATCAGAGATCGCTCATAAAATTATAATCCCATTTGCCATTCTTCTTATCCTCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130997666
ATGGCGAATTCAGAGGAATCAAATCCTCTTTTACCGAAACAAGATGAAGCTGAGATGAAAAATGAGAAGAAATCCGCCGTCCCCGTCGGCAAGAATATCGGAGCTCCACTCTCTGCGGCGATCCCGGTGGGATGGACAGCCGATGGGCTTCCGGTGGCCGAGTCCACGATGGAGAGGACCCAGTGGGATTCTGGTCTCTTCTCTTGTCTTGGAAGGAATGATGAATTCTGCAGTAGCGATCTTGAAGTTTGTTTATTGGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057779058.1
MANSEESNPLLPKQDEAEMKNEKKSAVPVGKNIGAPLSAAIPVGWTADGLPVAESTMERTQWDSGLFSCLGRNDEFCSSDLEVCLLGSVAPCVLYGSNVERLGSAPGTFANHCLPYTGLYLMGNTFFGWNCLAPWFSYPIRTAIRRKFNLEGSSEALARSCGCCGSFVEDEVQREQCETACDFATHVFCHACALCQEGREIRRRLPHPGFNAQPLLVMIPPGEQTMGRRA

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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