Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G003246`

染色体: Chr08 坐标: 33376485-33378738 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G003246`
名称	SmilChr08G003246
描述	probable xyloglucan endotransglucosylase/hydrolase protein 32
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	33376485 - 33378738 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130997817`
GeneID	`130997817`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130997817`
原始查询	`LOC130997817`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	probable xyloglucan endotransglucosylase/hydrolase protein 32
产物	probable xyloglucan endotransglucosylase/hydrolase protein 32
Arabidopsis	`AT2G36870` (XTH32) xyloglucan endotransglucosylase/hydrolase 32 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818259] identity=74.8; qcov=1; evalue=1.09e-176; confidence=high
Rice	`Os07g0480800` (OsXTH21) - identity=65; qcov=0.96; evalue=4.74e-142; confidence=high
GO	GO:0004553 (hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds); GO:0005618 (cell wall); GO:0010411 (xyloglucan metabolic process); GO:0016762 (xyloglucan:xyloglucosyl transferase activity); GO:0042546 (cell wall biogenesis); GO:0048046 (apoplast)
KEGG	-
Pfam	PF00722 (Glyco_hydro_16); PF06955 (XET_C)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130997817

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell wall	细胞壁	0.60000	`XP_057779238.1`
2	Secreted	分泌到胞外	0.20000	`XP_057779238.1`
3	Golgi apparatus	高尔基体	0.20000	`XP_057779238.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057779238.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057779238.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:33377306`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B100,C4
`Chr8:33378211`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr8:33378213`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057779238.1

301 aa

150

301

Glyco_hydro_16

XET_C

PF00722 Glyco_hydro_16 47-228 aa PF06955 XET_C 263-299 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057779238.1`	Pfam	`PF00722`	Glyco_hydro_16	Domain	47	228	9.9e-57	191.9	Glycosyl hydrolases family 16
`XP_057779238.1`	Pfam	`PF06955`	XET_C	Family	263	299	6.1e-12	45.9	Xyloglucan endo-transglycosylase (XET) C-terminus

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057923255.1
TTTTTTTTACATTTTAGGTAAGACTAAGTTCTCAACCTTTGTTATTACCAGCTCTCAGAACCTTAAATTTTCTGACCCCACAAATGTGGATGTGGTCATGGCTAGTAACTAGTAATATTGAGAGAGAGAGATCGAGGTAAAAATGAGACATATAGTGGAGTGTGTAATATGAGAATCGTAGCTTTAAAGGATGAGACAGTGATAAATGTTGCTTTCAGCAAAGGATCGGATAGATGTAAAGGCAAGTTTGTAACAGTAGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130997817
ATGGCTTCTTCTCCATCTCCAGTAGTTAATGTTGTTGTTGTGTTGATCATCATCTCCCTGAGGCTGATCAATGCAGCTGAATGGCCTCCCTCACCGGGCTACTACCCTAGCTCCCGTTATCGCACCATGAGCTTCTACCAAGGCTATAGGAATCTTTGGGGCCCTGCTCACCAGAGTGTCGACAACAATGGCGTCACTATTTGGCTCGACAGAAACTCTGGAAGCGGGTTCAAGTCGGTTAAACCGTTTCGTTCCGGTTA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057779238.1
MASSPSPVVNVVVVLIIISLRLINAAEWPPSPGYYPSSRYRTMSFYQGYRNLWGPAHQSVDNNGVTIWLDRNSGSGFKSVKPFRSGYFGASIKLQPGYTAGVITAFYLSNNEAHPGFHDEVDIEFLGTTFGKPYTLQTNVYVRGSGDGRIIGREMKFHLWFDPTQDFHHYAILWTPKEITFFVDDVPIRRYPKKSVATFPLRPMWVYGSIWDASSWATEDGKYKADYRYQPFVGKFTNFKATGCSAYSPPRCRPVSGSPY...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器