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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G003180

染色体: Chr08 坐标: 32514703-32520649 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G003180
名称SmilChr08G003180
描述OVARIAN TUMOR DOMAIN-containing deubiquitinating enzyme 12-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向32514703 - 32520649 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130997758
GeneID130997758
locus_tag-
NCBI NameLOC130997758
原始查询LOC130997758

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述OVARIAN TUMOR DOMAIN-containing deubiquitinating enzyme 12-like
产物OVARIAN TUMOR DOMAIN-containing deubiquitinating enzyme 12-like
ArabidopsisAT5G04250 (AT5G04250)
Cysteine proteinases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830304]
identity=48.4; qcov=1; evalue=5.39e-92; confidence=high
RiceOs03g0859800
-
identity=51.2; qcov=0.959; evalue=3.36e-102; confidence=high
GOGO:0004843 (cysteine-type deubiquitinase activity); GO:0016579 (protein deubiquitination)
KEGG-
PfamPF02338 (OTU)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130997758

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057779156.1
2 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057779156.1
3 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057779156.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057779156.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057779156.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:32515655 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B35
Chr8:32519268 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C87

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057779156.1
348 aa
N
1
174
348
OTU
C
PF02338 OTU 209-295 aa
XP_057779157.1
348 aa
N
1
174
348
OTU
C
PF02338 OTU 209-295 aa
XP_057779158.1
346 aa
N
1
173
346
OTU
C
PF02338 OTU 207-293 aa
XP_057779159.1
346 aa
N
1
173
346
OTU
C
PF02338 OTU 207-293 aa
XP_057779160.1
342 aa
N
1
171
342
OTU
C
PF02338 OTU 209-295 aa
XP_057779161.1
340 aa
N
1
170
340
OTU
C
PF02338 OTU 207-293 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057779156.1 Pfam PF02338 OTU Domain 209 295 1.2e-12 49.1 OTU-like cysteine protease
XP_057779157.1 Pfam PF02338 OTU Domain 209 295 1.2e-12 49.1 OTU-like cysteine protease
XP_057779158.1 Pfam PF02338 OTU Domain 207 293 1.3e-12 49.1 OTU-like cysteine protease
XP_057779159.1 Pfam PF02338 OTU Domain 207 293 1.3e-12 49.1 OTU-like cysteine protease
XP_057779160.1 Pfam PF02338 OTU Domain 209 295 1.2e-12 49.2 OTU-like cysteine protease
XP_057779161.1 Pfam PF02338 OTU Domain 207 293 1.2e-12 49.1 OTU-like cysteine protease

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

6 records

下载 cDNA FASTA
XM_057923173.1
TACCTAAAATGAAGGATGTCTAGTAAAACTTTGTTTAGACAAGATGCATACGTATAACTGTTGTTGAAGGAAAAGGGCGATTAACTCAACGGCATCTTTCGATCTACGCAAAAGCCACCCATAAAGCGTTTCCAAAAGCTTCCGTGCGCTGCTCACCATTCCCGTTTCCTCAAACAACTTGTCCTTTTGCCCAAACCCAAACTGTATATAAACTTATAAACCACCTCACATTTCTCACTATCTTCTCTCTCTAAACTCTC...
XM_057923175.1
GTAAAACTTTGTTTAGACAAGATGCATACGTATAACTGTTGTTGAAGGAAAAGGGCGATTAACTCAACGGCATCTTTCGATCTACGCAAAAGCCACCCATAAAGCGTTTCCAAAAGCTTCCGTGCGCTGCTCACCATTCCCGTTTCCTCAAACAACTTGTCCTTTTGCCCAAACCCAAACTGTATATAAACTTATAAACCACCTCACATTTCTCACTATCTTCTCTCTCTAAACTCTCACTCACAGTCGCAAATAGGCCG...

CDS

6 records

下载 CDS FASTA
LOC130997758
ATGCTTGTTTGTTGCTGTGAGCATTCACCAGAAGAAGTAATGCACGAACCAGAACCTGATGCTGCTCCATGGAGTTTTTTCAACATCGACAGTCTTTTCAGTAACAATTACTATGGAGACAGCACCCAACACGATGTGAAGATTTGCCACGAACAATACATTAGAGATGATCAATATGTCAACACCGACAACGATGAGATTGTTGCACATGCTATTCTACAAGAAGAATTGTCACAATTGTCAATTGAAGAACATCCAGA...
LOC130997758
ATGCTTGTTTGTTGCTGTGAGCATTCACCAGAAGAAGTAATGCACGAACCAGAACCTGATGCTGCTCCATGGAGTTTTTTCAACATCGACAGTCTTTTCAGTAACAATTACTATGGAGACAGCACCCAACACGATGTGAAGATTTGCCACGAACAATACATTAGAGATGATCAATATGTCAACACCGACAACGATGAGATTGTTGCACATGCTATTCTACAAGAAGAATTGTCACAATTGTCAATTGAAGAACATCCAGA...

Protein

6 records

下载 Protein FASTA
XP_057779156.1
MLVCCCEHSPEEVMHEPEPDAAPWSFFNIDSLFSNNYYGDSTQHDVKICHEQYIRDDQYVNTDNDEIVAHAILQEELSQLSIEEHPELSHPVEEYLQDSTVAPDWHNSSSNYYTGAGREDSAYESDDAGSPCSSPGDRSCEGDDYSCTLDITDESELDGEVGKRLYQMIPVPHVPRINGDIPSVDEATSDHQRLLDRLKLYDLIEHKVQGDGNCQFRALSDQFYRIPEHHKFVRQQVVRQLKAHPEMYEGYVPMEYADYL...
XP_057779157.1
MLVCCCEHSPEEVMHEPEPDAAPWSFFNIDSLFSNNYYGDSTQHDVKICHEQYIRDDQYVNTDNDEIVAHAILQEELSQLSIEEHPELSHPVEEYLQDSTVAPDWHNSSSNYYTGAGREDSAYESDDAGSPCSSPGDRSCEGDDYSCTLDITDESELDGEVGKRLYQMIPVPHVPRINGDIPSVDEATSDHQRLLDRLKLYDLIEHKVQGDGNCQFRALSDQFYRIPEHHKFVRQQVVRQLKAHPEMYEGYVPMEYADYL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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