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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G003207

染色体: Chr08 坐标: 32890360-32892302 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G003207
名称SmilChr08G003207
描述UDP-glycosyltransferase 86A1-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向32890360 - 32892302 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130997785
GeneID130997785
locus_tag-
NCBI NameLOC130997785
原始查询LOC130997785

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述UDP-glycosyltransferase 86A1-like
产物UDP-glycosyltransferase 86A1-like
ArabidopsisAT2G36970 (AT2G36970)
UDP-Glycosyltransferase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818271]
identity=47.6; qcov=0.992; evalue=9.28e-153; confidence=high
RiceOs10g0442400
-
identity=43.3; qcov=0.981; evalue=5.6e-138; confidence=medium
GOGO:0008194 (UDP-glycosyltransferase activity)
KEGG-
PfamPF00201 (UDPGT)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130997785

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057779192.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057779192.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057779192.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057779192.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057779192.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:32890742 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C81
Chr8:32891095 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 1 B76
Chr8:32891095 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B76
Chr8:32891295 TA T 1bp_deletion frameshift_variant 4 B10,B41,C12,C6
Chr8:32891295 TA T 1bp_deletion CDS_variant 4 B10,B41,C12,C6
Chr8:32891332 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C85
Chr8:32891617 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B16,C8
Chr8:32891628 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 1 B88
Chr8:32891628 TG T 1bp_deletion CDS_variant 1 B88
Chr8:32891731 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B15,C15
Chr8:32891773 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B13,B9,C71,C8,D7
Chr8:32891847 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C81

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057779192.1
485 aa
N
1
242
485
UDPGT
C
PF00201 UDPGT 291-457 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057779192.1 Pfam PF00201 UDPGT Family 291 457 3e-18 66.6 UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057923209.1
CAAATTCAATTTTGCTTCCGCGATATCCACATAGGAATCTGCATATATGATTTGTCTCTTTCTGCCTGTTGAATTTTCTCTTGTCCAAGGCAACTGATTAACCACACAAACATAATCTACAAATACGTACACATCACCAATAGATGAGACGTACGTTCAATTATTTGAGAATCCAAGAATTCAATAATACAAGCACATGAACTTATTTCATACATATATATATATGTGTGTGTGTGTTCTGTGTTGTATTAAATAAACAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130997785
ATGAGAAATATAAGCATGGGAGAAAGGGGGAGAAAGGTCCATGGCATCATGATATGCGTTCCCTACCAAGGGCATCTCAACCCATTTGTGAGTCTAGCTCTGAAGCTTGCCTCTAAGGGCTTCGCCATCACATTCGTGCATCTCGAATTCCTTTACCGCAAGCTATGTGATGCCCACCACGCCAACAAAACTGACGTCGACCTTTTTTCTGGAGCTCGAGAGTTAGGCCTCGACATCCGTTTCACCACCATGGCCGATTG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057779192.1
MRNISMGERGRKVHGIMICVPYQGHLNPFVSLALKLASKGFAITFVHLEFLYRKLCDAHHANKTDVDLFSGARELGLDIRFTTMADCFPLEFDRDANFPEYWDTMVRDFPALADEFVGNIVSSEPDMLHFLVADTVYNWPAAVAHKYNLVNVSLWTQPALVYCLAYHWDLLEQNGHFPCKDDVPEEIKYVPGVESINTKDLMHYLKESQFASVANRLTRLIFEQAKMADFVLQNTVEELEPQTLAALHKYLPNYAIGPLN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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