Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G003100`

染色体: Chr08 坐标: 31200352-31202565 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G003100`
名称	SmilChr08G003100
描述	DNA-binding protein S1FA
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	31200352 - 31202565 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130997682`
GeneID	`130997682`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130997682`
原始查询	`LOC130997682`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	DNA-binding protein S1FA
产物	DNA-binding protein S1FA
Arabidopsis	`AT2G37120` (AT2G37120) S1FA-like DNA-binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818288] identity=74.2; qcov=0.786; evalue=3.82e-16; confidence=low
Rice	`Os04g0408700` (S1FA2) - identity=75.7; qcov=0.881; evalue=2.66e-17; confidence=low
GO	GO:0003677 (DNA binding); GO:0005634 (nucleus); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription)
KEGG	-
Pfam	PF04689 (S1FA)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130997682

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Endoplasmic reticulum	内质网	1.00000	`XP_057779077.1`
2	Endoplasmic reticulum membrane	内质网膜	1.00000	`XP_057779077.1`
3	Endoplasmic reticulum-golgi intermediate compartment	Endoplasmic reticulum-golgi intermediate compartment	0.80000	`XP_057779077.1`
4	Vesicle	囊泡	0.80000	`XP_057779077.1`
5	Golgi apparatus	高尔基体	0.40000	`XP_057779077.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:31200639`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B15,C15

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057779077.1

84 aa

S1FA

PF04689 S1FA 21-84 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057779077.1`	Pfam	`PF04689`	S1FA	Family	21	84	1e-39	135.2	DNA binding protein S1FA

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057923094.1
AATTCCGTTCCAATTTAAGACACTCTTCTCAATTTCACGCACTTCGCTCTAAATTTTCTCCTTCTTCACTTTAGCACTCGTCTTTTTGTTCTTTTCCATTTTTCCGTTTTTTAGAGTTTTCACTCAAAATTAACGATGGATTTCGATGAAGATCAATCGCCTCCCTCATTTGACCGAATGAAAAATGTGGTCCCGGAAGCCAAAGGATTCAACCCAGGATTGATTGTGTTACTTGTTGTTGGTGGGATAGTGCTGGCATT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130997682
ATGGATTTCGATGAAGATCAATCGCCTCCCTCATTTGACCGAATGAAAAATGTGGTCCCGGAAGCCAAAGGATTCAACCCAGGATTGATTGTGTTACTTGTTGTTGGTGGGATAGTGCTGGCATTCCTTGTCGGCAATTATGCACTATACATGTATGCCCAAAAAACTCTTCCGCCCAAGAAGAAGAAACCCGTTTCAAAGAAGAAGATGAAGAGGGAAAAATTGAAGCAAGGCGTATCGGCACCAGGAGAGTAG

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057779077.1
MDFDEDQSPPSFDRMKNVVPEAKGFNPGLIVLLVVGGIVLAFLVGNYALYMYAQKTLPPKKKKPVSKKKMKREKLKQGVSAPGE

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器