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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G003170

染色体: Chr08 坐标: 32371880-32373926 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G003170
名称SmilChr08G003170
描述uncharacterized SmilChr08G003170
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向32371880 - 32373926 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130997753
GeneID130997753
locus_tag-
NCBI NameLOC130997753
原始查询LOC130997753

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述acyl-CoA-binding domain protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818296]; symbol=AT2G37195; hit=AT2G37195; species=arabidopsis; confidence=medium
产物acyl-CoA-binding domain protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818296]; symbol=AT2G37195; hit=AT2G37195; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT2G37195 (AT2G37195)
acyl-CoA-binding domain protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818296]
identity=54.3; qcov=0.806; evalue=7.23e-37; confidence=medium
RiceOs02g0805700
-
identity=42.5; qcov=0.662; evalue=7.53e-21; confidence=medium
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130997753

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 0.80000 XP_057779145.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.80000 XP_057779145.1
3 Golgi apparatus 高尔基体 0.60000 XP_057779145.1
4 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057779145.1
5 Nucleus membrane 核膜 0.20000 XP_057779145.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:32373671 CT C 1bp_deletion frameshift_variant 176 A11,A16,A18,A2,A20,A22,A23,A24,A3,A4,A5,A6,A7,B100,B101,B102,B103,B105,B106,B107,B108,B111,B113,B114,B115,B117,B118,B119,B120,B121,B122,B123,B124,B126,B129,B130,B131,B132,B134,B135,B136,B138,B139,B17,B18,B2,B20,B22,B23,B25,B26,B27,B28,B29,B3,B31,B33,B34,B35,B37,B38,B39,B4,B40,B42,B43,B45,B46,B49,B5,B50,B51,B52,B54,B55,B56,B57,B59,B6,B60,B61,B63,B64,B66,B67,B68,B69,B7,B75,B79,B8,B80,B81,B82,B83,B84,B86,B87,B89,B9,B90,B91,B92,B95,B96,B97,B98,C1,C11,C13,C14,C15,C19,C2,C20,C21,C23,C25,C26,C27,C28,C29,C3,C30,C31,C32,C33,C34,C35,C36,C37,C39,C41,C43,C44,C45,C46,C47,C49,C5,C52,C53,C55,C56,C57,C58,C59,C6,C60,C61,C62,C63,C65,C67,C68,C69,C7,C71,C72,C73,C75,C76,C77,C78,C79,C80,C81,C82,C84,C85,C86,D1,D2,D4,D8,D9
Chr8:32373685 TA T 1bp_deletion frameshift_variant 9 A19,A23,B102,B11,B127,B40,B81,C16,C3

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057923162.1
ATGACCTATAACTCTTAAGATTTTTTATTTTTTATTTTTATTTTATAACGGAAACAAAAGATTTGGATTTGAATAGACTGGCACTCCGAAAGTTGATTGTAGGCTACGAATGATGATTACAATTTACAAAAACAAGAATAAAAGGATTGATGAATTGTGTGTTTCATTGGGGAATAAAAGCGTAGAAGACTTGAATGATGACAACGTAAAATGGAAGGATACATGCCTCATATCATATGTTATGTTGGTGGCCAAGTTCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130997753
ATGTTATGTTGGTGGCCAAGTTCTCATCTCAAGTGGGTTTATAACTTAAAACTGTACGGCGCAAGAATTCAAAATCTTCAAAAAATGGGGAGGGCCAAGCGGCGGCATATATTCATAGCTCTAGGGCTCCTTATGCTTATGGGAATCGCCATTCACTTCCGCCTTTGGGCCATCGATAATCGGTTCTCCTCTTATGATTCCGAGCTTTTAAGGAGACAATTTGATCTTGCTAACAGAGAAGCTATGGATGAATCTGCAGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057779145.1
MLCWWPSSHLKWVYNLKLYGARIQNLQKMGRAKRRHIFIALGLLMLMGIAIHFRLWAIDNRFSSYDSELLRRQFDLANREAMDESAEWRRRFDLEFEKATKCSRELEEIKMSTGDKRKVSAVLNKKMEMLQKENVDLLERVESLKQELESETLKCSMRNM

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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