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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G003264

染色体: Chr08 坐标: 33658124-33660182 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G003264
名称SmilChr08G003264
描述uncharacterized SmilChr08G003264
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向33658124 - 33660182 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130997833
GeneID130997833
locus_tag-
NCBI NameLOC130997833
原始查询LOC130997833

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130997833

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057779248.1
2 Nucleoplasm 核质 1.00000 XP_057779248.1
3 Nuclear body 核内小体 0.20000 XP_057779248.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057779248.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057779248.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:33658254 A AG 1bp_insertion frameshift_variant 1 A22
Chr8:33658254 A AG 1bp_insertion CDS_variant 1 A22
Chr8:33658258 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A22
Chr8:33658261 AG A 1bp_deletion frameshift_variant 1 A22
Chr8:33658261 AG A 1bp_deletion CDS_variant 1 A22
Chr8:33658265 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B130,B25,B33
Chr8:33658273 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B28,C54,C66
Chr8:33658278 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A22
Chr8:33658297 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A22,B67
Chr8:33658317 GA G 1bp_deletion frameshift_variant 20 A11,A20,A9,B106,B123,B133,B29,B50,B73,B74,B80,B95,C1,C12,C28,C46,C48,C77,C83,C87
Chr8:33658326 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B45,B65,B73,C44
Chr8:33658332 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C26,C61,C80

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057923265.1
CTGCCACCGGCTTGTTTCCTTTATATCCCCGCGGATCTATAGGTAAAATTAAACGTTAGTAGGTATGCACAAATTATTATTACCTTAGTTCTTGTTGATAAAGTTGTCTTTGTTCGCAGGGATGTCGTGGAGATCAAAGTGCCGAGCCACACTCCTGTCTGATCGTCCCTCTGGCGATGAGGGGCAAGGCTCTGAGCAGCCCGCAGATCCTGGGCTAGACATCTCCCGGATGGTGATTGATGCTCCCGAGGAGACTACGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130997833
ATGTCGTGGAGATCAAAGTGCCGAGCCACACTCCTGTCTGATCGTCCCTCTGGCGATGAGGGGCAAGGCTCTGAGCAGCCCGCAGATCCTGGGCTAGACATCTCCCGGATGGTGATTGATGCTCCCGAGGAGACTACGCCCGTGCAGCGTTTCCCCCCTGGCAAGGGGAAAAATATGGAAGTGCTGACCTTGTTCAGCCCCGACAGCCAGGGGGCTGGTGGCTCTGGCTCTGGCGGAGCTGGCAGAGAGTCCGCCATTCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057779248.1
MSWRSKCRATLLSDRPSGDEGQGSEQPADPGLDISRMVIDAPEETTPVQRFPPGKGKNMEVLTLFSPDSQGAGGSGSGGAGRESAIPVVDVDDDLSISALVRDIPTPASRQIQQKRKAAVQALAEKRRKKDPSKADRLVDPEVGSAGGAEAASVDAEGSKVPALPAGESGASGSRPISSLKGRHFVRTLLSHIHPKDRETTGKLKRATLANQLSQLALQLESRVGEAIQCIDDYDAVEKDLEKEKERTASRDEEVAGMVE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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