Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G003899

染色体: Chr01 坐标: 57280587-57285754 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G003899
名称SmilChr01G003899
描述uncharacterized SmilChr01G003899
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向57280587 - 57285754 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130997784
GeneID130997784
locus_tag-
NCBI NameLOC130997784
原始查询LOC130997784

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述structural maintenance of chromosomes-like protein, putative (DUF3531) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830738]; symbol=AT5G08400; hit=AT5G08400; species=arabidopsis; confidence=high
产物structural maintenance of chromosomes-like protein, putative (DUF3531) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830738]; symbol=AT5G08400; hit=AT5G08400; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT5G08400 (AT5G08400)
structural maintenance of chromosomes-like protein, putative (DUF3531) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830738]
identity=68.3; qcov=0.767; evalue=4.5e-115; confidence=high
RiceOs02g0827600
-
identity=69.1; qcov=0.645; evalue=2.88e-92; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF12049 (DUF3531)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130997784

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057779195.1
2 Chloroplast stroma 叶绿体基质 1.00000 XP_057779195.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057779195.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057779195.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057779195.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:57282071 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr1:57282076 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B47,D3
Chr1:57282085 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B5,C40,C79
Chr1:57282151 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr1:57282254 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C56
Chr1:57282255 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B92,D6
Chr1:57282354 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A18,C19,C4,C47,C87
Chr1:57282529 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C56
Chr1:57284506 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B26,B3,C29,D4
Chr1:57285183 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B1
Chr1:57285216 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B1
Chr1:57285338 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 15 A10,B105,B114,B129,B29,B47,B59,B87,C17,C30,C58,C64,C65,C66,C74

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057779195.1
325 aa
N
1
162
325
DUF3531
C
PF12049 DUF3531 176-315 aa
XP_057779205.1
325 aa
N
1
162
325
DUF3531
C
PF12049 DUF3531 176-315 aa
XP_057779210.1
296 aa
N
1
148
296
DUF3531
C
PF12049 DUF3531 176-271 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057779195.1 Pfam PF12049 DUF3531 Family 176 315 1.6e-52 177.9 Protein of unknown function (DUF3531)
XP_057779205.1 Pfam PF12049 DUF3531 Family 176 315 1.6e-52 177.9 Protein of unknown function (DUF3531)
XP_057779210.1 Pfam PF12049 DUF3531 Family 176 271 2.7e-32 112.4 Protein of unknown function (DUF3531)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057923222.1
AAACATTGGATTCACCCAAATTAACTAGGAAGAGACAATGCTCTCATGTACTATGATCAATTTTTCTTCTTTGAAAAAGCAAATAAATTGGGCCAAATGATGAATGTTGAGTTAGAATATCAAACGATAACTTTTCCACATCAATTTTAACACGCCCATTGACAATTTTGCCCTTTATCATATTCTTCTTTATCGACTACAGTCATCAGCTCACTTCTTCCTTAAACCCCAGCTAACCGCCACCCGCCACTGCCCCCGGC...
XM_057923227.1
ATAACTTTTCCACATCAATTTTAACACGCCCATTGACAATTTTGCCCTTTATCATATTCTTCTTTATCGACTACAGTCATCAGCTCACTTCTTCCTTAAACCCCAGCTAACCGCCACCCGCCACTGCCCCCGGCCCCGCCCTCGCCGCGGCATACTCCGCCGTGATTTTAAAATTGGAGATATTCTACAGAGGAAATAAAATGAAAACATCTTGTGCATATGCACGATGTACCTCTTTCACGAGACGGAAGGAACTTCTT...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC130997784
ATGAAAACATCTTGTGCATATGCACGATGTACCTCTTTCACGAGACGGAAGGAACTTCTTTCCTCTTCATGTTCACTGTCGGCGGCCCAGTTTACCGCAGTACCCCAACATAATGTATTTCTTCCTCTTCCTGCTAGTAGGAAGCTGTGGCAACATATGCTGCTGCCTGCAGTAGCAGTGGCAAAGAAGGATGTTAGAGGGAGTGTCAATCAGGAGGATGACACGGAGCCCAGTACAAGCGAGGGTAGTAGTGGAAAGTT...
LOC130997784
ATGAAAACATCTTGTGCATATGCACGATGTACCTCTTTCACGAGACGGAAGGAACTTCTTTCCTCTTCATGTTCACTGTCGGCGGCCCAGTTTACCGCAGTACCCCAACATAATGTATTTCTTCCTCTTCCTGCTAGTAGGAAGCTGTGGCAACATATGCTGCTGCCTGCAGTAGCAGTGGCAAAGAAGGATGTTAGAGGGAGTGTCAATCAGGAGGATGACACGGAGCCCAGTACAAGCGAGGGTAGTAGTGGAAAGTT...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057779195.1
MKTSCAYARCTSFTRRKELLSSSCSLSAAQFTAVPQHNVFLPLPASRKLWQHMLLPAVAVAKKDVRGSVNQEDDTEPSTSEGSSGKFAKGSGTTARGRRLLKIREEKRKRDQERLHNYPAWAKVLEDACRNDSELRAVLGDSIGNPDLMRKRVEERVRTRGRNITKSKSGSVLAFKVSFRDFNPLDSYIWFELYGSPSDRDVDLLGSVIQSWYVMGRLGAFNTANLQLANSSMEHDPLYDADKGFKVMPSSFHDISDVEF...
XP_057779205.1
MKTSCAYARCTSFTRRKELLSSSCSLSAAQFTAVPQHNVFLPLPASRKLWQHMLLPAVAVAKKDVRGSVNQEDDTEPSTSEGSSGKFAKGSGTTARGRRLLKIREEKRKRDQERLHNYPAWAKVLEDACRNDSELRAVLGDSIGNPDLMRKRVEERVRTRGRNITKSKSGSVLAFKVSFRDFNPLDSYIWFELYGSPSDRDVDLLGSVIQSWYVMGRLGAFNTANLQLANSSMEHDPLYDADKGFKVMPSSFHDISDVEF...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器