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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G003891

染色体: Chr01 坐标: 57213067-57214854 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G003891
名称SmilChr01G003891
描述chitinase-like protein 2
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向57213067 - 57214854 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130997670
GeneID130997670
locus_tag-
NCBI NameLOC130997670
原始查询LOC130997670

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述chitinase-like protein 2
产物chitinase-like protein 2
ArabidopsisAT1G05850 (POM1)
Chitinase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837095]
identity=70.8; qcov=0.966; evalue=4.41e-171; confidence=high
RiceOs09g0494200 (BC15)
-
identity=64.6; qcov=0.966; evalue=1.71e-153; confidence=high
GOGO:0004568 (chitinase activity); GO:0005975 (carbohydrate metabolic process); GO:0006032 (chitin catabolic process); GO:0016998 (cell wall macromolecule catabolic process)
KEGG-
PfamPF00182 (Glyco_hydro_19)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130997670

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057779068.1
2 Cell wall 细胞壁 0.60000 XP_057779068.1
3 Vacuole 液泡 0.40000 XP_057779068.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057779068.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057779068.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:57213416 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr1:57213647 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B64
Chr1:57213665 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C19,C4,C46
Chr1:57214520 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B68
Chr1:57214531 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 1 B68
Chr1:57214531 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B68
Chr1:57214651 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 D10,D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057779068.1
319 aa
N
1
160
319
Glyco_hydro_19
C
PF00182 Glyco_hydro_19 68-293 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057779068.1 Pfam PF00182 Glyco_hydro_19 Domain 68 293 3e-62 211.2 Chitinase class I

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057923085.1
GACGAGTGATCGCCTTCGCCTCCAACATTGCTTGCGAAGGAATTGATTCTCCACAGAAGCCACGTTTTTAAGTTCCACTTTCACTTTCTCTCCCTTTCCTTCTCTCTCTCTCTCTATTAAACATCCATACCTCACACCTATTCTGCACATCCATCAAATCTCCTCTCTCTCTCTACTTTCCACACCAATGGCGGCCAATATTCCCAGCATTACGCGTCTGGCGATCATAATTGTAGCTGTGACGGCGGCGGTGGCGGCGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130997670
ATGGCGGCCAATATTCCCAGCATTACGCGTCTGGCGATCATAATTGTAGCTGTGACGGCGGCGGTGGCGGCGGCGGAGTCATCGAAGGAGATAATCGTGAAAACGGTGAAGGGGCAGAAGGTGTGCGATCAAGGGTGGGAGTGTAAAGGGCTGTCGAAATACTGCTGCAATCAGACCATCTCCGATTTCTTCCAGACTTATCAGTTCGAGGATCTCTTCGCCAAGAGGAACACTCCGGTGGCCCACGCCGTCGGCTTCTG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057779068.1
MAANIPSITRLAIIIVAVTAAVAAAESSKEIIVKTVKGQKVCDQGWECKGLSKYCCNQTISDFFQTYQFEDLFAKRNTPVAHAVGFWDYKSFITSAAVYQPHGFGTTGGHDTQMKEVAAFLGHVGAKTSCGYGVATGGPEAWGLCYNKEMSPDKDYCDDYFKYDYPCSPGAQYYGRGAIPLYWNYNYGAAAEALKQDLLNHPEYIEQNATLAFQAAIWRWMTPPKKGLPSAHDAFVGTWKPTKNDTMAKRVPGFGTTMNV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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