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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G003131`

染色体: Chr08 坐标: 31642379-31645182 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G003131`
名称	SmilChr08G003131
描述	probable E3 ubiquitin-protein ligase LOG2
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	31642379 - 31645182 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130997721`
GeneID	`130997721`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130997721`
原始查询	`LOC130997721`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	probable E3 ubiquitin-protein ligase LOG2
产物	probable E3 ubiquitin-protein ligase LOG2
Arabidopsis	`AT3G09770` (LOG2) RING/U-box superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820135] identity=61.6; qcov=0.855; evalue=1.02e-111; confidence=high
Rice	`Os03g0254900` - identity=54.1; qcov=1.1; evalue=1.76e-117; confidence=high
GO	GO:0016567 (protein ubiquitination); GO:0061630 (ubiquitin protein ligase activity)
KEGG	-
Pfam	PF13639 (zf-RING_2); PF13920 (zf-C3HC4_3); PF14447 (Prok-RING_4); PF26192 (RNF157-like_N)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130997721

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057779115.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.60000	`XP_057779115.1`
3	Nucleus	细胞核	0.20000	`XP_057779115.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057779115.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057779115.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:31642853`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A2,B28,B7,B80
`Chr8:31642907`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B33
`Chr8:31643003`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C11,C69
`Chr8:31643005`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B13,C8,D7
`Chr8:31643025`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B4,C36,C46
`Chr8:31643078`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C11,C69
`Chr8:31643263`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr8:31644794`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A10,A11,A13,A3,C65

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057779115.1

311 aa

156

311

RNF157-like_N

zf-C3HC4_3

zf-RING_2

Prok-RING_4

PF26192 RNF157-like_N 76-229 aa PF13920 zf-C3HC4_3 253-299 aa PF13639 zf-RING_2 254-294 aa PF14447 Prok-RING_4 255-298 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057779115.1`	Pfam	`PF26192`	RNF157-like_N	Domain	76	229	1.7e-64	217.6	RNF157-like N-terminal domain
`XP_057779115.1`	Pfam	`PF13920`	zf-C3HC4_3	Domain	253	299	2.2e-16	60.1	Zinc finger, C3HC4 type (RING finger)
`XP_057779115.1`	Pfam	`PF13639`	zf-RING_2	Domain	254	294	4.5e-07	30.7	Ring finger domain
`XP_057779115.1`	Pfam	`PF14447`	Prok-RING_4	Family	255	298	1.3e-06	28.9	Prokaryotic RING finger family 4

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057923132.1
GACATGAAGCAACTCAAATTGTTACTTGTTAGATACATATCCAAATTGGCCTAACCCTTAATATCTATTTAGGCCGATGCAAATATTAATCTAGAAATAAGATAATTAGATAAATTTGTTTGGGTCCTACTTGTCTTTCCCCCAACCCCAACGAGGGGCTGTCTCTTTCATTTATCGGAATTTTGATTCAGCTGAAATCCAAACTCTTGAGTTGAGCCCTTCCTTCATCCTCTCTCTCTCCCACGAATTTCTTCAACGAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130997721
ATGGGCAACAGCAGCAGTAGCAGAAGCTCCCAACCCCCGCCTCCGCACAACGTTTTCGCGCCTTCGTCGCCGCCGTATAACCAGTACCCGGGTTTCTACCCCCACCCGGCGGCGATGCCGATCCCTCTGCCGGCGCCGCATGCCAATTGGGTCACTGCTCGGTACCCAATGCTTCCACCTACGCCGGTCGTCGAGCATCAGAAGGCCATCACCATTCGGAACGATGTCAATGTCAAGAAGGAGACTCTCAGGCTCGAGCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057779115.1
MGNSSSSRSSQPPPPHNVFAPSSPPYNQYPGFYPHPAAMPIPLPAPHANWVTARYPMLPPTPVVEHQKAITIRNDVNVKKETLRLEPDEDGSGKFLVAFCFDATVAGSLTLMFCANEGEDCHLTPIKESLYQPITVQFEKGLSQKFKQPSGTGVDLSNFQEGGLSYKSDSGVYPLAIKAEASSDDKSGNADSRPTNSQITLAVFEKDREEYQVKVVKQILWVNGMRYELQEIFGIGNSLEHEFDGNESNDPGKECVVCLS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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