当前解析结果
SmilChr01G003896| 统一新 Gene ID | SmilChr01G003896 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G003896 |
| 描述 | tetrapyrrole-binding protein, chloroplastic-like |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 57244828 - 57245883 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130997724 |
|---|---|
| GeneID | 130997724 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130997724 |
| 原始查询 | LOC130997724 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | tetrapyrrole-binding protein, chloroplastic-like |
| 产物 | tetrapyrrole-binding protein%2C chloroplastic-like |
| Arabidopsis | AT3G59400 (GUN4)protein GENOMES UNCOUPLED 4 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825109] identity=61.3; qcov=0.724; evalue=6.28e-76; confidence=high |
| Rice | Os11g0267000 (GUN4)- identity=58.6; qcov=0.743; evalue=9.12e-75; confidence=high |
| GO | GO:0009507 (chloroplast); GO:0010019 (chloroplast-nucleus signaling pathway); GO:0046906 (tetrapyrrole binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF05419 (GUN4) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130997724 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Chloroplast | 叶绿体 | 1.00000 | XP_057779119.1 |
| 2 | Chloroplast stroma | 叶绿体基质 | 1.00000 | XP_057779119.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057779119.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057779119.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057779119.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:57245040 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B122 |
Chr1:57245183 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B109 |
Chr1:57245217 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B15 |
Chr1:57245386 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B11,B95,C40 |
Chr1:57245649 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C18 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057779119.1PF05419
GUN4 70-217 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057779119.1 |
Pfam | PF05419 |
GUN4 | Domain | 70 | 217 | 1.4e-48 | 165.3 | GUN4-like |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。