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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G003113`

染色体: Chr08 坐标: 31362217-31363127 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G003113`
名称	SmilChr08G003113
描述	ubiquitin-40S ribosomal protein S27a-like
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	31362217 - 31363127 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130997703`
GeneID	`130997703`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130997703`
原始查询	`LOC130997703`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	ubiquitin-40S ribosomal protein S27a-like
产物	ubiquitin-40S ribosomal protein S27a-like
Arabidopsis	`AT2G36170` (AT2G36170) 60S ribosomal protein L40-1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818189] identity=100; qcov=0.444; evalue=5.29e-50; confidence=low
Rice	`Os09g0452700` - identity=100; qcov=0.45; evalue=9.75e-51; confidence=medium
GO	GO:0003735 (structural constituent of ribosome); GO:0005634 (nucleus); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0005840 (ribosome); GO:0006412 (translation); GO:0015935 (small ribosomal subunit); GO:0016567 (protein ubiquitination); GO:0019941 (modification-dependent protein catabolic process); GO:0031386 (protein tag activity); GO:0031625 (ubiquitin protein ligase binding)
KEGG	smil03010 (Ribosome - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil04120 (Ubiquitin mediated proteolysis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00203 (Ribosomal_S19); PF00240 (ubiquitin); PF11976 (Rad60-SLD)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130997703

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057779087.1`
2	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057779087.1`
3	Nucleus	细胞核	0.60000	`XP_057779087.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057779087.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057779087.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:31362504`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C39
`Chr8:31362526`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B2
`Chr8:31362551`	`CG`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B123
`Chr8:31362551`	`CG`	`C`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B123
`Chr8:31362554`	`A`	`AC`	1bp_insertion	frameshift_variant	1	B123
`Chr8:31362554`	`A`	`AC`	1bp_insertion	CDS_variant	1	B123
`Chr8:31362804`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D3

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057779087.1

171 aa

171

Rad60-SLD

ubiquitin

Ribosomal_S19

PF11976 Rad60-SLD 1-71 aa PF00240 ubiquitin 3-74 aa PF00203 Ribosomal_S19 79-156 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057779087.1`	Pfam	`PF11976`	Rad60-SLD	Family	1	71	1.2e-17	64.2	Ubiquitin-2 like Rad60 SUMO-like
`XP_057779087.1`	Pfam	`PF00240`	ubiquitin	Domain	3	74	1.7e-32	111.7	Ubiquitin family
`XP_057779087.1`	Pfam	`PF00203`	Ribosomal_S19	Domain	79	156	3.7e-30	104.3	Ribosomal protein S19

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057923104.1
TCTAAAGTCGTAATTCAAAGAAATAAAATTCTACTGGGTTATATTGAATGCTACTCCTAGTTAGGAAATAAAGACATATGGATAAAAGCCCAGATACAAAAATGGGGCCGAATCTGATTCAGGCCCATTCTAAGTTTCGAATATGCAAAATATTAAACTTTAGGGGAATTAATCTTCTCCATCGACGACAGTGAAATGCAAATCTTCGTGAAAACCCTAACCGGCAAAACGATCACTCTCGAAGTCGAGAGCTCCGACAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130997703
ATGCAAATCTTCGTGAAAACCCTAACCGGCAAAACGATCACTCTCGAAGTCGAGAGCTCCGACACAATCGACAATGTGAAGGCGAAGATCCAGGACAAGGAAGGAATTCCGCCGGATCAGCAGCGCCTGATCTTCGCCGGGAAGCAGTTGGAGGATGGCAGAACACTAGCCGATTACAACATTCAGAAAGAATCCACGCTCCACCTCGTCCTCCGCCTCCGCGGCGGCTCTGGTAGCACCTGGCGAATCCCTTTCGTGGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057779087.1
MQIFVKTLTGKTITLEVESSDTIDNVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLADYNIQKESTLHLVLRLRGGSGSTWRIPFVANHLLKKITQLNESSKKELIKTWSRASTIIPEMVGHRVAVYDGRKHVPFRISENMVGHKLGELKPRRHNRKEVHARGKVAIKKKK

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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