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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G003298

染色体: Chr08 坐标: 34095014-34096724 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G003298
名称SmilChr08G003298
描述uncharacterized SmilChr08G003298
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向34095014 - 34096724 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130997861
GeneID130997861
locus_tag-
NCBI NameLOC130997861
原始查询LOC130997861

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os08g0208700; species=rice; confidence=low
产物hit=Os08g0208700; species=rice; confidence=low
ArabidopsisAT3G42170 (DAYSLEEPER)
BED zinc finger and hAT dimerization domain-containing protein DAYSLEEPER [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:3769417]
identity=27.1; qcov=0.991; evalue=3.57e-07; confidence=low
RiceOs08g0208700
-
identity=32; qcov=0.84; evalue=3.03e-16; confidence=low
GOGO:0003677 (DNA binding)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130997861

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057779271.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057779271.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057779271.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057779271.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057779271.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:34096100 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A24
Chr8:34096109 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B108,B56,B96,D4
Chr8:34096221 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B1
Chr8:34096267 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 3 B128,B94,D10
Chr8:34096267 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B128,B94,D10
Chr8:34096270 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C40
Chr8:34096316 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B13,B78,C66
Chr8:34096323 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B12,C38,D7
Chr8:34096327 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr8:34096359 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C6
Chr8:34096386 AT A 1bp_deletion frameshift_variant 75 A1,A10,A16,A22,A24,A25,A5,B100,B119,B127,B130,B135,B137,B138,B139,B17,B20,B25,B26,B27,B32,B33,B34,B38,B4,B40,B44,B46,B47,B5,B61,B62,B65,B69,B72,B74,B76,B78,B82,B84,B85,B95,B97,C11,C14,C15,C25,C27,C28,C29,C31,C44,C45,C49,C5,C52,C59,C6,C60,C62,C65,C69,C70,C71,C72,C73,C77,C78,C8,C80,C81,C83,C87,D4,D8
Chr8:34096397 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B5,C50

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057923288.1
TGTAGTTTGCTACATTGTTATGGCATCTTCTCGCAATAGTAATCGTGTTGAGGAAGACGCTATTGATATGAATGATGATATGGATGATGATGGGTTAGAGGATATTCCTATCGGCGAAGACGGGGAAGCAACAATAGAAACCGGATCTCAAAGTGGTGTATCAAAGAAAAGGAAAAAAGGAAGTGCACGCTCAGATCATTGGAAAGGTTTCACACTTATGTGGGTTGAAGAAGGTGATCCTCCGGAGAAGACGCGCAAGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130997861
ATGGCATCTTCTCGCAATAGTAATCGTGTTGAGGAAGACGCTATTGATATGAATGATGATATGGATGATGATGGGTTAGAGGATATTCCTATCGGCGAAGACGGGGAAGCAACAATAGAAACCGGATCTCAAAGTGGTGTATCAAAGAAAAGGAAAAAAGGAAGTGCACGCTCAGATCATTGGAAAGGTTTCACACTTATGTGGGTTGAAGAAGGTGATCCTCCGGAGAAGACGCGCAAGGGGAAGTGCAAGACATGTGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057779271.1
MASSRNSNRVEEDAIDMNDDMDDDGLEDIPIGEDGEATIETGSQSGVSKKRKKGSARSDHWKGFTLMWVEEGDPPEKTRKGKCKTCGAVICADSYRNGTNGLKNHTISCSKKHKNTTEGQTVLHFTPASTDGTSSLSAWKFDQKFVRLTLAEMIILDELPFTHVEKEGFQKFVAAACPMFQIPIRADCVKIFLERKDRLKTFFTKKGMGRAH

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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