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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G003896

染色体: Chr01 坐标: 57244828-57245883 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G003896
名称SmilChr01G003896
描述tetrapyrrole-binding protein, chloroplastic-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向57244828 - 57245883 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130997724
GeneID130997724
locus_tag-
NCBI NameLOC130997724
原始查询LOC130997724

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述tetrapyrrole-binding protein, chloroplastic-like
产物tetrapyrrole-binding protein%2C chloroplastic-like
ArabidopsisAT3G59400 (GUN4)
protein GENOMES UNCOUPLED 4 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825109]
identity=61.3; qcov=0.724; evalue=6.28e-76; confidence=high
RiceOs11g0267000 (GUN4)
-
identity=58.6; qcov=0.743; evalue=9.12e-75; confidence=high
GOGO:0009507 (chloroplast); GO:0010019 (chloroplast-nucleus signaling pathway); GO:0046906 (tetrapyrrole binding)
KEGG-
PfamPF05419 (GUN4)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130997724

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057779119.1
2 Chloroplast stroma 叶绿体基质 1.00000 XP_057779119.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057779119.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057779119.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057779119.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:57245040 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B122
Chr1:57245183 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B109
Chr1:57245217 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B15
Chr1:57245386 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B11,B95,C40
Chr1:57245649 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C18

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057779119.1
257 aa
N
1
128
257
GUN4
C
PF05419 GUN4 70-217 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057779119.1 Pfam PF05419 GUN4 Domain 70 217 1.4e-48 165.3 GUN4-like

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057923136.1
TTTCTTATCTCTCCACCCCCACATGCAAATTCCTCTTATCTCTCTCTATAACTCCAAATCCCATACAACAAAATATAGCACAAACACTATAGTAAAATCAATCAATTTCTTTTTTCTTATAACAAGAATCATTCCATCCACAAATTCTTGAAAAAAATTACTCCCTAAAAAATGTCCACCAACACTTTCAACTCCATACACCAGCACTACCACCGCTCCCTGCGGCGGCGCCACTCCATAGACTGCCCTCCCACCACCTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130997724
ATGTCCACCAACACTTTCAACTCCATACACCAGCACTACCACCGCTCCCTGCGGCGGCGCCACTCCATAGACTGCCCTCCCACCACCTTCTCCCTCCGCCCCAGAACCACCACCACCACCAGCCCCACCACCGCAACCTCCCTCTCCACCTCCTTCGCGGCCACCTCCGCCGCCACAAGCACCCCCACAACCAACCCCTCGACCTCCCACTCGACCTCCCTGGACCTCCTCCGCCACCACCTCGAGGCGAAGAACCTCCG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057779119.1
MSTNTFNSIHQHYHRSLRRRHSIDCPPTTFSLRPRTTTTTSPTTATSLSTSFAATSAATSTPTTNPSTSHSTSLDLLRHHLEAKNLRQADEETRRLIIALAGEAAVKRGYVFFSEVQFIPAEELRAIDALWRQHSDGRFGYSVQRKIWKKSKKDFTNFFKKVGWMKKLEGSEVEQYNYRSFPTEFVWEMEEGPPEGHLPLTNALRGTQLLNCILTHPAFDGDEDEDQDEDENQNQERESDMKPLSKRGTAFQTNYSF

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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