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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G003213

染色体: Chr08 坐标: 32937629-32938238 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G003213
名称SmilChr08G003213
描述protein SMALL AUXIN UP-REGULATED RNA 10-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向32937629 - 32938238 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130997790
GeneID130997790
locus_tag-
NCBI NameLOC130997790
原始查询LOC130997790

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein SMALL AUXIN UP-REGULATED RNA 10-like
产物protein SMALL AUXIN UP-REGULATED RNA 10-like
ArabidopsisAT2G28085 (AT2G28085)
SAUR-like auxin-responsive protein family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817353]
identity=58.3; qcov=0.48; evalue=2.2e-21; confidence=medium
RiceOs02g0143300 (OsSAUR4)
-
identity=42.5; qcov=0.533; evalue=9.91e-11; confidence=low
GOGO:0009733 (response to auxin)
KEGGsmil04075 (Plant hormone signal transduction - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF02519 (Auxin_inducible)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130997790

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057779203.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057779203.1
3 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057779203.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057779203.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057779203.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:32937819 CT C 1bp_deletion frameshift_variant 1 B104
Chr8:32937819 CT C 1bp_deletion CDS_variant 1 B104
Chr8:32937957 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B100,B26,C83,D11
Chr8:32938141 AT A 1bp_deletion frameshift_variant 36 A15,A18,A19,A20,A9,B10,B139,B16,B18,B21,B42,B43,B44,B48,B58,B64,B65,B73,B82,B85,B94,C12,C24,C37,C48,C51,C52,C53,C57,C63,C67,C71,C76,C84,C9,D3

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057779203.1
150 aa
N
1
75
150
Auxin_inducible
C
PF02519 Auxin_inducible 43-139 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057779203.1 Pfam PF02519 Auxin_inducible Domain 43 139 2.4e-15 57.2 Auxin responsive protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057923220.1
CGCGTTCAAATATGAGAGTAGACCAAGAAACACATTCCATTAATGCTGCAATCAGATAATCCTCACCATCTACGAAGCTTCATCCCCTGCCTCAAAATCAGGTATAAAATTCCATCACTTTCCCTCCACAACTCAACAATGGCAGCAGCACAGAGAAGAAGTGGCCTCAAACACTTGATCAGGAAGCTTCAGAATCATCTCCAGCAGTCGAGAAGAGTAGAGGCGTTGCCAGGATTCGTATGTGAGGAAAGGGTTCCACA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130997790
ATGCTGCAATCAGATAATCCTCACCATCTACGAAGCTTCATCCCCTGCCTCAAAATCAGGTATAAAATTCCATCACTTTCCCTCCACAACTCAACAATGGCAGCAGCACAGAGAAGAAGTGGCCTCAAACACTTGATCAGGAAGCTTCAGAATCATCTCCAGCAGTCGAGAAGAGTAGAGGCGTTGCCAGGATTCGTATGTGAGGAAAGGGTTCCACACGATGTCAAGGAAGGGCAGTTCGCTGTGGTTGCGAAGAAGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057779203.1
MLQSDNPHHLRSFIPCLKIRYKIPSLSLHNSTMAAAQRRSGLKHLIRKLQNHLQQSRRVEALPGFVCEERVPHDVKEGQFAVVAKKDEEKPTRFVVELSVLKHPQFLRLLELAEDEFGFQHDGALELPCQPEELRRILQDRNSSTSSHSF

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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