当前解析结果
SmilChr08G003187| 统一新 Gene ID | SmilChr08G003187 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G003187 |
| 描述 | adenosine kinase 2-like |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 32615589 - 32619248 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130997764 |
|---|---|
| GeneID | 130997764 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130997764 |
| 原始查询 | LOC130997764 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | adenosine kinase 2-like |
| 产物 | adenosine kinase 2-like |
| Arabidopsis | AT5G03300 (ADK2)adenosine kinase 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831882] identity=82; qcov=1; evalue=1.03e-167; confidence=high |
| Rice | Os04g0518000- identity=80.2; qcov=1; evalue=1.02e-163; confidence=high |
| GO | GO:0004001 (adenosine kinase activity); GO:0005634 (nucleus); GO:0005829 (cytosol); GO:0006166 (purine ribonucleoside salvage) |
| KEGG | smil00230 (Purine metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01232 (Nucleotide metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)) |
| Pfam | PF00294 (PfkB) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130997764 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057779177.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057779177.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.20000 | XP_057779177.1 |
| 4 | Nucleoplasm | 核质 | 0.20000 | XP_057779177.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057779177.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:32615801 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 31 | A1,A18,A21,B1,B10,B107,B123,B130,B135,B16,B30,B50,B57,B62,B83,B86,C15,C19,C20,C23,C26,C32,C34,C56,C6,C68,C74,C80,C84,C9,D3 |
Chr8:32615849 |
TTG |
T |
2bp_deletion | frameshift_variant | 1 | D3 |
Chr8:32615849 |
TTG |
T |
2bp_deletion | CDS_variant | 1 | D3 |
Chr8:32615850 |
TG |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | C74 |
Chr8:32615850 |
TG |
T |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | C74 |
Chr8:32615852 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C74,D3 |
Chr8:32616088 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B32 |
Chr8:32616096 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B26,C36,C40 |
Chr8:32616150 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 103 | A1,A10,A13,A16,A2,A20,A22,A3,A4,A5,A6,A8,A9,B1,B100,B104,B105,B109,B110,B111,B114,B117,B121,B122,B127,B129,B13,B131,B133,B15,B16,B18,B21,B23,B26,B32,B33,B34,B35,B4,B47,B49,B5,B50,B51,B52,B54,B55,B59,B6,B62,B65,B68,B71,B73,B76,B79,B80,B82,B85,B87,B88,B9,B92,B94,B95,B96,B99,C12,C21,C22,C23,C26,C28,C29,C30,C33,C40,C42,C47,C49,C52,C54,C59,C60,C61,C67,C69,C7,C75,C76,C78,C83,C84,C85,C9,D1,D11,D2,D3,D5,D7,D8 |
Chr8:32616163 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B93 |
Chr8:32616190 |
AG |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 217 | A1,A10,A11,A13,A14,A15,A16,A18,A2,A20,A21,A22,A23,A24,A25,A3,A4,A5,A6,A7,A8,A9,B1,B100,B101,B102,B103,B104,B105,B106,B107,B108,B110,B111,B112,B113,B114,B115,B117,B118,B119,B12,B120,B121,B122,B123,B124,B125,B127,B128,B129,B13,B130,B132,B133,B134,B135,B136,B138,B139,B14,B140,B15,B16,B17,B18,B2,B22,B23,B26,B27,B28,B29,B30,B32,B33,B34,B35,B36,B37,B38,B39,B4,B40,B42,B44,B45,B46,B47,B48,B49,B5,B50,B51,B52,B54,B55,B56,B57,B59,B6,B61,B62,B63,B64,B65,B66,B67,B68,B69,B7,B70,B71,B72,B74,B76,B77,B78,B79,B80,B81,B82,B83,B84,B85,B87,B88,B9,B90,B92,B93,B95,B96,B97,B99,C1,C12,C13,C14,C15,C16,C19,C2,C20,C21,C22,C23,C24,C25,C26,C27,C28,C29,C30,C31,C32,C33,C34,C36,C37,C38,C39,C40,C42,C43,C44,C45,C46,C47,C48,C49,C50,C51,C52,C53,C54,C55,C56,C57,C58,C59,C6,C60,C61,C62,C63,C64,C65,C66,C67,C68,C69,C7,C70,C71,C72,C73,C75,C76,C77,C78,C8,C84,C85,C87,C9,D1,D10,D11,D2,D3,D4,D5,D6,D7,D8,D9 |
Chr8:32616198 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 4 | A19,B58,C71,C9 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057779177.1PF00294
PfkB 7-261 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057779177.1 |
Pfam | PF00294 |
PfkB | Domain | 7 | 261 | 7.9e-64 | 216.6 | pfkB family carbohydrate kinase |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。