Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G003272

染色体: Chr08 坐标: 33783915-33785724 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G003272
名称SmilChr08G003272
描述alpha carbonic anhydrase 7-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向33783915 - 33785724 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130997841
GeneID130997841
locus_tag-
NCBI NameLOC130997841
原始查询LOC130997841

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述alpha carbonic anhydrase 7-like
产物alpha carbonic anhydrase 7-like
ArabidopsisAT2G28210 (ACA2)
alpha carbonic anhydrase 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817367]
identity=47.8; qcov=1; evalue=2.6e-93; confidence=high
RiceOs08g0470200 (OsalphaCA6)
-
identity=51.2; qcov=0.888; evalue=1.78e-92; confidence=high
GOGO:0004089 (carbonate dehydratase activity); GO:0008270 (zinc ion binding)
KEGGsmil00910 (Nitrogen metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00194 (Carb_anhydrase)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130997841

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Secreted 分泌到胞外 1.00000 XP_057779255.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057779255.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057779255.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057779255.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057779255.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:33784185 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr8:33784395 AG A 1bp_deletion frameshift_variant 1 B58
Chr8:33784395 AG A 1bp_deletion CDS_variant 1 B58
Chr8:33784544 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C23
Chr8:33785160 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A8,B15,B26,C26,C77
Chr8:33785172 CA C 1bp_deletion frameshift_variant 5 A22,B101,B71,C78,C80
Chr8:33785172 CA C 1bp_deletion CDS_variant 5 A22,B101,B71,C78,C80
Chr8:33785180 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D6
Chr8:33785466 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B118,B91,C53,C84

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057779255.1
277 aa
N
1
138
277
Carb_anhydrase
C
PF00194 Carb_anhydrase 47-269 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057779255.1 Pfam PF00194 Carb_anhydrase Domain 47 269 3e-40 139.1 Eukaryotic-type carbonic anhydrase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057923272.1
TATATGAATATGATACAGGCCAACTTTTAAGAAACCTGCAAGAAAATTCCACTCCAGCACGACGCGCAACCAAATTCAATTTTTTTTCGTGTTATATATACCCACACAACATCACCTAATCCTTAATCAAGCTTCTAAGAAATCAAAAATCTTCATAATACTATCAGCAATTGTTGTTTCATATTATATCACGAAGATACAATTAGAAACGAGAGAGAGAAAAAAAAAATGGAGATTAGAATTAAATCTCTCTACATTCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130997841
ATGGAGATTAGAATTAAATCTCTCTACATTCTTGCTCCCCTAGTAATTTCTTGCATTGTTTTGTTTGGAGCTAAATCCCTCAATGCTCAAGAAGTAGAGAATGAAAGGGAGTTTGATTATGGGGCAAAAAGTGAGAAGGGTCCAAGAAAATGGGGAAAGATGAAGAAAGAATGGGCGGCATGCAATAATGGCACTTTGCAATCTCCAATAGATATGTCGAATGAAAGAGTGAAGATCATTTCCAAGCCGGAAAACAGAAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057779255.1
MEIRIKSLYILAPLVISCIVLFGAKSLNAQEVENEREFDYGAKSEKGPRKWGKMKKEWAACNNGTLQSPIDMSNERVKIISKPENRIYKFANATVKNRGHDIQIEWIGGAGSLFINGAEYPLRYAHWHSPSEHTINGRRYDMELHLVHLNTDPNVKNKIAVVGILYKIGTPDQFLSKLMANISSISDNKDGQSALGMVDPNDIEFGSKRFYRYLGSLTVPPCTEGVIWTLNKKVKTVSRDQVRLMREAVHDYAEENARPL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器