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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G003032

染色体: Chr08 坐标: 30481635-30482350 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G003032
名称SmilChr08G003032
描述probable membrane-associated kinase regulator 3
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向30481635 - 30482350 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130997673
GeneID130997673
locus_tag-
NCBI NameLOC130997673
原始查询LOC130997673

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable membrane-associated kinase regulator 3
产物probable membrane-associated kinase regulator 3
Arabidopsis-
-
RiceOs05g0462200
-
identity=42.2; qcov=0.348; evalue=4.83e-07; confidence=low
GOGO:0005886 (plasma membrane); GO:0019210 (kinase inhibitor activity)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130997673

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057779069.1
2 Cell membrane 细胞膜 0.80000 XP_057779069.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057779069.1
4 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057779069.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057779069.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:30481796 G GA 1bp_insertion frameshift_variant 1 B33
Chr8:30481796 G GA 1bp_insertion CDS_variant 1 B33
Chr8:30481919 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B2,B88
Chr8:30482251 TTC T 2bp_deletion frameshift_variant 9 B13,B40,B71,B73,B89,C14,C76,C82,D8
Chr8:30482257 C CCA 2bp_insertion frameshift_variant 13 A1,A3,B48,B55,B72,B77,B9,C29,C71,C81,C87,D11,D9
Chr8:30482265 ATC A 2bp_deletion frameshift_variant 112 A14,A15,A16,A19,A20,A22,A24,A5,A9,B10,B100,B101,B102,B104,B106,B107,B109,B112,B117,B118,B121,B122,B123,B124,B125,B126,B127,B13,B131,B134,B136,B137,B138,B14,B140,B20,B21,B23,B26,B27,B28,B29,B3,B31,B32,B33,B34,B35,B37,B38,B39,B41,B49,B5,B52,B54,B56,B57,B59,B61,B64,B66,B67,B7,B70,B71,B79,B80,B83,B88,B89,B93,B96,B97,B99,C11,C12,C16,C19,C2,C20,C21,C22,C27,C3,C32,C36,C39,C4,C43,C48,C52,C59,C61,C62,C63,C64,C66,C67,C68,C77,C78,C79,C8,C86,C9,D10,D2,D4,D6,D7,D8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057923086.1
TTTCCTCACTGACTACTTGGCATCATCCTTCCTTTAAAGGATGCTCTCTCATCTCATTCTTTCTTCTGAGAGAGAGAGAGAGAGATGGAGAGAGAGAGAATAGTTTCCATATGTGAAGATGAAGATGAAGAGTACATAGAGATGGAGCTGAGCTCATCATCAGCAAGCATAGAATTCGAGTTCCAAATGCCCGCCGCCACGGCCTCCCCCGCCGACCACCTCTTCCACAAAGGCAAACTCCTCCCACTCTACCTCCTCCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130997673
ATGGAGAGAGAGAGAATAGTTTCCATATGTGAAGATGAAGATGAAGAGTACATAGAGATGGAGCTGAGCTCATCATCAGCAAGCATAGAATTCGAGTTCCAAATGCCCGCCGCCACGGCCTCCCCCGCCGACCACCTCTTCCACAAAGGCAAACTCCTCCCACTCTACCTCCTCCCCTCCACCCCACCGGAATCCGACGACGACTTCTTCTTCGAACTCAACACCTTCATCCACCACCACCCCACCCCCAAAATCTCCTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057779069.1
MERERIVSICEDEDEEYIEMELSSSSASIEFEFQMPAATASPADHLFHKGKLLPLYLLPSTPPESDDDFFFELNTFIHHHPTPKISSPKAKKRSILAHKLKAYLKSLFLKSGKHKPSADTARRSFSSAVKRVSSSSSNSSCVSASSSFSLSQDLQCLRRTSSATETEGSIEAAIAHCKKSHHIF

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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